С 1969 по 1987 год Березовский был инженером, младшим, а затем старшим научным сотрудником Института проблем управления Академии наук СССР. Здесь в 1975 году он окончил аспирантуру. Уже в это время одна из работ Бориса была отмечена премией Ленинского комсомола.
Казалось, академическая карьера молодого ученого складывается весьма благополучно. Он прошел все ступеньки служебной лестницы и после защиты в 1983 году докторской диссертации по одному из разделов теории принятия решений стал заведовать сектором в Институте проблем управления, а затем был избран членом-корреспондентом Академии наук. За этот период Березовский написал более 100 научных работ и ряд монографий: «Бинарные отношения в многокритериальной оптимизации», «Задача наилучшего выбора», «Многокритериальная оптимизация – математические аспекты» и др. Отдельные его труды были опубликованы в США, Англии, Японии, Германии и Франции.
Однако, достигнув этой вершины, Березовский достаточно круто изменил сферу деятельности, перейдя из науки в бизнес: «Я был абсолютно счастлив, потому что занимался любимым делом. А потом эта жизнь закончилась, в 1989 году, когда в институте перестали платить зарплату, я почувствовал, как повисла в воздухе какая-то неопределенность, угроза, и жить стало неуютно. Я – человек, чувствительный к внешним изменениям. Эту угрозу, эти подземные гулы я почувствовал раньше других. Хотя внешне все оставалось спокойным: жена, двое детей, квартира, машина напополам с приятелем, докторская зарплата. Однако я почувствовал, что прежняя жизнь завершается. И попытался предугадать новую, еще неявную жизнь, перемены, грядущие в огромной стране. И принял абсолютно нетривиальное решение: больше не заниматься наукой, а начать заниматься бизнесом, который в то время назывался “спекуляцией”».
Первым его шагом стало сотрудничество с директором Волжского автомобильного завода В. Каданниковым, для которого группа Березовского разрабатывала системы автоматизированного проектирования. Завязав связи с руководством завода, предприимчивый ученый в 1989 году организовал вместе с С. Жабоевым акционерное общество «Логоваз», основным направлением деятельности которого стала продажа автомобилей. АО «Логоваз» за четыре года выдвинулось на одно из первых мест в частном бизнесе России – к 1993 году его оборот превысил 250 млн долларов: «Когда я ушел в бизнес из научного института, где проработал двадцать с лишним лет, мне говорили: ты сумасшедший. Зачем? У тебя есть перспектива стать директором института. Сейчас бы, наверное, стал… Никто никогда не продавал в России иномарки. Мы привезли первую партию – 886 «фиатов». Мы взяли кредит 7 млн долларов, выложились до копейки, мне говорили: ты сумасшедший. Их никто не купит. Их по дороге растерзают. И вот приходит замдиректора АвтоВАЗа – и стоят эти «фиаты» на стоянке, как летающие тарелки с Марса».
В это же время бывший ученый, а ныне преуспевающий бизнесмен, его супруга Галина Алексеевна и их дети Артем и Анастасия предусмотрительно получили гражданство Израиля – на всякий случай. (С тех пор, правда, семейное положение Бориса Абрамовича не раз менялось – он сменил двух официальных жен, еще одной, гражданской женой бизнесмена стала Елена Горбунова. Сейчас он отец шестерых детей, самый младший из которых родился в 1997 году.)
Весной 1994 года Березовский возглавил созданный им «Автомобильный всероссийский альянс», главной задачей которого считалось создание завода для производства так называемых «народных автомобилей» – небольших малолитражек. Под широко разрекламированный проект ему удалось собрать около 50 млн долларов. Правда, до настоящего времени этот автомобиль все еще находится в стадии научного проектирования. Но в своих интервью глава Альянса заверял, что в Финляндии уже начато строительство завода. Тем не менее, критики справедливо обвиняли его в создании банальной «финансовой пирамиды» и «обогащении за счет народа». Березовский огрызался: он «и не обещал вкладчикам немедленной отдачи, а дело идет туго еще и потому, что их прежние взносы съела инфляция».
В июле 1994 года на председателя Совета директоров АО «Логоваз», которое стало компанией холдингового типа, было совершено покушение: «В 15 сантиметрах от меня оторвало голову моему водителю, а должны были оторвать голову мне – взорвалась машина. После этого я посмотрел на мою жизнь по-другому. Я понял, что жизнь – это подарок Всевышнего, и относиться теперь к этому нужно как к подарку. Либо я испугаюсь, забьюсь в угол, постараюсь исчезнуть в тайге, в джунглях, с глаз долой, стану цепляться за жизнь. Либо решу, что это подарок Господа, и я весь в его власти. Это не значило, что я должен подставлять себя под пули, но появилась вера в судьбу, в промысел, а это своеобразное бесстрашие».