Эти и другие события заставили Сигизмунда III в 1618 г. выдать грамоту с гарантиями прав православных жителей Киева. Горожане несколько успокоились, однако сама по себе эта грамота мало что значила, поскольку официально православная церковь польскими властями оставалась непризнанной.
В 1618 г. И. Борецкий, передав руководство братской школой М. Смотрицкому, принял монашество и был избран игуменом ведущего в пределах Киева (лавра находилась за чертой города) Михайловского Златоверхого монастыря. Его жена также приняла постриг в одной из расположенных неподалеку от Михайловского монастыря женских обителей. Самые теплые отношения они сохраняли до последних дней своих.
Служебник Иова Борецкого. Фрагмент титульного листа.
Из Москвы через Киев на Ближний Восток возвращался Иерусалимский патриарх Феофан и этим случаем для восстановления Киевской православной митрополии грех было не воспользоваться.
В августе 1620 г. в Киево-Печерской лавре состоялось тайное совещание представителей православных общин и монастырей Польско-Литовского государства, где было решено просить патриарха высвятить И. Борецкого на православного митрополита Киевского. Прибывший в Киев Феофан сначала боялся пойти на такой решительный шаг из страха перед возможной местью со стороны поляков. Но П. Сагайдачный гарантировал патриарху безопасность силами казаков и тот решился на этот акт.
В сентябре 1620 г. патриарх Феофан, с разрешения вселенского патриарха, при участии еще двух высоких иерархов восточной церкви — митрополита Софийского Неофита и епископа Страгонского Авраамия, под охраной казаков в храме Братского монастыря рукоположил на митрополита Киевского и Галицкого Иова Борецкого. Поскольку старейший из сохранившихся в городе после монгольского нашествия киевский Софийский собор находился в руках униатов, местом пребывания митрополита стал расположенный неподалеку Михайловский Златоверхий монастырь.
Возрождение православной Киевской митрополии повысило значение Киева как центра всего украинско-белорусского православия. Именно в то время начала формироваться традиция величать Киев «Вторым Иерусалимом». Одним из первых так стал называть город в своих посланиях И. Борецкий.
Католики и униаты при всем их негодовании не смогли воспрепятствовать восстановлению православной Киевской митрополии. Папа обратился к королю с призывом наказать нового митрополита и епископов, но польские власти не решились предпринять каких-либо действий, зная, что тем самым спровоцируют выступление украинского казачества. А в поддержке Войска Запорожского король остро нуждался в предстоящей широкомасштабной войне с турками. Положение Сигизмунда III усугублялось еще и тем, что в большом сражении на Цецорских полях осенью 1620 г. польские войска потерпели поражение и теперь на карту было поставлено само существование Речи Посполитой.
В июне 1621 г. казаки на своем совете, который проходил с участием православного духовенства во главе с Иовом Борецким, приняли решение выступить на помощь польскому войску против огромной турецкой армии при условии официального признания Польско-Литовским государством восстановленной православной церкви. Сорокатысячное украинское войско во главе с гетманом П. Сагайдачным, соединившись с уступавшей ему численно польской армией, в тяжелых боях под Хотином в сентябре того же года остановило турецкое наступление. Однако эта победа стоила гетману Сагайдачному жизни. Возглавляемая И. Борецким Киевская митрополия осталась без влиятельного заступника и покровителя.
Турецкая угроза заставила польскую сторону пойти на компромисс. Сейм и польское правительство примирились с существованием восстановленной православной митрополии, хотя не признали ее официально. Не решил эту проблему и сейм, созванный в 1623 г. Его депутаты высказались за проведение совместного собора православными и униатами для преодоления существующих между ними расхождений. Однако противоречия между сторонами были столь принципиальны (догматика, независимость или подчинение папе римскому), что снять их было невозможно.
При таких условиях православные украинско-белорусских земель, а в особенности Киева, еще более сплотились вокруг возглавляемой И. Борецким митрополии, в которой видную роль играл и архимандрит Киево-Печерской лавры Е. Плетенецкий. Вместе они приложили немало усилий для консолидации в Киеве ведущих представителей православной культуры Украины, развития образования и противостояния католическо-униатскому наступлению. Важной в этой связи была публикация в 1621 г. иеромонахом Киево-Печерской лавры Захарием Копистенским (с 1624 г., после смерти Е. Плетенецкого, архимандрита) «Полинодий» (что означает «Возвращение на старый путь» всех, кто принял униатство). В другой своей «Книге о единой вере» он защищает православие от протестантизма, достаточно распространенного к тому времени в Польше, Литве и западных землях Украины и Беларуси. Все эти труды были созданы под влиянием духовного общения с И. Борецким. В течение 1620-х годов в Киеве создавалась и так называемая Густинская летопись — история Руси-Украины с древнейших времен. Ее наиболее вероятным автором считается тот же 3. Копистенский, однако трактовка отечественной истории характерна для всего круга православных просветителей Киева, лидером которых был митрополит Иов Борецкий.