1941 год начался для «Атлантиса» неважно – всего четыре судна за несколько месяцев. Одним из них был египетский лайнер «Зам зам», перевозивший 140 американских миссионеров. И пассажиры и команда «Зам зама» – всего 309 человек – были благополучно переведены на «Атлантис». На следующий день другой немецкий корабль – «Дрезден» – освободил рейдер от всех пленников и через некоторое время доставил их в Бордо. От ужаса, который внушал рейдер, союзники страдали, пожалуй, не меньше, чем от потери своих судов. Британцам пришлось послать свои боевые корабли, крайне необходимые в других районах, на юг на его розыски; капитаны транспортных судов были вынуждены вести их обходными маршрутами, тратя попусту время и горючее; стало труднее набирать команды, и приходилось выплачивать надбавку за «опасную зону».
Большую часть лета «Атлантис» бороздил южные просторы Индийского океана, не встречая никого, кроме чаек. Наконец, 10 сентября 1941 года он захватил свою 22-ю – и последнюю – добычу, норвежское судно «Силваплана». 21 ноября, совершая посадку после утреннего полета, разведывательный самолет «Атлантиса», получив повреждения, вышел из строя, и произошло это как раз в то время, когда он был больше всего нужен. На следующий день рейдеру предстояло встретиться с подводной лодкой «U-126», чтобы взять на борт горючее. Это была довольно сложная операция, во время которой «Атлантис» становился очень уязвимым. Рандеву состоялось на полпути между Бразилией и Африкой, и ко времени завтрака перекачка горючего началась. В моторном катере рядом с подводной лодкой сидело несколько членов команды рейдера, а капитан «U-126» поднялся на борт «Атлантиса», у которого машины левого борта были разобраны для ремонта.
Неожиданно впередсмотрящий, вглядывавшийся в залитый солнечным светом горизонт, заметил верхушку мачты. Несколько минут спустя немцы установили, что к ним приближается тяжелый британский крейсер «Девоншир», которым командовал капитан Р.Д. Оливер. Мгновенно связывающие два судна тросы были сняты, и «U-126» ушла под воду, оставив своего капитана на борту «Атлантиса». Успели ли британцы увидеть подводную лодку? Из поспешно отсоединенного рукава по воде вокруг рейдера радужным пятном разлилось горючее. «Атлантису» оставалось одно: начать переговоры и, затягивая время, постараться ввести противника в заблуждение и заманить его в зону, где его смогут достать торпеды «U-126».
Но капитан Оливер был очень осторожен. За исключением вентиляторов и еще кое-каких частей этот разливший вокруг себя горючее корабль соответствовал данному Адмиралтейством описанию неуловимого рейдера. Поэтому, попеременно меняя курс и держась за пределами досягаемости торпед, он приблизился к «Атлантису» и двумя выстрелами захватил в артиллерийскую вилку.
С рейдера радировали, что судно называется «Полифем». Капитан крейсера послал запрос главнокомандующему в Южной Атлантике: мог ли встретившийся им корабль оказаться настоящим «Полифемом»? Почти целый час «Атлантис», лежа в дрейфе и мягко покачиваясь на волнах, тянул переговоры. Капитана Рогге не оставляла надежда, что «U-126» подкрадется к крейсеру и выпустит торпеду. Но старший офицер на подводной лодке вместо этого приказал оставаться около рейдера. В 9.34 был получен ответ главнокомандующего в Южной Атлантике: «Нет – повторяю – нет!» Минуту спустя «Девоншир» открыл огонь. После третьего залпа восьмидюймовок, накрывшего «Атлантис», капитан Рогге отдал приказ установить взрывные часовые механизмы и покинуть судно.
За минуту до 10 часов взорвался носовой артиллерийский погреб, и через несколько минут «Атлантис» под аплодисменты и прощальные крики моряков, для которых он был домом на протяжении 20 месяцев, ушел под воду. Капитан Рогге, находившийся в одной из шлюпок вместе со своим шотландским терьером Ферри, стоя отдал честь.
Капитан Оливер, как он объяснил в своем рапорте Адмиралтейству, не мог подойти и подобрать уцелевших «из-за риска быть торпедированным», поэтому вскоре «Девоншир» скрылся за горизонтом. В результате обстрела на «Атлантисе» погибло только семь человек, не меньше ста плавали в воде и цеплялись за обломки. Всплывшая подводная лодка подобрала раненых и незаменимых специалистов, 200 человек поместились в спасательных шлюпках, а 52, снабженные спасательными поясами и одеялами, примостились на палубе «U-126», а в случае ее погружения должны были подплыть к шлюпкам. До ближайшей земли, Бразилии, было 950 миль.