Вернемся к угличскому делу. Если предположить, что оно фальсифицировано, то возникает вопрос: а надо ли было привлекать семь писцов, делавших беловую копию следственных материалов? К тому же входившие в следственную комиссию подьячие, записав показания свидетелей, предлагали им заверить сказанное подписью. И в деле сохранилось два десятка автографов угличан, ставших очевидцами событий. Как установил В.К. Клейн, эти подписи строго индивидуализированы, отражают разную степень грамотности свидетелей, соответствующую их социальному положению и профессии. Данные подписи никак не могли выполнить один или даже несколько фальсификаторов. Да и сами показания рисуют столь сложную картину происшедшего, нередко драматически противореча друг другу, что для создания поддельного сценария следственных материалов его творец должен был обладать талантом Шекспира или Пушкина.
В первый же день заговорили об убийстве Дмитрия. Её рьяным сторонником выступал дядя царицы Марии Михаил Нагой. Вину за смерть царевича он возлагал на сына уже известного нам дьяка Битяговского Данилу, племянника дьяка Никиту Качалова и других близких к ним людей. Однако утверждения Нагого были тотчас опровергнуты независимо друг от друга несколькими свидетелями. Так, вдова Битяговского показала: «Муж мой Михайло и сын мой в те поры ели у себя на подворьишке, а у него ел священник… Богдан». Отец Богдан был духовником Григория Нагого, особых симпатий к Битяговском не питал и пытался выгородить царицу и её братьев, настаивая на их непричастности к убийству дьяка, будто бы самочинно убитого посадскими людьми после гибели царевича. Богдан тем не менее подтвердил, что обедал вместе с Битяговским как раз в тот момент, когда случилось трагическое происшествие с Дмитрием и в городе ударили в набат. Несчастный дьяк и его сын, следовательно, имели алиби, а преступниками их считала только подстрекаемая Нагими угличская толпа.
Показания свидетелей также с несомненностью доказывают, что Михаил вообще не был очевидцем гибели Дмитрия. Он прискакал «мертв пьян» во дворец уже после того, как ударили в колокол, и натравил народ на Битяговского. Протрезвев, дядя царицы понял, что натворил, спровоцировав убийство царского дьяка. Накануне приезда В.И. Шуйского он приказал своим людям найти несколько ножей и палицу и положить их на трупы отца и сына Битяговских, сброшенных в ров у крепостной стены. Однако члены комиссии легко разоблачили этот подлог. Угличский городовой приказчик Русин Раков признался, что нашел у посадских людей два ножа и принес их Нагому, а последний распорядился зарезать курицу и вымазать ножи её кровью. На очной ставке резавший курицу слуга все подтвердил. А брат Михаила Григорий рассказал, как тот доставал из-под замка «ногайский нож» – еще одну сфабрикованную улику.
Версия же гибели царевича в результате несчастного случая была выдвинута непосредственными очевидцами случившегося. В полдень 15 мая Дмитрий с ребятами во дворе играл ножичком в «тычку» (сейчас эта игра называется «ножички»). Вместе с царевичем была мамка Волохова, кормилица Арина Тучкова с сыном Баженко, приходившимся Дмитрию молочным братом, постельница Марья Колобова с сыном Петрушкой и еще два «жильца» (отобранные в свиту царевича его сверстники). Мальчиков допрашивали с особой тщательностью, полагая, что устами младенца глаголет истина, поскольку детей гораздо труднее, чем взрослых свидетелей, научить складно, без запинки врать, не путаясь в деталях и отвечая на все каверзные вопросы следователей. Шуйский интересовался, «кто в те поры за царевичем были». «Жильцы» и сыновья кормилицы и постельницы согласно показали, что «были за царевичем (то есть возле царевича. – Б. С.) в те поры только они, четыре человека, да кормилица, да постельница». Они категорически отрицали, что вместе с царевичем были еще сын мамки Осип Волохов, Данила Битяговский и Никита Качалов. Происшествие жильцы описали следующим образом: «…Играл-де царевич в тычку ножиком с ними на заднем дворе, и пришла на него болезнь – падучий недуг – и набросился на нож».