Король Англии Георг II в 1748 году посетил Геттинген и назначил Галлера своим государственным советником и лейб-медиком; Император Франц I пожаловал ему дворянство; его зовут в Утрехт, Оксфорд, Берлин, Галле, С.-Петербург. Его избирают почетным членом Академии наук (почетный член Петербургской АН 1776 г.) и научных обществ. На фоне такого бешеного успеха пришло и огорчение: шовинисты-профессора просят убрать иностранца Галлера из Геттингена.
Важнейшие работы Галлера были посвящены проблемам анатомии, особенно физиологии. Галлер тесно связал физиологические функции организма человека с его анатомическим строением, называя физиологию «оживленной анатомией"(«anatomiu animata»). В 1751 году он издал двухтомное сочинение «Методы Бургава по изучению медицины», а в 1752 году разработал теорию, согласно которой органы живого тела обладают двумя основными свойствами: раздражимостью и чувствительностью.
Стоит сказать, что впервые ввел понятие раздражимости профессор Кембриджского университета Френсис Глиссон (1597–1677), английский врач, анатом и физиолог. Учение Глиссона о раздражимости связано с его философскими воззрениями, близкими к взглядам его современника Ф. Бэкона. Глиссон считал материю не инертной, а способной к самостоятельному движению и чувствительности. Он писал, что все части тела построены из волокон, которые способны воспринимать внешние воздействия и отвечать на них различными присущими им движениями (сокращениями, соковыделением и т. д.). К тому же он дал первое описание рахита (1650) и провел детальные исследования по анатомии печени (1654). Глиссон отвергал господствовавшее в его время учение Декарта о нервных «флюидах», экспериментально доказав его несостоятельность измерением объема мышц до и после сокращения (путем погружения ее в сосуд с водой).
Доктор Галлер изумлял Европу своей ученостью, но, несмотря на громкий успех, он в 1753 году с женой и детьми покинул Геттинген и возвратился в Берн, где проживет до конца жизни. В 1754 году он закончил 8 книг по анатомии сосудов, внутренних органов и мозга. На протяжении 1753–1758 годов Галлер работает врачом в Берне. Специально для своего любимца бернцы построили анатомический театр, создали библиотеку. На него сыпались ордена и звания, короли приглашали нанести им визит. Он организовал ботанический сад, филологическую семинарию, опубликовал 8-томное руководство «Элементы физиологии человеческого тела» («Elementa physiologiae corporis humani», вышедшее в 1757–1766 гг. Не менее ценны и его «Icones anatomicae» («Анатомические рисунки») и трехтомное исследование по эмбриологии и причинам уродств у животных, вышедшее в 1765 году.
Последующий период его жизни ознаменован преимущественно литературно-поэтической деятельностью. Поэма Галлера «О происхождении зла» («О лживости человеческих добродетелей») была переведена на многие языки. На русский язык ее переводили дважды (Карамзин — в прозе в 1786 г., в стихах — Петр Богданов в 1798 г.). Представляет интерес его поэма «Альпы», которую он написал под впечатлением швейцарских Альп, где собирал материал для работ по ботанике.
Несмотря на творческие успехи, психоэмоциональное состояние Галлера было некомфортным. Считая себя гонимым людьми и проклятым от Бога за свою порочность, а также за свои еретические сочинения, он испытывал ужасный страх, что мог избавиться от него только громадными приемами опия и беседой со священником. В конце концов Альбрехт фон Галлер заболел, у него обнаружили рак желудка. Рассказывают, что когда его сильно одолевали приступы болезни, он, страшась тяжких болей, принимал опийную настойку, хотя вслух восклицал, что эту дрянь надо запретить. «Смени лекарства!» — умолял Галлера его друг. И вот 12 декабря 1777 года светило медицины угасло. 11детей, 20 внуков и тысячи почитателей остались без своего кумира! Не дожив одного года до своего семидесятилетия, он умирает. Последними словами Галлера были: «Он уже не бьется». Он подразумевал свой пульс, который до этого момента чувствовал.
После смерти Галлера сыновья уничтожили его дневники за 1748–1774 гг. и копии его писем. София Галлер — жена, продала императору Австрии библиотеку мужа, которая в 1777 году составляла 25 000 томов, 80 рукописей и множество писем. Все это было передано в библиотеки трех университетов Италии, входивших в состав Австрии: Павии, Падуи и Милана.