Учреждение П. Могилой лаврской школы параллельно со школой братской (в Киеве на Подоле) отражало непростую ситуацию, которая сложилась в украинском православии после смерти в 1631 г. митрополита И. Борецкого. В последние годы его жизни обострились отношения между двумя лагерями в церкви: консервативным, принципиально не принимавшим никаких нововведений, и либеральным, понимавшим необходимость распространения образования европейского образца. При решительной поддержке ненавидевших унию казаков митрополитом был сперва избран непримиримый враг католицизма Исайя Копинский, не скрывавший своей промосковской ориентации. Но с таким избранием не могло примириться польское правительство.
Однако вместе с И. Копинским на руководство Киевской митрополией претендовал близкий к И. Борецкому, лояльный к властям Речи Посполитой и способный на компромиссные решения П. Могила, авторитет и влияние которого быстро возрастали. Его поддерживал и хорошо с ним знакомый с молодых лет королевич Владислав, сын умершего в апреле 1632 г. короля Сигизмунда III, относившийся к православию более толерантно, чем его отец.
Соперничество между двумя амбициозными церковными лидерами грозило перекинуться и на подчиненные им две школы (братскую и лаврскую). Чтобы не допустить этого, киевское братство обратилось к П. Могиле с предложением относительно объединения школ на базе братской, но с признанием архимандрита Печерского монастыря ее «пожизненным охранником и наставником». За объединение школ решительно выступал и И. Копинский, а также тогдашний гетман Запорожской Сечи Иван Петрижицкий. Последний в «Письме воинском» в марте 1632 г. просил об этом лаврского архимандрита, обещая со стороны запорожских казаков «твердо защищать» предполагавшуюся объединенную коллегию.
Идя навстречу киевским братчикам и запорожским казакам, П. Могила летом 1632 г. провел объединение лаврской и киево-подольской школ, получившее название Киево-Могилянской коллегии. Находилась коллегия в центре Подола, в то время наиболее густонаселенного района Киева, при Братском Богоявленском монастыре. Первым ее ректором был назначен И. Трофимович-Козловский, а префектом (заместителем ректора) — С. Косив. Ее интеллектуальный уровень и материальное обеспечение, как и количество учеников, по сравнению со школами, на базе которых коллегия образовалась, значительно возросли. При Братском монастыре были возведены учебные строения и сиротский дом.
В коллегии обучались 11 лет по трем уровням: низшему (4 года), среднему (3 года) и высшему (4 года). Основными теоретическими авторитетами, в соответствии с неосхоластической ориентацией учебных заведений католических стран того времени, были Аристотель и Фома Аквинский. Латынью ученики в совершенстве овладевали еще в начальных классах, поскольку далее образование велось на латинском языке.
Коллегия отвечала стандартам лучших католических академий Речи Посполитой (Краковской, Виленской, Познанской). Здесь изучались церковнославянский, латинский, греческий, польской языки и тогдашний книжный староукраинский, а также традиционные для западноевропейской образовательной системы «семь свободных наук», которые делились на «тривиум» (грамматика, поэтика и риторика) и «квадриум» (арифметика, геометрия, философия и музыка). В неофициальных документах высшие польские чиновники часто называли Киево-Могилянскую коллегию академией.
Но, в отличие от католических академий, эта коллегия не имела разрешения на преподавание теологии, что было необходимо для официального признания ее в качестве академии. Польская власть решительно, хотя и без особого успеха, препятствовала развитию православного богословия на украинско-белорусских землях. Но фактически богословие читалось в братской школе еще со времени ее учреждения И. Борецким. В рамках философских курсов богословские предметы преподавались и в созданной П. Могилой коллегии. Однако официальный запрет на преподавание теологических курсов формально преодолен не был.
Как и западные университеты, Киево-Могилянская коллегия выступала в роли основателя и куратора средних (братских) школ в других городах Украины. Так, в 1636 г. П. Могила (уже в качестве митрополита) благословил школу, созданную Кременецким братством, в 1638 — школу в Виннице, а в следующем году — в городке Гоще на Волыни. По его инициативе Славяно-греко-латинская академия была в 1640 г. основана в Молдавии — в ее тогдашней столице Яссах. Параллельно был качественно поднят уровень образования в церковноприходских школах, открытых почти при каждом храме. Благодаря этой кропотливой работе к середине XVII в., по свидетельствам иностранных путешественников, в Украине (в «стране казаков») практически все мужчины и большинство женщин были грамотными.
Но в 1632 г. между Исайей Копинским и Петром Могилой развернулась борьба за главенство в Киевской митрополии. Более осторожному и рассудительному, к тому же имевшему влиятельных друзей в Варшаве, молдавскому княжичу удалось в ней победить. Решающую роль сыграло то обстоятельство, что его поддержал патриарх Константинополя. И. Копинский подчинился решению вселенского первосвященника и, будучи монахом и строгим аскетом, перешел к Киево-Печерскую лавру. Спустя два года, после официального отказа от притязаний на митрополитскую кафедру, он возглавил высокочтимый Михайловский Златоверхий монастырь в центре Верхнего Киева.
Переход митрополии под управление П. Могилы означал поражение консервативных сил в украинской православной среде, лидером которых был И. Копинский. Победа досталась просвещенным, рационально мыслящим и либерально настроенным по отношению к западной культуре силам, сплотившимся в прежние годы в Киеве вокруг Е. Плетенецкого и И. Борецкого. К тому же кандидатуру П. Могилы на высший пост в украинско-белорусской церкви поддерживала уже соприкоснувшаяся с европейской образованностью православная шляхта Украины, большая часть киевлян и лично королевич Владислав, фактически выполнявший обязанности короля Польши в течение 1632 г. и до своего избрания сеймом на этот пост.
Укреплению позиций Киевской митрополии способствовало и то обстоятельство, что, пользуясь обычным для периода «межкоролевья» (после смерти старого короля и до избрания нового) временным ослаблением исполнительной власти в Речи Посполитой, царское правительство попыталось вернуть себе находившийся в руках поляков уже более двадцати лет Смоленск. Российские войска в сентябре 1632 г. осадили город, что заставило польский сейм, опасавшийся поддержки царя запорожским казачеством, внимательнее отнестись к требованиям православных.
Используя эти обстоятельства и свои личные связи, П. Могиле удалось добиться официального признания высшим законодательным органом Речи Посполитой (договоренность с Владиславом была достигнута многим ранее) Киевской митрополии во всей ее канонической полноте. Это была большая победа православных и лично митрополита.
Впервые после Брестской унии 1596 г., восстановленная в 1620 г. стараниями И. Борецкого, Е. Плетенецкого и П. Сагайдачного православная церковь украинско-белорусских земель получила недвусмысленный юридический статус. П. Могила, находившийся в Варшаве в качестве главы делегации киевлян по случаю коронации Владислава IV, смог добиться от него таких же прав для православной церкви, какими пользовались униаты. 1 ноября 1632 г. король подписал так называемые Пункты успокоения народа русского.
В результате усилий П. Могилы православные были юридически уравнены в правах с униатами и католиками. Для украинского духовенства, шляхты, мещанства и казачества, а также лично для митрополита это было большой победой. Новоизбранный король, вполне толерантный в религиозных вопросах, а также по личному опыту знавший силу и возможности запорожского казачества, искренне стремился к достижению в пределах Речи Посполитой религиозного и социального мира. Он хорошо понимал, в какой степени от этого зависит само существование многонационального и поликонфессионального Польско-Литовского государства.