В 1604 г. И. Борецкий стал ректором Львовской братской школы, занимая антиуниатскую, но в целом толерантную по отношению к католицизму позицию. Однако после Брестского собора последовали массовые гонения и было ясно — развитие православной культуры на западноукраинских землях на данном этапе усложняется. Притеснения вынуждали преподавателей принимать унию, а то и переходить в католичество, либо уезжать на восток, прежде всего в Киев, где давление было менее сильным. В 1610 г. Борецкий переезжает в Киев, открывая, как священник, приходскую школу. Он быстро входит в круг образованных людей города, связанных с киевским братством, Киево-Печерской лаврой и увлекает их идеей открытия школы высшего типа, по примеру той, которой он руководил во Львове. Эта мысль встретила понимание.
Сразу же возникли основные вопросы — о кадровом обеспечении будущей школы и средствах на ее содержание. Сложнее было решить финансовый вопрос, поскольку к тому времени многие знатные фамилии Украины, в том числе и потомки прославленного мецената Константина-Василия Острожского, уже приняли католицизм.
Источником существования киевского братства были пожертвования в прежде всего мещан — ремесленников, торговцев, промысловиков, а также монастырей, духовенства, зажиточных казаков и верных православию мелкопоместных шляхтичей. Так, состоятельная православная дворянка Галшка Гулевичевна, жена киевского подчашего и мозырского маршалка Стефана Лозки, пожертвовала Киевской братской школе на Подоле свою усадьбу с земельным участком, а также средства на содержание учителей. Благодаря этому братская школа получила собственное помещение.
Первым ректором Киевской братской школы, открытой в 1616 г., стал И. Борецкий, к тому времени уже известный в православных кругах ученый и писатель-полемист. Рядом с ним были такие крупные деятели украинской культуры того времени, как сын бывшего ректора Острожской коллегии Герасима Смотрицкого — Мелетий Смотрицкий, автор известной церковнославянской грамматики, также поэт Кассиан Сакович. Оба они после И. Борецкого руководили организованной им школой: первый в 1619–1620, а второй в 1620–1624 гг.
Деятельность этих первых трех ректоров, прежде всего самого И. Борецкого, определила уровень Киевской братской школы как учебного заведения высшего типа и заложила основы дальнейшего ее подъема. В Киеве в те годы были сосредоточены лучшие культурные и научные силы всего восточнославянского мира — Елисей Плетенецкий, Захарий Копистенский, Тарасий Земка, Лаврентий Зизаний, Памво Беринда. Среди преподавателей преобладали монахи, но были и светские люди.
Иов Борецкий. Служебник. Киев, 1632. Василий Великий. Миниатюра.
В Киевской школе, как это было принято во всех православных братских школах, учились дети разных сословий.
Возглавляемая И. Борецким деятельность братской школы была тесно связана с культурно-просветительским кружком Киево-Печерской лавры, которым руководил высокообразованный архимандрит Елисей Плетенецкий. Именно ему удалось добиться от королевского правительства подтверждения ранее полученных этой обителью прав и привилегий. Е. Плетенецкий собрал богатейшую библиотеку. Ходатайствами этого архимандрита в 1615 г. в лавре была открыта типография, которую возглавил Памво Беринда — лингвист, писатель, переводчик и печатник, получивший почетный титул «архитипографа церкви Российския». Характерно, что первой книгой, которая вышла из типографии Киево-Печерской лавры в декабре 1616 г., было пособие для учеников братских школ — «Часослов».
Подъем образовательной и издательской деятельности в Киеве происходил на фоне обострения социально-церковной борьбы в Польско-Литовском государстве и международной обстановки в Восточной Европе. Поражением закончилась попытка поляков посадить на трон Московского царства сына короля Сигизмунда III королевича Владислава (будущего короля Владислава IV), но последний продолжал бороться за царский венец.
В 1618 г. польские войска подступили к Москве, но оказались в трудном положении. Королевич был спасен только благодаря энергичным действиям запорожского гетмана Петра Сагайдачного. После этого события популярность вождя украинских казаков, прославленного своими победами над татарами и турками, значительно усилилась. Зимой с 1617 на 1618 г. в Киеве были антиуниатские выступления горожан, поддержанные запорожскими казаками.