На таких условиях, понимая неизбежность прихода в Украину многочисленного царского войска для восстановления утраченных Москвой позиций, И. Выговский в сентябре 1658 года в городке Гадяч заключил с поляками соглашение. Уже вторгшаяся в Украину царская армия в июне 1659 года была разбита под Конотопом, а сейм в Варшаве ратифицировал Гадячское соглашение (с единственной поправкой: вместо отмены унии провозглашалась общая свобода вероисповедания в Речи Посполитой).
Петр Дорошенко, как и основная часть казацкой старшины, поддерживал действия нового гетмана. Однако многие рядовые казаки, опасаясь восстановления польского землевладения и крепостного права в Украине, решительно выступили против Гадячского договора. Не поддержали И. Выговского запорожский атаман Иван Сирко и ряд левообережных полковников, чьи интересы уже были связаны с Москвой. По согласованию с царем они провозгласили гетманом Юрия Хмельницкого, едва достигшего совершеннолетия сына Богдана, который и подписал в Переяславе новые соглашения с царскими послами, менее выгодные для Украины, чем договор 1654 года, подписанный его отцом.
К концу 1660 года Украина распалась на две враждующие половины: одна — на стороне Москвы, другая — на стороне Варшавы. Но ни в одной из них не было единства. На Левобережье целые полки не желали повиноваться Москве, а на Правобережье крестьянство было возмущено пропольской ориентацией старшины. Антипольские восстания вспыхивали одно за другим. При этом Запорожье, фактически не признавая над собой ничьей власти, в целом было настроено антипольски.
В бесчисленных опустошительных войнах погибли многие сподвижники Богдана Хмельницкого, в том числе и легендарный Иван Богун. Начинался период украинской истории, который еще современники красноречиво окрестили Руиной. Именно тогда на первый план выдвинулся Петр Дорошенко, вставший во главе национальных сил, отказывавшихся признавать над страной как московскую, так и польскую власть и стремившихся к утверждению собственного единого независимого национального государства.
Поначалу П. Дорошенко поддерживал намерения И. Выговского, и его полк в мае 1659 года принимал участие в подавлении антигетманского выступления полтавского полковника М. Пушкаря. Но уже осенью, когда левобережные полковники поддержали кандидатуру Ю. Хмельницкого, П. Дорошенко отошел от Выговского и подписался под текстом Переяславского соглашения от 17 октября 1659 года. В это время в действиях Дорошенко просматривается недовольство предопределенностью выбора между Варшавой и Москвой. Отойдя от И. Выговского и подписав Переяславские статьи, он сдал командование Прилуцким полком.
В начале 1660 года П. Дорошенко, уже став полковником Чигиринского полка, в составе казацкого посольства едет в Москву, чтобы добиться отмены ряда пунктов Переяславского договора. В это время он еще был лояльно настроен по отношению к России, и летом 1660 года принял участие в походе на Волынь войск В. Шереметьева и левобережных полков под номинальным командованием Ю. Хмельницкого. Под Чудновом, где армия попала в окружение, Дорошенко вел переговоры о перемирии с командующим польскими войсками Е. Любомирским.
Согласно подписанному казаками 18 октября 1660 года Слободищенскому соглашению, три воеводства — Киевское, Черниговское и Брацлавское — получали казацкую автономию в составе Речи Посполитой на условиях Гадячского договора. Однако это привело к новой войне между уже пропольски настроенным Ю. Хмельницким и верным Москве левобережным казачеством во главе с переяславским полковником Якимом Сомко. Петр Дорошенко поддержал Сомко. Но с его падением он оказывается в лагере пропольски ориентированного правобережного гетмана П. Тетери и как генеральный есаул зимой 1663–1664 годов участвует в совместном походе польских войск и правобережных казацких полков на Левобережье. Этот поход оказался неудачным для короля Яна II Казимира и П. Тетери. За ним последовал ответный поход московских войск и левобережных казацких полков на запад, за Днепр, приведший к падению П. Тетери и полной анархии на Правобережье, где с отменной жестокостью действовали польские карательные отряды под командованием С. Чернецкого. Захватив Суботов, Чернецкий распорядился осквернить останки Богдана Хмельницкого, захороненные в Ильинской церкви, и приказал отправить в Польшу попавших в его руки митрополита Киевского Иосифа Тукальского и принявшего монашество под именем Гедеона Ю. Хмельницкого. Подобные жестокости разжигали ненависть народа к полякам.
В это время Петр Дорошенко находился в гетманской столице Чигирине, и держась в стороне и от поляков, и от московских воевод, постепенно превращается в самостоятельного лидера украинского казачества. Предложенный П. Дорошенко курс на обретение государственной независимости без ориентации на Москву или Варшаву нашел широкую поддержку в казацкой среде. В эту лихую годину Петр Дорошенко — единственный среди многочисленных претендентов на булаву — глубоко проникся делом возрождения государственного единства казацкой республики. В январе 1666 года П. Дорошенко созвал в Чигирине казацкую раду, которая вручила ему гетманскую булаву. Это вызвало резкое противодействие левобережного гетмана И. Брюховецкого, сторонники которого на Правобережье попытались выступить против новоизбранного Чигиринского гетмана, но потерпели поражение. П. Дорошенко, утвердившись на Правобережье, возродил «генеральную раду», которая практически сразу начала регулярную деятельность. В своих универсалах гетман призывал перейти на его сторону и левобережных казаков. За этими призывами последовал Переяславский полк, а за ним и другие казацкие отряды. На их решение повлияло еще и то, что в 1666 году московские воеводы на Левобережной Украине приступили к переписи населения для введения налогообложения в пользу царской казны. Возмущенные казаки и оказачившиеся крестьяне начали с надеждой поглядывать в сторону Чигирина.
Провозглашение Петра Дорошенко независимым украинским гетманом вызвало обеспокоенность у новоизбранного польского короля Яна III Собеского, впоследствии прославившегося разгромом турок под Веной (при помощи украинских казацких полков). Осенью 1666 года он направил против гетмана войска под командованием С. Маховского, опустошавшего на своем пути города и села. Зверства поляков на Подолии привели к обострению партизанской войны и пополнению армии П. Дорошенко. Вступив в соглашение с крымским ханом, П. Дорошенко с казацкими полками и татарскими отрядами разбил польскую армию на берегу Южного Буга у села Печеры.
Между тем, длительные польско-российские переговоры закончились подписанием 30 января 1667 года Андрусовского перемирия сроком на тринадцать с половиной лет. Левобережье с Киевом закреплялось за Россией, а Правобережье — за Польшей. Запорожье оказывалось под двойным протекторатом обоих государств — фактически это означало признание его независимости как от Варшавы, так и от Москвы.
Раздел Украины по Днепру между Варшавой и Москвой вызвал всеобщее негодование всего украинского казачества. Земли Правобережья, ранее освобожденные от поляков, с согласия московского царя вновь должны были вернуться под власть Речи Посполитой и король, развязав руки в отношениях с Москвой, не скрывал намерений восстановить власть над Украиной до Днепра. Чтобы опередить его, П. Дорошенко, подтвердив союз с ханом, во главе казацких и татарских войск двинулся навстречу армии Яна Собеского и летом 1667 года окружил его в Прикарпатье у Подгайцев. Положение польских войск с каждым днем ухудшалось, однако их спасли разногласия среди казацких лидеров Украины.
Отважный и амбициозный атаман Запорожской Сечи Иван Сирко, не подчинявшийся ни Москве, ни Польше, не собирался признавать П. Дорошенко гетманом всей Украины. В прямую военную конфронтацию он с ним не вступал, однако, воспользовавшись тем, что татарское войско ушло на запад, неожиданно напал на Крым. Хан был вынужден увести свои войска, а П. Дорошенко пришлось заключить перемирие.
Вернувшись осенью 1667 года в Чигирин, П. Дорошенко прекрасно понимал, что польский король со свежими силами очень скоро двинется на истощенное и опустошенное двадцатилетними войнами Правобережье. Собрать войско, способное противостоять королевской армии, здесь было уже невозможно. В свою очередь, московские послы убеждали гетмана подчиниться Речи Посполитой и «находиться в верном подданстве польского короля». На помощь царя надеяться, таким образом, не приходилось, а подчиняться Яну Собескому гетман не собирался. Не примирился он и с разделом Украины между Польшей и Россией.