Шумный, жизнерадостный, непокорный Макмерфи — здоровый и нечестивый борец, бросающий громкий и задорный вызов жесткому упорядоченному миру, над которым властвует сестра Гнуссен. Вопреки всем правилам больницы он вовлекает пациентов в азартные игры, тайком доставляет в палату вино и женщин. Поскольку он открыто противостоит Старшей сестре, остальные больные, ободренные его примером, постепенно избавляются от страха, выходят из своей вынужденной пассивности и учатся выражать счастье, гнев и другие эмоции, так долго подавляемые. Подобные действия опасны для Макмерфи, потому что в отличие от прочих, оказавшихся в клинике добровольно, он направлен туда властями, и срок пребывания в больнице зависит от его поведения. Чем яростней его бунт против гнетущей атмосферы, созданной Старшей сестрой, тем больше опасность, что его принудят остаться в больнице на продолжительный срок.
Макмерфи демонстрирует пренебрежение правилами, столь долго довлевшими над другими пациентами — крадет запрещенные сигареты, оставленные в сестринской комнате, угоняет рыбачий катер, чтобы вывезти своих соседей по палате на рыбалку; его жизненная сила и энтузиазм радикально меняют окружающих. Его эскапады подчас влекут за собой трагические последствия, нарастает конфликт власти и новообретенной свободы. Сперва один пациент тонет в терапевтическом бассейне, когда его пальцы прилипают к решетке на дне, затем кончает с собой юный Билли Биббит, так как сестра Гнуссен угрожает рассказать его матери, что он занимался сексом с проституткой, приведенной в палату Макмерфи. Самого Макмерфи ждет расплата: он обвиняет Старшую сестру в смерти юного Билли, нападает на нее и вскоре на неделю исчезает из палаты. Когда он возвращается, остальные пациенты не могут поверить в произошедшую с ним перемену и говорят, что это самозванец, который выглядит, «как манекен в магазине… дурацкая кукла из ярмарочного балагана». Лоботомия разрушила его «я» и сделала из Макмерфи показательный пример того, что случается с человеком, восставшим против системы. Не в силах переносить вид их друга, лишенного его энергии, остальные пациенты решают избавить Макмерфи от такого существования. Вождь душит его подушкой, после' чего бежит из больницы на свободу.
Роман часто запрещался как расистский, непристойный и аморальный из-за его грубого языка и акцента на сопротивление властям. Белые пациенты постоянно называют черных санитаров такими расистскими выражениями, как «черномазый», «ниггер», медсестру-японку из палаты для буйных презрительно зовут «Джап». Бесчисленными ругательствами усеяна речь Макмерфи, он намеренно насмехается над врачами и медсестрами, кривляясь по поводу задаваемых ими вопросов о его психопатических склонностях: «Интересно, почему же это я кролик? Потому что психопат? Потому что дерусь или потому что кобель? Кобель — поэтому, наверное? Ну, это, трах-трах, извините, сгоряча. Ага, наверно, поэтому я кролик…» Он высказывается о сестре Гнуссен, что у нее «слишком большие сиськи» и что она — «сука, стервятница и яйцерезка».
Из-за «непристойного, грязного языка» роман вызвал протесты родителей школьников в Грили, штат Колорадо, в 1971 году, они потребовали исключить его из списка необязательного чтения курса американской культуры вместе с «Я никогда не обещал тебе розового сада» и «Историей любви». В 1974 году пять жителей Стронгвилла (штат Огайо) обратились с просьбой к Совету по образованию исключить из школьной программы романы «Над кукушкиным гнездом» и «Дитя в земле обетованной». Назвав обе книги «порнографией», они обвинили произведения в «пропаганде преступности, тлетворном влиянии на подрастающее поколение, описаниях животной жестокости, пыток, расчленения, смерти и убийств». В 1975 году книга была изъята из школьных библиотек в Рэндольфе (штат Нью-Йорк) и Алтоне (штат Оклахома); в 1977 году в Вестпорте (штат Массачусетс) школьные власти исключили книгу из списка обязательного чтения.
В 1978 году роман был запрещен в школе Сент-Энтони Фримонт (штат Айдахо), контракт с преподавателем, включившим книгу в программу, не был продлен. Директор школы не читал книгу, но отобрал все экземпляры, найденные у учащихся, не пытаясь оценить ее художественные или образовательные достоинства. От учителя потребовали разослать ученикам список книг, в котором должны были быть представлены произведения, рекомендованные к чтению вместо вызывающих сомнения произведений. Учитель связался с Американским Союзом за гражданские свободы, чтобы передать дело в окружной суд, заявив, что его права и права его студентов в соответствии с Первой и Четырнадцатой поправками к Конституции были нарушены. Дело «Фогарти против Этчли» было открыто, но решение по нему вынесено не было. В 1982 году роман также был исключен из школьной программы в Мерримэке (штат Нью-Гемпшир), а в 1986 году его пытались изъять из программы школы в Абердине (штат Вашингтон), но школьный совет проголосовал за сохранение романа в списке.