Лейбниц думает иначе: из данных химии можно заключить, что в теле происходят взрывы, подобные огненным. Поэтому наше тело можно назвать «машиной не только гидравлическо-пневматической, но и огненно-взрывчатой». На тезис Шталя о том, что душа не может быть отделена от тела и все действия и помыслы души направлены на телесное, Лейбниц отвечает, что не может с этим согласиться. И это говорит то, кто в отношениях души и тела заходил так далеко, что признавал особого рода тело, соединенное с душой до рождения и после его смерти. Он не может согласиться со Шталем, что все действия и помыслы души направлены на телесное, так как разум теснее связан с Богом, чем с телом. Оппонент Шталя спрашивает: «Если душа имеет власть над «телесной машиной», почему бы ей не приказывать телу что угодно. Например, если мы прыгаем с помощью душевной силы, почему мы не можем прыгнуть на любую высоту».
Доктор Шталь утверждал, что между жизненными процессами и фактами физики и химии имеется только поверхностное сходство и что ни одна органическая функция не осуществляется автоматически, но все контролируется чувствующей душой. Болезнь, учил Шталь, — это «сумма движений, вызываемая душой для освобождения тела он внедрившихся в него вредностей. Человеческое тело не просто соединение разнородных частей, но живой организм, и его жизненные отправления подчинены верховному началу, разумной душе». По мнению Лейбница, всякое движение происходит только в материи, оно связано с телесным, а не с душой — монадой.
Получив послание Лейбница, обидчивый Шталь рассердился, хотя тон возражений Лейбница был учтивым и сдержанный, и он отдавал должное проницательности и знаниям Шталя. Возмущался Шталь тем, что Лейбниц не прочел до конца его трактат: его возражения остановились на 160-й странице, а их более тысячи. Лейбниц сравнивает Шталя с материалистом Гоббсом, а это Шталь отказывается признать. Шталь негодует: «Не будучи врачом, Лейбниц вступает в спор на медицинские темы, которые я вынашивал десятилетиями».
Фридрих Вильгельм I не любил энциклопедиста Лейбница и подбил Шталя дать отповедь своему оппоненту. Шталь собрал всю переписку, прибавил новые аргументы против возражений великого философа, снабдил все предисловием, в котором изложил историю полемики и издал в 1720 году в виде книги под названием «Negotium otiosum» («Праздное занятие»). Своей цели он не достиг, Лейбница уже давно не было на свете. Он умер 14 ноября 1716 года при странных обстоятельствах. В последние годы жизни Лейбниц страдал подагрой. Из всех лекарств доверял тому, которое было ему когда-то подарено приятелем-иезуитом. Приняв лекарство, он почувствовал себя очень дурно. Прибывший врач нашел положение настолько опасным, что сам поспешил в аптеку за лекарством. Пока он ходил, к Лейбницу пришла смерть. Произошло это около десяти часов вечера. Ходили слухи, что философ был отравлен. Ганноверцы равнодушно встретили известие о смерти выдающегося соотечественника: тело философа целый месяц лежало в церковном подвале без погребения.
Доктор Шталь противопоставил механистическим представлениям о сущности болезней свое учение — анимизм, носящее выраженный виталистический характер и основывающееся на постулате: «Целесообразная деятельность живых существ и их самосохранение зависят от разумной anima, которая сама строит себе тело, управляет и движет им без посторонней помощи». Шталь говорил, что врачи ряд симптомов ошибочно принимают за болезни, в то время как они представляют целительные приемы природы. Например, во время болезни anima борется с болезнетворной причиной и стремится освободиться от нее с помощью различных «благотворных припадков», а потому не следует их подавлять. По его мнению, лихорадка — полезное явление, служащее выражением борьбы природы или animы против вредной мокроты, для изгнания последней из организма, местное воспаление также является защитным актом. Сюда же относятся кровотечения, особенно геморроидальные, так что вмешиваться следует очень осторожно. Эту мысль о необходимости «кризисов» высказывал ван Гельмонт, а также другие врачи и мыслители до и после Шталя. В общем, Шталь возобновил учение Гиппократа об исцеляющей природе.