В это время растет ее долг Лере. Эмма приходит в отчаяние, когда Лере заявляет, что подаст на нее в суд, и пугает конфискацией имущества в случае, если она не выплатит немедленно 8 000 франков. Не в состоянии найти деньги, Эмма кончает с собой, приняв мышьяк и написав письмо с объяснениями Шарлю. Ее смерть подкашивает Шарля, который умирает вскоре после нее. Их дочь Берту остается сиротой и, чтобы прокормить себя, вынуждена пойти работать на прядильную фабрику.
Роман «Госпожа Бовари» был запрещен еще до публикации отдельной книгой, когда его главы появились в «Ревю де Пари», литературном журнале, принадлежавшем другу Флобера Максиму Дюкампу. Прежде чем дать согласие на публикацию, Дюкамп попросил убрать фрагмент в полторы страницы в конце романа. Отрывок описывал продолжительное свидание Эммы с Леоном за задернутыми занавесками наємного экипажа, и Дюкамп был уверен, что этот отрывок цензура не пропустит. Флобер согласился, но он был не готов к следующей редакционной заметке, вставленной редакторами на месте отрывка: «Здесь редакторы сочли необходимым изъять фрагмент, который не согласуется с политикой «Ревю де Пари»; таким образом мы сообщаем об этом автору». Позже редакторы потребовали сократить шестую и последнюю главы. Флобер сначала протестовал, затем неохотно согласился, но теперь уже сам добавил к тексту заявление относительно качества сокращенного произведения.
Пропуск неприличных отрывков не предотвратил действий правительства, предпринятых против «Госпожи Бовари». Это была акция, направленная, как понял Флобер, скорее против либерального «Ревю», нежели против его романа. Процесс против «Госпожи Бовари» начался 29 января 1857 года, он проходил крайне формально. Во время процесса имперский адвокат Эрнест Пинар признал, что язык закона 1819 года «слишком нечеток, слишком гибок». Он также заявил, что правосудие в данном случае столкнулось с некоторыми трудностями, так как чтение романа целиком для присяжных отнимет слишком много времени, а чтение только «порицаемых пассажей» слишком ограничивает представление о книге. Дабы решить проблему, Пинар детально пересказал роман и зачитал дословно оскорбительные фрагменты. Дав свою версию происходящего в романе, Пинар призвал присяжных наложить «ограничения» и заметил: «Да, мсье Флобер знает, как разукрасить свои картины всеми средствами искусства, но без подобающей искусству строгости. Для него не существует никакой дымки, никаких покровов — он преподносит нам природу в ее наготе и грубости!»
Защищавший Флобера адвокат описал роман как руководство по буржуазной респектабельности, заметив, что он повествует о последствиях отступления от морали. Присяжные, принимавшие решение целую неделю, оправдали автора, издателя и печатника без оплаты издержек на основании того, что их вина «недостаточно установлена». По существу, суд объявил, что Флобер «пренебрег правилами, которые уважающий себя писатель не должен преступать или забывать, литература как искусство должна быть чиста и незапятнанна не только по форме, но и по содержанию, чтобы достигнуть совершенства и правильного воздействия, апеллируя к потомству». Вскоре роман был опубликован без купюр, за два первых месяца было продано 15 тысяч экземпляров.
В 1888 году английский издатель Флобера Визителли подвергся нападкам со стороны «Национальной ассоциации бдительных» (НАБ). Эта организация состояла преимущественно из церковных деятелей и была основана в 1886 году, чтобы продолжить дело «Общества за искоренение порока», которое прекратило свое существование несколькими годами раньше. Роман «Госпожа Бовари», переведенный на английский язык сыном издателя, стал одной из их мишеней, наряду с произведениями Золя, Гонкуров, Мопассана, Доде и Бурже. НАБ привлекла внимание члена палаты общин Сэмюэла Смита, который выступил против Визителли как «главного виновника в распространении развращающей литературы» в мае 1888 года. Палата решила, что «закон против непристойных и оскорбительных картин и публикаций должен быть ужесточен». Правительство предоставило инициативу возбуждения процессов частным лицам.
Другие политики и газеты присоединились к борьбе против порнографии, расширяя поле битвы. Католическая газета «Тейблет» обозвала Визителли порнографом. Юридическая фирма «Коллет и Коллет», нанятая НАБ в августе 1888 года, привлекла Генри Визителли к суду. Защита заявила, что Визелли аккуратно сокращал книги, переводившиеся его издательством на английский язык, и обратила внимание на то, что полная версия на французском имеет свободное распространение и активно продается в Англии. Обвинение сочло этот факт не относящимся к делу, и издатель был признан виновным в «публикации непристойных пасквилей». Визителли был оштрафован, ему было приказано прекратить издавать оскорбительные произведения. Но он не отступился и получил четыре месяца тюрьмы, несмотря на слабое здоровье.