По уставу Петербургской академии художеств, после трехлетней практики архитектор мог взять тему проекта для получения научной степени академика архитектуры. Алексей Николаевич выбрал тему «Библиотека на полтора миллиона томов с галереей выдающихся людей и нумизматическим залом». В 1894 году проект был представлен комиссии, получил отличную оценку, что принесло Бекетову звание академика архитектуры и, соответственно, действительное членство в Академии художеств.
Тем временем в Харькове появились новые заказы. Быстро развивающиеся капиталистические отношения не обошли стороной крупный украинский город. Географическое расположение Харькова, торговые традиции, заработанное университетскими, театральными, литературными поколениями положение культурного и научного центра открывали перед городом большие перспективы в новом мире. Уже по всей Украине был известен предприниматель и меценат Алексей Кириллович Алчевский. Фундаментом его бизнеса стала деятельность финансовая. Харьков нуждался в современных банковских сооружениях, работать с деньгами надо было в новых помещениях. Эта задача и стала перед самым многообещающим и модным харьковским зодчим. Тем более что с семьей Алчевских его семья была очень близка. Одну из дочерей Алексея Алчевского — Анну — Алексей Бекетов даже взял в жены. Анна Алексеевна имела с мужем общие интересы, она была художницей. Бекетов и сам был неплохим пейзажистом, регулярно участвовал в выставках.
Итак, Бекетову была поставлена задача построить новое здание Земельного банка. Знания о строительстве банков Бекетов решил получить за границей. Он побывал во Франции, Италии, Германии, там освоил специфику размещения операционных залов, рабочих помещений, сейфов и в результате разработал полностью оригинальный проект. Сейчас в здании бывшего Харьковского земельного банка на площади Конституции (ранее Николаевская) находится автотранспортный техникум. В 1899 году на той же площади Бекетовым был возведен дом Торгового банка (сейчас Дом техники) и в 1907 году — здание Волжско-Камского коммерческого банка (ныне Театр кукол).
Много времени, сил и таланта Алексей Бекетов вложил в сооружение здания Харьковских судебных установлений на нынешней площади Руднева. Здание было спроектировано и построено при участии архитекторов Цауне и Хрусталева. Проект был составлен еще в 1898 году, но само здание было открыто для посетителей лишь через четыре года. Во время этой работы Бекетову пришлось в полной мере применить все свои разносторонние знания и умения, столь необходимые зодчему. Архитектор должен ведь не только «нарисовать» внешний вид дома, но и спроектировать внутренние помещения в зависимости от их функционального назначения, заняться интерьером и иногда, как в случае с данным домом, мебелью. Кроме того, архитектор обязан хорошо разбираться в материаловедении, геодезии, геологии, экологии. Так, на площади, предназначенной для воплощения проекта трех архитекторов, пришлось применить дренаж по всему периметру площади, поскольку в этом месте строение оказывалось на одном уровне с уровнем воды.
Здание судебных установлений было построено в классическом стиле. Русский классицизм — излюбленный стиль Алексей Бекетова, впрочем, в нем он не был догматиком и смело использовал элементы других архитектурных направлений — как новых, так и хорошо забытых старых; лично руководя строительством, он применял передовые достижения строительной техники. Здания Бекетова отличают строгие композиционные замыслы, но и частое применение декоративных мотивов античности, Возрождения, барокко, классицизма, модерна и даже ориенталистических элементов. Специалисты отмечают у Алексея Николаевича прекрасное чувство ансамбля, масштабности и пропорций, отменный художественный вкус.
Еще одним знаковым для Бекетова творением стало здание Общественной библиотеки (ныне — им. Короленко), одними из инициаторов открытия которой были все те же Алчевские и ряд других прогрессивных деятелей Харькова (к коим, собственно, всегда принадлежали и Бекетовы). В 1901 году Алексей Николаевич возвел это полезное здание, не взяв за это плату. Вместо денег при начале проектирования он получил от общественности благодарственный адрес. Бескорыстно Бекетов выполнил и проект здания знаменитой Воскресной школы Христины Даниловны Алчевской на углу улиц Чернышевской и Совнаркомовской. Сейчас в этом помещении находится выставочный зал Харьковского художественного музея.
Одно из самых сложных заданий архитектора — проект комплекса Харьковского медицинского общества (сейчас — институт им. Мечникова). В рамках комплекса необходимо было собрать помещения совершенно разной функциональной направленности. Но и с этой работой талантливый домостроитель справился прекрасно. Как и с другими сооружениями в Харькове: образовательными — Высшие женские курсы, Коммерческий институт; частными домами — Соколова, Алчевских (ныне ДК милиции) и др. При постройке частных домов Бекетов чаще отходил от строгой ордерной системы. Тут появлялись и псевдомавританские формы, и неоклассические, и античные (как, например, в собственном особняке Бекетова, где сейчас расположился Дом ученых). Диапазон и мастерство владения разными формами необычайно широки — от монументальных колоннад и многоярусных пилястровых порталов до лирического образа балкона-лоджии с фигурами кариатид, которыми он украсил особняк для своей семьи.