Учреждение П. Могилой лаврской школы параллельно со школой братской (в Киеве на Подоле) отражало непростую ситуацию, которая сложилась в украинском православии после смерти в 1631 г. митрополита И. Борецкого. В последние годы его жизни обострились отношения между двумя лагерями в церкви: консервативным, принципиально не принимавшим никаких нововведений, и либеральным, понимавшим необходимость распространения образования европейского образца. При решительной поддержке ненавидевших унию казаков митрополитом был сперва избран непримиримый враг католицизма Исайя Копинский, не скрывавший своей промосковской ориентации. Но с таким избранием не могло примириться польское правительство.
Однако вместе с И. Копинским на руководство Киевской митрополией претендовал близкий к И. Борецкому, лояльный к властям Речи Посполитой и способный на компромиссные решения П. Могила, авторитет и влияние которого быстро возрастали. Его поддерживал и хорошо с ним знакомый с молодых лет королевич Владислав, сын умершего в апреле 1632 г. короля Сигизмунда III, относившийся к православию более толерантно, чем его отец.
Соперничество между двумя амбициозными церковными лидерами грозило перекинуться и на подчиненные им две школы (братскую и лаврскую). Чтобы не допустить этого, киевское братство обратилось к П. Могиле с предложением относительно объединения школ на базе братской, но с признанием архимандрита Печерского монастыря ее «пожизненным охранником и наставником». За объединение школ решительно выступал и И. Копинский, а также тогдашний гетман Запорожской Сечи Иван Петрижицкий. Последний в «Письме воинском» в марте 1632 г. просил об этом лаврского архимандрита, обещая со стороны запорожских казаков «твердо защищать» предполагавшуюся объединенную коллегию.
Идя навстречу киевским братчикам и запорожским казакам, П. Могила летом 1632 г. провел объединение лаврской и киево-подольской школ, получившее название Киево-Могилянской коллегии. Находилась коллегия в центре Подола, в то время наиболее густонаселенного района Киева, при Братском Богоявленском монастыре. Первым ее ректором был назначен И. Трофимович-Козловский, а префектом (заместителем ректора) — С. Косив. Ее интеллектуальный уровень и материальное обеспечение, как и количество учеников, по сравнению со школами, на базе которых коллегия образовалась, значительно возросли. При Братском монастыре были возведены учебные строения и сиротский дом.
В коллегии обучались 11 лет по трем уровням: низшему (4 года), среднему (3 года) и высшему (4 года). Основными теоретическими авторитетами, в соответствии с неосхоластической ориентацией учебных заведений католических стран того времени, были Аристотель и Фома Аквинский. Латынью ученики в совершенстве овладевали еще в начальных классах, поскольку далее образование велось на латинском языке.
Коллегия отвечала стандартам лучших католических академий Речи Посполитой (Краковской, Виленской, Познанской). Здесь изучались церковнославянский, латинский, греческий, польской языки и тогдашний книжный староукраинский, а также традиционные для западноевропейской образовательной системы «семь свободных наук», которые делились на «тривиум» (грамматика, поэтика и риторика) и «квадриум» (арифметика, геометрия, философия и музыка). В неофициальных документах высшие польские чиновники часто называли Киево-Могилянскую коллегию академией.
Но, в отличие от католических академий, эта коллегия не имела разрешения на преподавание теологии, что было необходимо для официального признания ее в качестве академии. Польская власть решительно, хотя и без особого успеха, препятствовала развитию православного богословия на украинско-белорусских землях. Но фактически богословие читалось в братской школе еще со времени ее учреждения И. Борецким. В рамках философских курсов богословские предметы преподавались и в созданной П. Могилой коллегии. Однако официальный запрет на преподавание теологических курсов формально преодолен не был.