Поэтому на созванном в сентябре 1640 г. в Софийском храме поместном соборе митрополит стремился провести собственное понимание системы и содержания основных православных догматов, разработанных с использованием католического опыта, при решительном непринятии их кальвинистских трактовок.
После горячих дебатов, в ходе которых звучали и упреки в католических отклонениях от святоотческой традиции, собор в Киеве принял в основных моментах концептуальные позиции обновленного православного богословия П. Могилы. Представленный митрополитом «Катехизис», или «Православное исповедование веры», было решено отослать в Константинополь, и в марте 1643 г. его положения были утверждены патриархами Константинопольским, Александрийским, Антиохийским и Иерусалимским. Из Киева вышел догматический текст, в обновленном виде представлявший православную веру соответственно духовным и интеллектуальным запросам начала Нового времени.
П. Могила не только был сведущ во всех тонкостях католической философско-теологической традиции, но был хорошо знаком и с протестантским богословием. Кальвинизм он решительно не принимал, но к идеям других реформационных направлений относился толерантно. Он лично венчал свою родственницу Марию Могилянку с лидером литовских протестантов князем Радзивиллом. В его произведениях видим также лояльное отношение к иудейской вере. Полемика с иудаизмом, как и с католицизмом, в отличие от православных авторов предшествующих десятилетий, у него отходит от эмоционального пристрастия и приобретает форму корректной дискуссии.
Могилянское богословие подняло Киев на уровень виднейших теологических центров христианского мира, подтверждая его метафорическое определение в качестве «Второго Иерусалима». В городе под эгидой митрополита в 30–40-х годах XVII в. образовалась новая генерация европейски образованных, знающих древние и новые европейские языки, мыслителей, имеющих достаточно серьезную философскую подготовку.
Поэтому не удивительно, что фундаментальные труды П. Могилы, как непосредственно, так и через работы продолжавших его направление киевских ученых И. Гизеля, Д. Туптало (святого Димитрия Ростовского), С. Яворского и Ф. Прокоповича, составили основу богословского образования в Украине и всей Российской империи вплоть до середины XIX в. П. Могилой были задуманы еще две грандиозные работы: «Жития святых» (написанные уже Димитрием Туптало) и общее исправление славянского текста Острожской Библии (над чем работали ученые богословы до конца XVIII в.).
Благодаря неутомимой работе П. Могилы и его единомышленников Киев в второй четверти XVII в. превратился в настоящий центр европейской образованности и богословской культуры. На смену конфессионной нетерпимости предшествующих десятилетий, вызванной Брестской унией 1596 г., пришли идейная толерантность и стремление к культурно-духовному синтезу. Самому митрополиту была близка идея сближения Восточной и Западной церквей, даже их объединения на конфедеративных основах (при признании Киева церковным центром, равным Риму и Константинополю, как то в свое время предлагал М. Смотрицкий, и закрепления за его духовным главой звания патриарха). Но достичь такого примирения он ни в коем случае не хотел ценой уступок в принципиальных организационных, догматических и обрядовых вопросах.
По проблемам отношений между православием и католицизмом П. Могила в 1645–1646 гг. вел с папой римским обстоятельную переписку, однако все усилия по достижению приемлемого компромисса ни к чему не привели. Ватикан не собирался признавать православную церковь равной себе стороной и требовал ее подчинения через унию, что для митрополита Киевского и всех православных Украины было неприемлемо.
Умер П. Могила 31 декабря 1646 г. (10 января 1647 г.), завещав основанной им коллегии значительные средства и свою библиотеку. Киевским митрополитом вскоре был избран его многолетний соратник Сильвестр Косив (1647–1657), продолжавший церковно-образовательный курс П. Могилы, но уже в принципиально новых условиях вспыхнувшей в 1648 г. Освободительной войны под руководством Б. Хмельницкого.