В 15- летнем возрасте Фридрих остался без родителей, которых унесла эпидемия 1675 года. Юноше пришлось строить свою судьбу самостоятельно. По окончании в 1683 году Йенского университета, где он учился у профессора Георга Вольфганга Веделя (Wedelius, 1645–1721), пользовавшегося большой известностью в области ятрохимии, Фридрих совершенствуется в Лейденском университете у крупнейшего медика Европы Германа Бургава. Получив ученую степень, он переезжает в Англию для обучения под руководством ятрофизика Роберта Бойля, основателя (1662 г.) и президента (1680–1691 гг.) Лондонского Королевского общества (Академии наук). Бойль занимался своими исследованиями вдали от городского шума, в одном из поместий, и охотно приглашал туда всех знаменитых людей, посвятивших себя изучению наук.
В 1688 году Гоффман занимает должность физиолога в Гальберштадте, а шестью годами позже — профессора клинической медицины только что созданного университета родного города Галле. В 1709 году его приглашают лейб-медиком к Фридриху I. Вскоре, вследствие закулисных интриг, он оставляет Берлин и возвращается в Галле, где до кончины, последовавшей 12 ноября 1742 года, занимается преподаванием.
По мнению Гоффмана, изложенному в его основном девятитомном сочинении «Medicina rationalis systematica» (1718–1740 гг.) — («Система рациональной медицины»), жизнь, здоровье, болезнь, излечение подчинены исключительно законом механики. «Механика есть причина, источник и закон всех явлений», — говорил Гоффман. Гоффман полагал, что «жизнь заключается в движении; сокращения сердца препятствуют смерти, предохраняют тело от разложения; все зависит от известных движений фибр, их расположения и известного соотношения движений в накоплении жидкости». Для объяснения этого движения, называемого Гоффманом жизненным, «нет нужды прибегать к понятию природы, души, жизненных сил, «археи», или какому угодно другому «гению» или жизненному началу», которые ранее использовали ученые.
В переписке с Гоффманом Лейбниц обсуждал не только вопросы химии, но и философские проблемы. Старый философ одобряет его направление и побуждает написать «Рациональную теорию медицины». Лейбниц сообщает своему корреспонденту, что не разделяет взглядов Ньютона, говоря, что тот, кто старается объяснить тяготение первичной силой притяжения, грешит против истины и прибегает к чуду. Лейбниц согласен с Гоффманом, что каждый организм есть механизм, но при этом добавляет: «Только более тонкий и божественный». Лейбниц говорит, что органические тела природы суть божественные машины; допустить в них что-нибудь, что было бы чуждым механизму, — нельзя. Он не желает идти против известного положения своего времени: «В теле подчиняется механическим, то есть рациональным основаниям».
Фридрих Гоффман допускает существование нервного флюида, обнаруженного английским анатомом и врачом Томасом Уиллисом (Виллизием)(Willis, 1621–1675), и полагает, что «сердце и плотные движущие части организма получают способность к движению и сокращению, силу, тонус и эластичность от очень малых флюидов, находящихся в мозговых желудочках, нервах и самой крови». Отсюда движением мозга часть флюида по нервным трубочкам распространяется по всему организму, другая — циркулирует с кровью. Обе системы находятся в определенной связи. Во всех частях тела нормальный тонус ткани регулируется флюидом. Если нервный флюид протекает в слишком большом количестве, наступает патологическое состояние, спазм, если в малом — развивается состояние атонии. Эти малые флюиды Гоффмана имеют, однако, большое сходство с древними «силами» (spiritus), несостоятельность которых была подчеркнута выше самим же Гоффманом.
Доктор Гоффман был чрезвычайно рассудительным, гибким и осторожным практиком. Подобно Гиппократу, он полагал, что природа — лучший врач. К этой формуле он лишь добавил, что природа излечивает «механически». Гоффман являлся противником фармакологии и рекомендовал менее сильные средства; одним из первых причислил к лечебным средствам ванны и минеральную воду. Он был рьяным сторонником возбуждающих средств: рейнского вина, летучих и маслянистых солей, средств, уменьшающих кислотность пищеварительных соков. Гоффман первым советовал употребление в качестве слабительного воды Зедлицких источников, открытой в 1717 году. В детской терапии он назначал белую магнезию — как средство послабляющее, мускус и амбру — как возбуждающее. Нашатырь и олений рог прописывались им при параличах; употреблять кофе он советовал старикам. Дизентерию он рекомендовал лечить опийной настойкой, устраняющей понос, а уж потом давать больным настой трав.