М. Хмельницкий женился на молодой местной казачке. 27 декабря 1595 года, в день святого Теодора (в народе называемого Богданом) у них родился сын Богдан. По обычаям того времени мальчику дали второе имя — Зиновий. Его детство прошло среди детей крестьян и рядового казачества украинского порубежья, где война была атрибутом повседневного быта. В Чигирине Богдан получил начальное образование. Для дальнейшего обучения его отдали в латиноязычный иезуитский коллегиум во Львове, основанный коронным гетманом Станиславом Жолкевским в 1608 году. Проучившись там несколько лет, Богдан Хмельницкий освоил польский и латинский языки, прошел классы грамматики, поэтики и риторики, получив обычное для шляхетских детей образование, вполне достаточное для дальнейшей служебной карьеры. Глубокие познания в латыни позволили ему в дальнейшем свободно вести переговоры с послами ведущих европейских государств. Однако иезуиты, слывшие тонкими воспитателями юношества, не смогли духовно пленить юного Богдана. Всю свою жизнь он оставался их непримиримым врагом и в годы гетманства требовал от польских властей ликвидации иезуитских коллегиумов в казацкой Украине, мотивируя это тем, что от иезуитов «начинаются распри в религии и нарушается мир».
К началу 20-х годов XVII ст. юноша возвратился в отцовский дом. К этому времени Суботов превратился в процветающее поместье с окружавшим его селом. Неподалеку от него на землях Хмельницких возникло еще одно поселение — Новоселица. Пограничная служба для жителей этих мест была повседневным занятием и с оружием они не расставались. Здесь Богдан получил хорошую воинскую закалку.
Когда в 1620 году началась польско-турецкая война, он с отцом и Чигиринскими казаками присоединился к армии С. Жолкевского. В октябре польская армия потерпела поражение на Цецорских полях. Михаил Хмельницкий пал в сражении, а Богдан попал в плен к туркам. Несколько лет он провел в Стамбуле при одном из командующих турецким флотом и выучил за это время турецкий язык. Судя по всему, турки обращались с ним сносно. В это время Богдан хорошо изучил их образ жизни, состояние турецкой армии и даже завел знакомства (например, с Бектеш-агой, будущим советником султана), которые в дальнейшем умело использовал в переговорах с османским двором. По одним источникам, из плена его выкупила мать, по другим — запорожцы обменяли его на турецких пленников, «с благодарностью вспоминая его отца».
Вернувшись домой, Б. Хмельницкий сближается с запорожскими казаками, отказавшись от государственной службы, на которой как сын павшего в бою подстаросты Чигиринского и благодаря выдающимся личным качествам мог весьма преуспеть.
Отдельные источники донесли до нас сведения об участии Хмельницкого в составе казацкого войска в боях с татарами и турками (в частности, о взятии им в 1629 году в плен двух князей из рода Кантемиров) и в Смоленской войне 1633–1634 годов. За проявленную доблесть король Владислав IV наградил его золотой саблей.
С середины 30-х годов Богдан Хмельницкий занимал пост писаря (главы канцелярии) Войска Запорожского и участвовал в разработке официальных документов, в том числе посланий сечевого казачества королю и сейму.
Весной 1637 года вспыхнуло восстание под предводительством П. Бута (Павлюка). К концу года оно было подавлено, но весной 1638-го, возглавленное Я. Остряницей (Острянином) и Д. Гуней, разгорелось с новой силой. Усилиями коронного гетмана С. Потоцкого полякам и на этот раз удалось одержать победу. По Украине развернулись репрессии, тысячи казаков, не внесенных в реестр (который сокращался до шести тысяч), объявлялись крепостными. Но это, не решив ни одной острой проблемы, лишь загнало их вглубь. Новый взрыв народного негодования был неизбежен. С осени 1637 года Чигирин стал центром повстанческого движения.
Жестокое подавление восстания 1638 года укрепило польское господство в Украине на десятилетие, называемое в польской историографии «золотым покоем». Чтобы не допустить запорожцев в подвластные полякам земли Украины выше Порогов, в районе современного Днепропетровска была построена крепость Кодак. Осматривая ее в 1639 году, коронный гетман Конецпольский не без злорадства поинтересовался у присутствовавшего там Хмельницкого, как он находит ее расположение и укрепления, на что тот коротко ответил латинской поговоркой: «Созданное руками, руками и уничтожается». Осенью 1648 года казаки овладели этой крепостью.
Назначенный в Украину для окончательного ее усмирения коронный гетман Конецпольский относился к казацкой старшине и лично Богдану Хмельницкому с нескрываемой враждебностью. По словам одного из польских хронистов, перед смертью он высказывал сожаление, что Хмельницкий еще жив и может причинить Речи Посполитой много зла, «ибо никогда еще среди казаков не было человека таких способностей и ума», и даже советовал своему сыну, наследовавшему его посты в Украине, «найти против Хмельницкого какое-нибудь обвинение и изжить со света».