В то время Валахия и Молдавия были вассалами могущественной Османской империи. Турки не особенно притесняли православную церковь, однако ревностно следили за лояльностью по отношению к султану местных правителей. А те, в свою очередь, тяготились зависимостью от Стамбула и часто пытались заручиться поддержкой соседних стран, прежде всего Речи Посполитой, находившейся в начале XVII в. в апогее славы.
После гибели отца, в 1607 г. Петр с матерью вынужден был бежать в Польшу. Молодого княжича отдали на обучение во Львовскую братскую школу, которую некогда так щедро одаривал его отец. По окончании школы около 1612 г. Петр отправился продолжать образование в университетах Польши, Франции и др. Распространено в литературе мнение о его учебе в Сорбонне и о общем с Р. Декартом учителе.
По возвращении в Польско-Литовское государство, высокообразованный, энергичный и честолюбивый П. Могила становится офицером королевских войск и, несмотря на православное вероисповедание, оказывается под покровительством коронного гетмана С. Жолкевского. Он мечтает о воинской славе и участвует в жестоких сражениях с турками на Цецорских полях в 1620 г. (где погиб С. Жолкевский) и под Хотином в 1621 г. (где получил смертельные раны гетман запорожских казаков П. Сагайдачный). За проявленное мужество и ввиду выдающихся личных качеств, король Сигизмунд III даже намеревался поставить П. Могилу князем в Молдавии. Однако, несмотря на то, что турецкий натиск удалось сдержать, это княжество осталось под властью Османской империи.
Именно в боях под Хотином П. Могила сблизился с П. Сагайдачным и другими казачьими предводителями, вскоре тесные отношения сложились у него и с восстановленной православной иерархией Киевской митрополии во главе с Иовом Борецким. Начиная с 1622 г. П. Могила становится в Киеве частым гостем и приобретает в его окрестностях несколько поместий с явным намерением связать свою дальнейшую жизнь с этим древним центром православия.
В судьбе П. Могилы назревают решительные перемены. Он отходит от варшавского двора и увольняется со столь блестяще начатой военной службы. Более того, под влиянием И. Борецкого П. Могила неожиданно для своих друзей в тридцатилетием возрасте принимает монашество и уже в 1627 г. избирается архимандритом Киево-Печерской лавры — наиболее авторитетного во всех восточнославянских землях монастыря.
Своим быстрым избранием на столь высокий пост едва принявший постриг П. Могила во многом был обязан поддержке И. Борецкого, имевшего большое влияние на лаврскую братию, а также уважительному отношению к нему шляхты Киевского воеводства. В конце того же года кандидатуру П. Могилы утвердил и король Сигизмунд III.
С того времени П. Могила становится одной из ведущих фигур украинской церковной, политической и культурной жизни Украины. Он разворачивает широкую издательскую деятельность лаврской типографии и организовывает осуждение украинско-белорусским духовенством «Апологии» М. Смотрицкого за его попытку компромисса с католицизмом. Однако это не означало, что он подобно Ивану Вишенскому встал на позиции неприятия западной культуры. Как раз наоборот, в православной среде П. Могила выступал лидером тех, кто понимал необходимость обновления православия, однако без принципиальных уступок папскому престолу.
В 1631 г. стараниями П. Могилы при лавре, по образцу иезуитских коллегиумов, была создана православная школа. Сам архимандрит так определял задачи этой школы: «лишь бы молодежь в настоящей набожности, в обычаях добрых и в науках свободных научена была». П. Могила заранее побеспокоился об опытных преподавателях. Подобрав группу способных молодых людей, он на собственные средства отправил их на обучение за границу.
Ведущими учителями лаврской школы, которая уже в первый год своей работы имела более сотни учеников, были воспитанники Киевской братской школы — поэт и профессор риторики Софроний Почасский, магистр грамматики Ивашкевич, а также приглашенные в Киев известные Львовские ученые Сильвестр Косив, Исайя Трофимович-Козловский, Атанасий Кальнофойский и др. Важную роль для дальнейшего развития украинской культуры сыграло привлечение П. Могилой к научно-просветительской деятельности Иннокентия Гизеля, принявшего в лавре монашеский постриг.
На Пасху 1632 г. архимандриту от слушателей школы был преподнесен «Евхаристион, или признательность Петру Могиле», в котором говорилось, что школа «восемь наук освободительных» в себе имеет. Такие «корни умиления», как грамматика, «учит словам и языку», риторика — «словам и умелому произношению», диалектика — «умному в вещах познанию», арифметика — «счету», музыка — «пению», геометрия — «земли разделению», астрономия — «движению небесному», теология — «божественным вещам». Такая система образования в целом соответствовала учебным программам иезуитских коллегиумов, которые П. Могиле были хорошо известны.