Среди профессоров Тюбингенского университета, кроме Дювернуа и Бильфингера, остальные не блистали знаниями. 16-летний студент Галлер, выступив на диспуте, удивил профессоров отличным знанием латинского языка. Через год Тюбингенский университет показался ему тесен. Галлер 25 марта 1725 года записал в дневнике: «Постепенно я убедился, что здесь мне нет смысла учиться. Некоторые профессора имеют мало знаний, а другие не имеют способностей их передать. Но о Голландии я слыхал много похвального. Особенно хвалили труды Бургава — говорили, что он большой мастер».
Не медля, Галлер отправился в Лейден, где стал любимым учеником знаменитого профессора Бургава, читавшего клинические лекции. Общаясь с Бургавом, он понял, что учением «анимизма» нельзя объяснить сложные процессы жизни, а при исследовании их с помощью законов механики игнорируются основные специфические свойства живой материи. Задача натуралиста и медика — широко применять эксперимент, варьируя объекты и методики, используя математические методы обработки материалов опытов, настойчиво отыскивать закономерности природы. Умение Бургава сочетать клиническое наблюдение с анатомо-физиологической работы, привлечение химии и ботаники, с одной стороны, в качестве арсенала лечебных средств, а с другой — для познания общих свойств жизни с пониманием было воспринято Галлером.
Защитив в 19 лет диссертацию на степень доктора медицины, Галлер в 1727–1728 годах отправляется для пополнения знаний в Кембридж и Париж. Удовлетворив свою безграничную любознательность, он возвращается в Базель, где в 1731 году женится на Марианне Висс, от которой родилось трое детей. Достигнув 26-летнего возраста, Галлер перебирается в свой родной Берн, чтобы преподавать анатомию. И года не проработав в Берне, Альбрехт, получив приглашение в открывшийся в 1736 году Гёттингенский университет им. Георга Августа и заручившись краткой рекомендацией Бургава, в которой учитель пророчески написал: «Он будет великим ученым медиком Европы», отправляется с женой и старшим сыном в Геттинген.
При въезде в город случается несчастье — гибнет его жена Марианна. Галлер безутешен и старается заглушить горе интенсивным трудом: в качестве профессора он преподает на кафедрах анатомии, физиологии, хирургии, химии и ботаники. Он основывает анатомический театр и ботанический сад, родильный дом для бедных женщин, научное общество, журнал. Галлер развивает поразительную деятельность как по своему объему, так и по глубине, становится научным лидером Геттингенского университета, редактором Геттингенской газеты научных сообщений — органа Королевского научного общества, президентом которого он был до конца своей жизни. В 1739 году его назначают главным врачом Ганновера. В этом же году Галлер женится на Елизабете Бухер, но через год снова становится вдовцом, она погибает от родов. Галлер снова женится в 1741 году на Софии Тейхмайер, которая подарила ему восьмерых детей.
В 1739–1743 годах Галлер опубликовал 4 тома комментариев к учебнику своего учителя Бургава «Institutiones medical» («Установления медицины»). Там в 1743 году впервые появились его идеи о раздражимости и чувствительности как основных свойствах живой материи. В 1746–1747 годах он привел современное объяснение механизма дыхания в работе «De respiratione experimenta anatomica», первым применяет термин «физиология» и использует метод физиологического эксперимента. Надо сказать, что со времен Галена не появилось ни одного толкового учебника физиологии. Галлер в 1747 году публикует учебник «Основы физиологии человека» («Fundamenta physiologiae humani»).