После отъезда прежнего руководителя теоротдел УФТИ возглавил Александр Ильич. Он оставался на этом посту до 1988 года. В 1940 году АИ стал доктором наук. Вскоре в ХГУ Ахиезер возглавил кафедру теоретической физики.
Во время войны АИ год преподавал в Куйбышевском педагогическом институте, затем работал в УФТИ, эвакуированном в Алма-Ату. В то время Александр Ильич, как и большинство физиков страны, работал непосредственно «на войну», он был включен в ядерный проект. В 1944 году Померанчук добился того, что Ахиезера взяли в так называемую Лабораторию № 2 (Институт атомной энергии). По совместительству Александр Ильич сотрудничал и с Московским энергетическим институтом. То, чем занимались он, Померанчук и другие подчиненные Игоря Курчатова, и до сих пор не до конца открытая тема. Лишь некоторая часть проводившихся исследований публиковалась. По настойчивой просьбе Курчатова Ахиезер в 45-м вернулся в Харьков, где на базе УФТИ под руководством его директора Кирилла Синельникова организовывалась Лаборатория № 1, включенная в «Атомный проект» и подчинявшаяся, по сути, непосредственно Москве. До 1952 года Ахиезер совмещал работу в Харькове с работой в Институте атомной энергии. Игорь Курчатов высоко ценил ученого. Именно по его предложению Померанчук и Ахиезер в 1948 году издали книгу «Некоторые вопросы теории ядра» — уникальную для того времени и исключительно полезную для ученых монографию [3]. Студенты называли эту книжку «Ах и Помер». Все туда включить не удалось. Каждый раздел, каждая формула тщательно проверялась на предмет секретности в органах. Другая книга этих же авторов вообще была издана только в 2002 году, до этого на чтение рукописи ученым приходилось получать специальное разрешение. Это «Введение в теорию мультиплицирующих систем (реакторов)».
В Харьковском физико-техническим институте было организовано два теоретических отдела. ТЛ-1 возглавил Ахиезер (направление работ — квантовая электродинамика, физика плазмы, термоядерный синтез, физика ускорителей [4]), ТЛ-2 — Илья Лифшиц (статистическая физика и термодинамика, физика атомного ядра). С этого времени и начинается дружба-соперничество двух школ, которая обогащала научную жизнь города. Своих соратников Ахиезер находил, прежде всего, в университете. Здесь по его инициативе была организована кафедра теоретической ядерной физики, которую АИ возглавлял до 1975 года [5]. (Из этой кафедры и вырос физико-технический факультет ХГУ.) Ахиезер сам читал ряд фундаментальных физических курсов, брал аспирантов, устраивал молодых физиков на работу в УФТИ и лучших — к себе в отдел. Лектором АИ был, по воспоминаниям большинства студентов, прекрасным. Он исключительно прозрачно и доступно объяснял материал. Сам стремился и просил других объяснять: «По-рабоче-крестьянски, так, чтобы пролетариату было понятно». Обладая отличным чувством юмора, ученый делал свои лекции незабываемыми. Ахиезер полагал, что студенту надо иногда дать отдохнуть от конспектирования, поэтому можно делать перерывы для рассказа какого-нибудь анекдота, истории из жизни — а их Александр Ильич знал миллион: о Сталине, о физиках, просто бытовых и частенько не очень приличных. (Впрочем, с непечатной лексикой АИ студенты знакомились позже, уже когда начинали с ним вместе работать.) «Сколько поле не квантуй, все равно получишь… нуль!», «Что такое такой интеграл без дифференциала? — Это вещь безнравственная!», «А где обман? Если нет обмана, это математика, а не физика!» — соратники с трудом пытаются припомнить все хохмы, слышанные ими в исполнении АИ, многие же просто не годятся для цитирования [6]. Так же непринужденно проходили знаменитые, можно сказать, эпохальные семинары, собиравшие цвет теоретической (и не только) физики города, а часто и других городов. Иногда семинары превращались в театр одного актера, которым был не докладчик, а Ахиезер, задававший с места вопросы, подытоживавший выступления, делавший замечания. Когда выступал АИ, на семинар стремились попасть все — от студента до директора института. Сотрудники Ахиезера по-доброму вспоминают, как в теордомик, на кафедру, в зал для проведения семинаров входил Ахиезер. Он тут же начинал «грохотать», становилось шумно и весело. Работа закипала. Впрочем, добрячком АИ никто не называет. Дочь ученого пишет, что отец не терпел никакой фальши, иногда он был готов буквально растоптать собеседника. Обычно бурно добродушный Ахиезер умел проявить бескомпромиссность и жесткость.
4
После войны построение ускорителей было главной задачей, стоявшей перед ХФТИ. Теоретики также были включены в ее решение. На этой почве у АИ с рядом его первых аспирантов даже возник серьезный конфликт, они взбунтовались и хотели заниматься высокой теорией. Ахиезеру удалось их убедить, что все успеется.
5
С 1951 по 1964 год Ахиезер также преподавал в Артиллерийской радиотехнической академии им. Л. Говорова.
6
К примеру, положительно отзываясь о какой-нибудь работе, он часто говорил: «А вы не такой уж…, и ваша работа не такое уж…, как я думал».