Роман открывается сценой, в которой молодой человек видит кошмар, в котором полчища людей ищут его как своего Спасителя. Иисус из Назарета, деревенский плотник, с раннего детства видел странные предзнаменования и чувствовал, что рука Бога царапает кожу его черепа. Он убегал от этих знаков и видений, надеясь, что если он согрешит, Бог оставит его в покое.
Иисус с детства любил Марию Магдалину, дочь деревенского раввина. Он хотел жениться на ней, но Бог безжалостно заставил Иисуса отказаться от нее. Для того чтобы забыть его, Мария стала проституткой. Сокрушенный Иисус ищет убежища в пустом монастыре. Мессия поневоле, он кричит Богу: «я … люблю хорошо поесть, выпить вина, посмеяться, я хочу жениться, иметь детей. Отпусти меня! Я … хочу взять в жены Магдалину, хоть она и блудница. […] Я делаю это преднамеренно. Чтобы Ты почувствовал ко мне отвращение. Ступай, поищи кого-нибудь другого, а я обрету избавление. […] Всю жизнь я буду изготовлять кресты, на которых распинают избранных тобой Мессий».
После пребывания в пустыне Иисус находит в себе мужество и решимость встать на путь пастыря. Центральные главы романа следуют известным эпизодам Евангелия — до минуты распятия, когда последнее искушение приходит к Христу в бреду на кресте в мечте об эротическом блаженстве и мирской жизни. Ангел-хранитель избавил Христа от распятия. Он пошел гладким, спокойным человеческим путем и женился, в конце концов, на Магдалине. После смерти Магдалины он женился на Марфе и Марии, сестрах Лазаря, и стал отцом. Теперь, будучи стариком, он сидит на пороге своего дома и вспоминает желания молодости и радость избавления от лишений и мук креста. Он встречается со своими бывшими учениками, которых возглавляет Иуда, обвиняющий Христа в трусости, отступничестве и предательстве. «Твое место было на кресте, — говорит он. — Бог Израиля там поставил тебя вести бой, но ты покрылся от страха холодным потом и в тот миг, когда смерть встала перед тобой, поспешил унести ноги». Иисус внезапно вспоминает, где он, кто он, почему ему больно. Им овладевает дикая радость. Хотя искушение на мгновение захватило его и сбило с пути, он с честью выстоял до самого конца. Радости брака и отцовства были ложью, иллюзией, посланной ему дьяволом. Он не предал своих апостолов, которые живы и преуспевают, проповедуя его учение. «Все было сделано так, как надлежало, — слава Тебе, Боже!»
ЦЕНЗУРНАЯ ИСТОРИЯСозданный Казандзакисом неортодоксальный образ Иисуса критиками был оценен в пользу романа, мощного и значительного, — выдающегося и оригинального произведения искусства, которое в своем глубинном смысле прославляет духовную борьбу человечества. И тем не менее было широко признано, что с ортодоксальной точки зрения интерпретация писателя может быть расценена как еретическая или кощунственная. Однако основным мотивом для написания «Последнего искушения Христа» было не желание Казандзакиса поспорить с церковью. Он хотел, скорее, поднять Христа над церковью в целом, изобразить фигуру нового времени, языком, понятным в XX веке. В письме от 1951 года Казандзакис объяснил свои намерения: «Это творческая попытка, трудоемкая и священная, перевоплотить сущность Христа, оставив в стороне отбросы — мелочность и фальшь, которыми все церкви и все облаченные в сутану представители христианства затуманили Его облик, таким образом исказив Его».
«То глубоко человечное, что было во Христе, помогает нам понять и полюбить Его, помогает пережить Страсти Его так, словно это были наши собственные страсти, — писал Казандзакис в прологе к своему роману. — Не будь в нем частицы человеческого тепла, он никогда не смог бы так уверенно и нежно тронуть наши сердца, не стал бы примером в нашей жизни… […] Для того чтобы явить величайший пример человеку борющемуся, показав, что мучений, искушения и смерти не следует бояться, потому что все это уже было побеждено, — для того и написана эта книга».
В 1954 году, после публикации в Греции «Последнего искушения Христа», появились слухи, что Казандзакис был отлучен от Восточной православной церкви. Казандзакис писал: «Православная церковь Америки собралась и прокляла «Последнее искушение» как крайне непристойное, атеистическое и предательское, признав, что не читала его…» Казандзакис написал лидерам православной церкви, цитируя христианского мыслителя III века Тертуллиана: «К твоему суду взываю, Господи», добавив: «Вы прокляли меня, святые отцы, я же вас благословляю. Желаю, чтобы совесть ваша была столь же чистой, как моя, а сами вы — столь же нравственными и набожными, как я».