На первом этапе война мало затронула Киев. Одержав блестящие победы над польскими войсками и заключив перемирие, Б. Хмельницкий в декабре 1648 г. триумфально вступил в этот древний город. Его жители во главе с новым митрополитом С. Косовым и находившимся в тот момент в Киеве патриархом Иерусалимским Паисием вышли встречать победителя к руинам Золотых ворот. Здесь под руководством своего ректора студенты Киево-Могилянской коллегии приветствовали гетмана «овациями и декламациями, как Моисея, спасителя и освободителя народа от польской неволи, добрым знаком названного Богданом — „от Бога данного“». Следующие два с половиной года в Киеве ничто не мешало развитию философской мысли и церковной жизни.
Вместе с тем уже немолодого И. Гизеля активная учебно-организационная и лекторская работа стала утомлять и он хотел в монашеском умиротворении сосредоточиться на литературно-научной деятельности. В 1650 г., передав ректорство коллегиума и, соответственно, игуменство Братского монастыря своему единомышленнику и младшему другу, тридцати пятилетнему профессору поэтики и риторики Лазарю Барановичу, И. Гизель становится игуменом киевских Кирилловского, а с 1652 г. — Николаевского монастырей.
Однако пожар кровавой войны вскоре охватил и Киев. В июне 1651 г. Б. Хмельницкого предал его бывший союзник — крымский хан. Войска гетмана потерпели тяжелое поражение под Берестечком, а через месяц армия литовского гетмана Я. Радзивилла, сломив сопротивление казаков киевского полка, вступила в полупустой город и подвергла его вместе с близлежащими монастырями (в том числе и Кирилловским, находившимся на пути движения войск литовского гетмана к городу) полному разграблению.
Но пребывание в Киеве армии Я. Радзивилла было непродолжительным и вскоре казацкие силы вновь заняли город.
О. Тарасевич. Освящение Успенского собора Киево-Печерской лавры.(Из книги «Патерик Печерский», издание Киево-Печерской лавры).
Заботы по восстановлению коллегиума взял на себя Л. Баранович. Но и И. Гизель, став игуменом Пустыно-Никольского монастыря, оказывается вовлеченным в политическую жизнь страны.
По условиям Переяславского мира, Киев со всей освобожденной к тому времени от польской власти Украиной переходил под протекторат Московского царства. Сохраняя городское самоуправление и привилегии согласно принадлежавшему ему с XV в. магдебургскому праву, Киев оказывался под двойной юрисдикцией гетмана и царского воеводы. Для защиты города от польско-литовских войск вводился московский гарнизон. В результате таких перемен между местными жителями и царским воеводой стали возникать недоразумения. Необходимо было отрегулировать отношения с царской властью и добиться подтверждения прежних прав и привилегий для города и его монастырей.
В июле 1654 г. И. Гизель оказывается в царской ставке под Смоленском. В качестве игумена Пустыно-Никольского монастыря он возглавляет посольство от духовенства, монастырей Киева и его окрестностей. Миссия И. Гизеля оказалась успешной. Алексей Михайлович подтвердил все права и привилегии православных монастырей и храмов. Специальной грамотой он запретил царскому воеводе в Киеве вмешиваться в дела духовенства, о чем извещал и Б. Хмельницкого.
В 1656 г. пользовавшийся всеобщим уважением И. Гизель был избран архимандритом Киево-Печерской лавры. Во главе этого монастыря он оставался до своей смерти без малого три десятилетия. Здесь, в собиравшейся многие десятилетия, в том числе и им самим, богатой библиотеке он находил достаточно материалов для своей творческой и комментаторской деятельности. Под его редакцией дважды, в 1661 и 1678 г., переиздавался восходящий ко временам Киевской Руси «Киево-Печерский патерик».
Продолжалась и его философская деятельность, имевшая уже не столько системно-дидактическое, сколько творческо-мировоззренческое содержание. Его итоговым философско-теологическим произведением стал изданный в Лаврской типографии в 1669 г. труд «Мир с Богом человеку». При этом И. Гизель разделял концепцию Н. Коперника относительно центрального положения во Вселенной Солнца, вокруг которого вместе с другими планетами вращается и Земля. Он также различал теологическое постижение Бога через Священное Писание, веру, с одной стороны, и научно-философское познание природы, с другой. Значительное внимание уделял он и вопросам морали, особенно в своих поздних, лаврского периода, трудах.