По возвращении на родину Марат обнаружил, что остался без средств к существованию. Помощь ему оказала 25-летняя патриотка Симона Эврар, увлеченная его газетой и ставшая вскоре его женой. Хотя отношения и не были официально оформлены, их союз оказался счастливым.
Летом 1791 года положение во Франции обострилось. Европейские монархи готовили интервенцию, а Людовик XVI попытался бежать из страны. Тогда Марат призвал народ низложить короля, хотя ликвидации монархии в целом он не требовал, в отличие от якобинцев и кордельеров. 17 июля грянули события, окончательно расколовшие третье сословие, – расстрел национальными гвардейцами демонстрации на Марсовом поле. И вновь Марат призвал народ к продолжению революции. Но опасность ареста возросла, и он с декабря 1791 по май 1792 года опять укрывался в Англии. Марат вернулся, когда европейские страны готовили интервенцию против революционной Франции. По поводу ответных шагов в рядах французской демократии обнаружились различные мнения. Стоявшие в этот момент у власти жирондисты призывали к войне. Робеспьер был против, считая, что это на руку только королю. Марат полностью разделял позиции Робеспьера, но победили жирондисты, объявив 20 апреля 1792 года войну Австрийской империи. Однако война складывалась весьма неудачно для Франции. Антивоенные выступления Марата и его критика жирондистов привели к тому, что Законодательное собрание приняло против него специальный декрет. Под запрет попала и его газета. Марат вынужден был снова уйти в подполье. Но с июля он опять заговорил в полный голос, призывая народ к восстанию, свержению монархии и «наказанию всех заговорщиков». Восстание 10 августа смело монархию. В тот же день Марат вошел в состав Наблюдательного комитета Парижской коммуны. Теперь он стоял в одном ряду вождей революции вместе с Робеспьером и Дантоном. На фоне военных неудач, крестьянских восстаний в Вандее и Бретани, усиливавшейся борьбы с жирондистами Марат предложил ряд практических мер для спасения Франции, подчеркнув необходимость революционного террора. «Только силой, – писал он, – можно прийти к торжеству свободы и обеспечить общественное спасение».
20 сентября 1792 года в Париже собрался Национальный Конвент, где сразу развернулась борьба между якобинцами (Гора) и жирондистами. Через два дня Францию объявили республикой. Марат стал депутатом Конвента. Уже 25 сентября жирондисты обвинили его и Робеспьера в стремлении к диктатуре. На страницах своей газеты Марат отверг обвинение и тут же стал добиваться казни короля. 21 января 1793 года король был казнен. Рост авторитета Марата привел к тому, что в апреле якобинцы единодушно избрали его президентом своего клуба, и здесь он вновь потребовал отстранения от власти жирондистов. Тогда жирондисты решили отдать его под суд. Это вызвало массовое негодование и накалило обстановку в Париже. 24 апреля революционный трибунал полностью оправдал Марата, и тогда он вновь призвал к диктатуре: «Если бы пришлось пожертвовать всеми законами ради общественного блага – первого из законов, – то я утверждаю, что среди нас не найдется никого, кто бы не захотел этого сделать». Восстание 31 мая – 2 июня 1793 года свергло власть Жиронды. Депутаты-жирондисты были арестованы, а впоследствии казнены.
Весной 1793 года Марата поразила тяжелая болезнь. У него был жар, его все время лихорадило и мучил непрерывный зуд. Но и лежа в постели, он продолжал работать. Правда, большую часть рабочего времени Марат проводил в ванне, наполненной специальным раствором. На страницах своей газеты он выступил с критикой «мягких» мер по отношению к врагам революции. Поначалу он требовал казни 20 тыс. аристократов, затем 40 тыс., а потом – 270 тыс. Поскольку авторитет Марата был непререкаем, возможно, так бы и случилось, но тут и появилась Шарлотта Корде. 13 июля она под предлогом необходимости передать Марату важные сведения смогла проникнуть в дом. Ярый сторонник революционного террора принял девушку, сидя в ванне. Она приблизилась и нанесла ему удар кинжалом. Рана оказалась смертельной. Гибель Марата открыла дорогу невиданному до тех пор террору, поглотившему и врагов революции, и самих революционеров.