Томас направился в Монтиселло, где ждала его красавица дочь Мэри. Марта уже успела выйти замуж, подарить ему внука и жила по соседству. Отныне все внимание бывшего государственного деятеля заняли семейные и хозяйственные хлопоты. Он решил перестроить свой дом и намеревался создать лучшее хозяйство в Соединенных Штатах. В течение нескольких лет Джефферсон занимается проблемами улучшения своих полей и ферм. Но тут на его пути встало извечное проклятие Юга – рабство.
Ненавидевший рабство Джефферсон был очень мягким хозяином. Он боролся с телесными наказаниями, стимулировал труд рабов увеличением заработка. Но все это мешало ему в полной мере воспользоваться результатами рабского труда, который эффективен только при нещадной эксплуатации. Пытался хозяин Монтиселло заниматься и развитием ремесел. Он планировал производство поташа, потом создание гвоздильни и даже делал ключи, замки, цепи, строил мельницу.
Занятый всеми этими делами, Джефферсон, казалось, совсем отошел от политики. Но шло время, и жизнь сельского помещика постепенно стала надоедать. Томас чувствовал, что «домашнее заточение» негативно отражается на его разуме.
Еще в 1792 году вместе с противником политики Гамильтона Медисоном он организовал первую оппозиционную партию в истории Америки. Чтобы предостеречь от возврата монархии, ее стали называть республиканской. Во второй половине 90-х годов партия стала набирать силу. Республиканцы понимали, что только авторитет Вашингтона поддерживает федералистов и стоит тому уйти с поста президента, как республиканцы смогут рассчитывать на победу на выборах. Они стали искать лидера, который пользовался бы не меньшим, чем у Вашингтона, авторитетом, и нашли его в Джефферсоне. Автор Декларации независимости дал согласие баллотироваться на президентских выборах 1796 года.
Пожалуй, единственный в истории Соединенных Штатов кандидат в президенты не стал проявлять никакой активности. Он спокойно жил в Монтиселло, предоставив республиканцам заниматься предвыборной кампанией. И все же для победы над Джоном Адамсом ему не хватило всего четырех голосов. Второе место давало право на пост вице-президента.
В 1800 году Джефферсон вновь выдвинул свою кандидатуру на президентских выборах. На этот раз избирательную кампанию развернули с большим размахом. Была издана биография лидера республиканцев, а единомышленники вице-президента даже написали песню: «Джефферсон и свобода». 12 декабря 1800 года в Монтиселло прискакал гонец с запиской о победе.
С первых же дней новый президент нарушил введенные Вашингтоном традиции, согласно которым престиж президента поддерживался дистанцией между руководителем страны и народом, а также внешней пышностью церемониалов и быта. На церемонию введения в должность Джефферсон пришел пешком, в скромной одежде и без парика. Из обихода ушли вычурные обращения и остался только «мистер». Президент отказался от четверки лошадей с эскортом в ливреях. Он предпочитал выезжать верхом, но, правда, с охраной. Послания к Конгрессу перестали зачитываться им лично и просто направлялись по почте (эта традиция сохранялась вплоть до 1913 года). Частые застолья в его доме славились непринужденностью обстановки и интересными беседами. Даже свой день рождения президент хранил в тайне, чтобы избежать каких-либо церемоний, например бала по этому поводу, который давался при предыдущих правителях.
К числу достижений третьего президента следует отнести обеспечение выплаты национального долга, образовавшегося еще во время революции и предыдущего правления. Причем добиться этого удалось на фоне резкого уменьшения налогов путем строжайшей экономии федеральных расходов. В 1803 года Джефферсону удалось почти вдвое увеличить территорию Соединенных Штатов за счет покупки всего за 125 тыс. долларов Луизианы.
Успехи внешней и внутренней политики позволили автору Декларации независимости выдвинуть свою кандидатуру на выборах 1804 года и победить. В инаугурационном обращении он обещал американцам дальнейшее уменьшение налогов. Но на третий срок свою кандидатуру президент выдвигать не стал, считая это неделикатным по отношению к памяти Вашингтона. Новым президентом стал республиканец Медисон, то есть партия президента не утратила своего влияния.
Главное дело жизни Джефферсона закончилось. Он спокойно зажил в Монтиселло и почти не интересовался политикой. Соратники по партии звали его вернуться, в 1812 году предлагали вновь баллотироваться на президентских выборах. Он неизменно отказывался. Семья (у президента было одиннадцать внуков), хозяйство, обширная корреспонденция, чтение, научные изыскания – вот главные занятия последнего из «отцов-основателей» Соединенных Штатов в этот период.