Вся эта острая и не в меру озлобленная полемика двух выдающихся учеников Бургава вызвала у современников искреннее недоумение. В 1747 году Ламетри нанес Галлеру серьезный удар, анонимно опубликовав в Лейдене сочинение «Человек-машина» с пометкой на обложке «1748 г.» (русск. пер. — 1911) с посвящением: «Господину Галлеру, профессору медицины в Геттингене», которое было также публично предано огню. В книге речь идет о проблеме объективного изучения психических процессов. Галлер, напуганный материалистическими идеями и крайними выводами Ламетри, всеми силами отмежевывался в печати от Ламетри. Богобоязненный Галлер писал по поводу книги Ламетри: «Благоговение перед создателем, религией и истиной не позволяет мне видеть без ужаса и содрогания тварь, которая осмеливается восстать против своего отца и зиждителя»
Стоило выйти в свет книге Ламетри, крупнейшему для той эпохи материалистическому и яркому атеистическому трактату, как со всех сторон на автора послышались угрозы. Голландское духовенство больше не могло дышать одним воздухом с этим «нечестивым атеистом» и требовало смертной казни для Ламетри, осмелившегося издать подобный труд в Голландии. Только что избежав мести французской церкви и парижских врагов, требовавших бросить его в Бастилию, Ламетри не находит покоя и в Голландии. Ламетри был изгнан из страны, а его враги выпустили ряд книг с резкими нападками и возражениями против высказанных им взглядов. Так, в 1749 году в Лейпциге издается книга Францена. В том же году, в том же Лейпциге издается латинский трактат Тралле, и, наконец, Хольман в 1750 году издает в Берлине книгу на французском языке. Кульминационным пунктом борьбы вокруг книги «Человек-машина» явилось появление книги анонимного автора под названием «Человек больше, чем машина». В той же лейпцигской типографии, где издана была книга Ламетри, в угоду торжествующим голландским священникам, поспешно, сейчас же по выходе в свет книги Ламетри, был напечатан этот документ, в котором «доказана неопровержимыми аргументами нематериальность души».
В начале 1751 года Ламетри прислал Галлеру свою статью «Искусство наслаждения», а затем новый памфлет — «Маленький человек с большим хвостом», где выставил своего противника в дурном свете, не стесняясь лжи и выдумок. В частности, Ламетри писал о том, что в 1735 году он посетил Галлера в Геттингене и вел с ним беседы на медицинские темы; встречался с ним в Бонне в доме Штайгера — друга детства Галлера — и обсуждал с ним вопрос о происхождении геморроя. Более того, ему, Ламетри, известно, что Галлер написал какую-то работу, атеистическую по своему содержанию, и прочитал ее перед сборищем «непотребных» женщин. Однако хорошо известно, что Ламетри никогда не бывал ни в Геттингене, ни в Берне, и тем более ни разу не виделся с Галлером и не разговаривал с ним. В этом злом памфлете было верно одно положение, а именно то, что Галлер написал в защиту Бюффона от наскоков богословов Сорбонны, обвинявших его в атеизме, предисловие к I тому «Естественной истории», вышедшей на немецком языке в начале 1751 года.
Получив от Ламетри этот памфлет, Галлер был возмущен до глубины души и отправил письмо президенту Берлинской Академии наук П.М. Мопертюи. Спустя некоторое время президент сообщил Галлеру, что Ламетри признался в своей выдумке и готов дать любое удовлетворение обиженному Галлеру. Галлер досадовал, что в лице талантливого философа-врача, который перевел и издал многие произведения Бургава с целью успешной борьбы среди медиков Франции с влиянием витализма Шталя, он мог бы иметь союзника. Но спор из-за «Комментариев», религиозность Галлера и его желание защитить Бургава от обвинений в атеизме и скрытых материалистических убеждениях, помешали ему иначе отнестись и к «Естественной истории души», и к посвящению ему «Человека-машины».
Знаменитым философским трактатом «Человек-машина» увлекалась передовая французская молодежь. В этом сочинение Ламетри как философ первым во Франции дал последовательное изложение системы механистического материализма и сенсуализма, а как врач рассматривал человеческий организм как самозаводящуюся машину, подобную часовому механизму. Ламетри в полном соответствии с взглядами, наиболее ясно сформулированными еще Декартом, трактовал организм как некий механизм, в который загружается топливо-пища, легкие- меха нагнетают воздух, сердце, как насос, прокачивает питательную жидкость — кровь по всем клеточкам, сбрасываются отработанные смазки и прогоревшие шлаки, что не было чем-то новым, если вспомнить хотя бы работы Гоффмана.