Для Лопухина встреча с Бурцевым стала роковой. После доклада П. Столыпина царю он был осужден и сослан в Сибирь. Премьер горой встал за Азефа, заявив на слушаньях по этому делу в Государственной Думе: «Обстоятельств, уличающих его в соучастии в каких-либо преступлениях, я, пока мне не дадут других данных, не нахожу». Не верили в предательство Азефа и в революционной среде. Известный террорист-революционер Карпович грозился перестрелять своих товарищей по партии, осмелившихся заподозрить главу БО в службе в полиции. А эсеры для выяснения всех обстоятельств устроили третейский суд над… Бурцевым. Судьями были назначены старые опытные революционеры Г. А. Лопатин, П. А. Кропоткин и В. Н. Фигнер. В. Бурцеву, «как клеветнику», на суде никто из эсеров не подавал руки, а после 17-го заседания суда (всего их было 18) В. Фигнер сказала ему: «Вы ужасный человек, вы оклеветали героя, вам остается только застрелиться!» Бурцев на это ответил: «Я и застрелюсь, если окажется, что Азеф не провокатор».
23 декабря 1908 года на квартиру к Азефу явились В. М. Чернов и Б. В. Савинков и предложили ему «честно обо всем рассказать». Азеф свою связь с полицией отрицал, но в ту же ночь бежал в Париж, хотя не так давно с возмущением написал в ЦК партии: «Оскорбление такое, как оно нанесено мне вами, знайте, не прощается и не забывается. Будет время, когда вы дадите за меня отчет партии и моим близким. В этом я уверен. В настоящее время я счастлив, что чувствую силы с вами, господа, не считаться. Моя работа в прошлом дает мне силы и подымает меня над смрадом и грязью, которой вы окружены теперь и забросали меня». Через два дня после бегства Азефа ЦК партии эсеров объявил его провокатором. Но почему же его не убили товарищи по партии? Ведь в революционной среде не принято было особенно церемониться! Ответ прост: все растерялись. Одни были потрясены, другие отошли от партии, некоторые покончили с собой. А Столыпин, выступая в Государственной Думе, заявил, что если один из главарей революции был, собственно, сотрудником Департамента полиции, то это, конечно, весьма печально, но никак не для правительства, а для революционной партии.
Между тем Азеф в 1909 году со своей пассией из «Аквариума» отправился путешествовать. Они посетили Италию, Грецию, Египет, а затем вернулись в Германию и поселились в Берлине. Теперь он стал господином Александром Неймайером и особенно не опасался своих вчерашних однопартийцев. Азеф не скрывался, не прибегал к гриму, он неплохо устраивался в своей новой жизни: в 1910 году снял квартиру, затратил на ее обустройство и подарки подруге свыше 100 тыс. марок, обзавелся немецкими приятелями и занялся коммерческими делами – стал играть на бирже. Жил, в общем, в свое удовольствие, посещал увеселительные места, театры, часто выезжал на дорогие курорты. Но летом 1912 года случилась неприятность: на курорте в Нейенаре его узнали и тут же сообщили Бурцеву. Тот, угрожая Азефу «отдать» его эсерам, настоял на личной встрече, которая состоялась 15 августа во франкфуртской кофейне. Разговор продолжался несколько часов, и Азеф почти убедил Бурцева, что просто жаждет суда над собой своих прежних товарищей и что в случае вынесения ему смертного приговора сам покончит с собой. Накануне этой встречи Азеф составил завещание, сдал квартиру в Берлине и заставил свою подругу переехать к матери в провинцию, а после встречи, на протяжении 1912–1913 годов, стал заметать следы: много ездил, менял гостиницы и паспорта.
Первая мировая война разорила Азефа. Все его состояние было вложено в русские бумаги, но с началом войны они утратили ценность в Германии. А в июне 1915 года германская полиция неожиданно арестовала его как опасного анархиста и террориста. Сколько он затем ни пытался доказать властям, что он не анархист, это ничего не дало – до декабря 1917 года Азеф находился в Моабитской тюрьме. Ему, правда, предлагали перейти из тюрьмы в лагерь для гражданских лиц русской национальности, но Азеф это предложение отклонил.