Обстановка в Эгейском море тоже изменилась. Здесь уже безраздельно господствовал военный флот Древнего Рима, вытеснивший более слабый, хотя и многочисленный, понтийский флот через проливы в Черное море.
Царь Митридат VI запросил мира. Мирный договор заключили в августе 85 года до н. э. в Дардане. Понтийский монарх был вынужден освободить все занятые его армией территории, прежде всего в Малой Азии, и выплатить Древнему Риму контрибуцию в две тысячи талантов. Но побежденный Митридат сумел сохранить за собой основные владения.
Вторую Митридатову войну (83–81 годы до н. э.) спровоцировал амбициозный римский проконсул Лициний Мурена, мечтавший прославиться на военном поприще. Хрупкий мир между Древним Римом и Понтийским царством был нарушен из-за небольшого военного инцидента. Но понтийцы нанесли поражение римлянам.
Митридат Евпатор, понимая неизбежность нового военного столкновения с Римом, начал снова энергично готовиться к войне. Ему, искусному дипломату, удалось создать мощную антиримскую военную коалицию, в которую входили скифы, сарматы, фракийцы, германцы, войска Сертория в Испании, царя Армении Тиграна II и киликийцы — пираты Средиземного моря.
В 75 году до н. э. царь Вифинии Никомед завещал свое царство Риму. Но его владения на южном черноморском побережье Малой Азии граничили с Понтийским царством. Митридат, естественно, посчитал это угрозой для своих владений. В 74 году до н. э. его 120-тысячная армия, пользуясь поддержкой местного населения, вторглась в зависимую от Рима Вифинию и захватила ее. Одновременно началась война против римлян Каппадокии и Пафлагонии.
Эта Третья Митридатова война (74–63 годы до н. э.) шла с переменным успехом. Римский сенат серьезно отнесся к событиям в Вифинии и направил туда многочисленные войска. Главнокомандующим на Востоке был назначен консул Луций Лициний Лукулл.
В 74 году до н. э. у Халкидона состоялось крупное морское сражение. Римский флот, которым командовал Рутилий Нудон, при появлении на море понтийского флота попытался выстроиться в боевую линию, но понтийцы оттеснили римлян в укрепленную гавань Халкидона. Казалось, что на этом морское сражение и закончилось. Но понтийцы разрушили заграждения у входа в гавань, в нее ворвались их боевые корабли. В ходе ожесточенных абордажных схваток все 70 кораблей Рутилия Нудона были уничтожены. Так был нанесен удар по морскому могуществу Рима.
Летом 73 года до н. э. внимание Митрида привлек приморский город Кизик, который обладал 2 гаванями и 200 доками и мог существенно повлиять на дальнейший ход войны. Армия Евпатора осадила Кизик, но неожиданно попала в окружение римлян под командованием Лукулла.
Затем консул Лукулл вытеснил противника из Вифинии и Понта. Евпатор бежал к зятю, Тиграну Армянскому. Отказ последнего выдать тестя римскому консулу послужил поводом для войны между Римом и Арменией.
Осенью 69 года до н. э. 10-тысячное римское войско под командованием Лукулла осадило город Тигранакерт. Тигран Армянский со 100-тысячной армией понтийцев напал на римлян. Но в самом начале сражения ему не удалось занять возвышенности. Этим воспользовался консул Лукулл, атаковав конницу понтийцев с тыла и разгромив ее. Затем легионеры разбили пехоту противника. По свидетельству римских источников, явно преувеличивавших победу при Тигранакерте, понтийцы потеряли около 100 тысяч человек, сами же победители — всего 5 воинов!
В следующем, 68 году до н. э. победитель Лукулл двинулся во главе римской армии на столицу Армении Артаксат (Арташат). Но Митридат Евпатор перешел со своими войсками в наступление, отвоевав у римлян Понт и Армению.
В начале 66 года до н. э. командование римской армией на Востоке перешло к полководцу Гнею Помпею. В том же году невдалеке от Никополя состоялась битва между римлянами и войсками царя Митридата. Помпею удалось занять господствующие над полем сражения высоты, и понтийцам пришлось разбить походный лагерь под ними. Ночью римские легионеры внезапно атаковали спящих понтийцев и разгромили их.
После этого сражения Митридата окончательно вытеснили из его владений. Он бежал сначала в Колхиду, а оттуда через Черное море в Пантикапей (современная Керчь), столицу Боспорского царства. Там он хотел собраться с силами и вновь начать войну против ненавистного Рима. Однако народ и войско беглого понтийского царя не поддержали.
Вскоре против Митридата VI восстали греческие города Северного Причерноморья и азовского побережья. Царское войско во главе с его сыном Фарнаком тоже подняло мятеж. Тогда царь Митридат покончил жизнь самоубийством, бросившись на меч (по другой версии, попросил телохранителя убить его мечом).