Роман завершается известием, что Джим уже освобожден, согласно последней воле его хозяйки мисс Уотсон. Джим получает то, чего он желал больше всего на свете, — свободу. А Гек решает и дальше странствовать в одиночестве. Он уверен, что в цивилизованном мире ему не место.
Полемика вокруг романа началась в 1885 году, когда Публичная библиотека Конкорда (штат Массачусетс) запретила книгу, заявив, что это «мусор, пригодный только для трущоб». Традиционную мораль оскорбил жаргонный язык Джима и Гека, а также их дурные манеры. Публичная библиотека Денвера (штат Колорадо) запретила книгу в 1902 году, а в Бруклинской публичной библиотеке ее изъяли из детского отдела, обосновав это тем, что «Гек не только испытывает зуд, но и чешется, и говорит «пот» вместо «испарина»». В 1930 году сотрудники советской таможни конфисковали книгу вместе с «Приключениями Тома Сойера».
В США шум утих на пятьдесят лет, поскольку роман стал хрестоматийной классикой американской литературы. Новые проблемы возникли в 1957 году, когда Национальная ассоциация содействия прогрессу цветного населения выразила протест против расистских сторон книги и потребовала, чтобы ее изъяли из средних школ Нью-Йорка. Афро-американский писатель Ральф Эллисон заметил, что дружба Гека с Джимом унижает чернокожих людей, потому что юный Гек ничем не уступает (а иногда и дает фору) взрослому Джиму в способности принимать решения. В 1969 году в одном из колледжей Майами (штат Флорида) книга была исключена из списка обязательного чтения на том основании, что она может породить комплексы у чернокожих учеников.
В 1973 году издательская компания «Скотг, Форсмен» уступила требованиям школьных властей Теннесси и подготовила версию романа, из которой были исключены неугодные чиновникам фрагменты. Был выброшен отрывок в главе 18, в котором молодежь семейства Гренджерфордов пьет каждое утро за здоровье своих родителей. В таком виде книга попала в хрестоматию «Соединенные Штаты в литературе», которой пользовались повсюду в Америке.
Всеобщий протест вызывал язык книги — в отношении афроамериканцев. Уступая давлению школьных округов по всей стране, издатели учебника до 1975 года решали проблему, заменяя слово «ниггер» эвфемизмами. Издательство «Скотт, Форсмен» переписало фразы, чтобы попросту выкинуть это слово. «Зингер» заменило «ниггера» на «раба», а «Макгроу-Хилл» — на «слугу». В 1975 году в своей диссертации Дороти Уизерсби приходит к заключению, что «Джинн энд Компани» — единственное издательство, сохранившее это слово. Однако их учебник включал в себя эссе Лайонела Триллинга, обосновывающее присутствие слова в романе.
Роман часто запрещался или осуждался школьными округами за язык — особенно за его расистскую подоплеку и употребление презрительной клички «ниггер». Значительное число протестов принадлежало образованным чернокожим представителям среднего класса, которые хотели уберечь своих детей от знакомства со столь оскорбительными выражениями. Книгу признали расистской в школьном округе Виннетка (штат Иллинойс) в 1976 году, а также в школьных округах Варрингтон (штат Пенсильвания) и Давенпорт (штат Айова) в 1981 году; в школьных округах Фэирфекс Кантри (штат Виргиния) и Хьюстон (штат Техас) в 1982 году; в школьном округе Стейт Колледж (штат Пенсильвания) в 1983 году; и в школьных округах Спрингфилд и Уокеган (оба — штат Иллинойс) в 1984 году.
В 1988 году в государственных школах Рокфорда (штат Иллинойс) книгу исключили из списка обязательного чтения из-за слова «ниггер». В средней школе Берриэн Спрингс (штат
Мичиган) роман осудили в том же году. А в Каддр Периш (штат Луизиана) книгу не только исключили из списков обязательной литературы, но и конфисковали из школьных библиотек, — все из-за тех же расистских пассажей. Через год книгу запретили в средней школе Сервиль Кантри (штат Теннесси): здесь обвинение в оскорблении расы соседствовало с обвинением в использовании грамматически неправильного диалекта английского языка.
1990-е годы принесли новые обвинения — война с романом продолжалась. В 1990 году, цитируя унизительные по отношению к афроамериканцам фразы, родители протестовали против включения книги в список дополнительной литературы для чтения в средней школе Эри (штат Пенсильвания). В том же году книгу назвали расистской в независимом школьном округе Плано (штат Техас).
В 1991 году из-за повторяющегося в романе слова «ниггер» родители учеников объединенного школьного округа Меса (штат Аризона) высказались против изучения романа в школьном курсе и заявили, что его язык наносит урон самооценке юных афроамериканцев. По тем же причинам в том же году книгу исключили из списка обязательного чтения в государственных школах Хоумы (штат Луизиана). В 1991 году книгу на время вычеркнули из учебного плана в Портейдже (штат Мичиган) после обращения афро-американских родителей: описание Джима и других афроамериканцев «стесняло» их детей.