Но по-настоящему заниматься живописью он начинает после знакомства с произведениями импрессионистов. Вспоминая начальный период своего творчества, Боннар говорил: «…когда, немного позднее, мы открыли импрессионизм, он вызвал у нас новый взрыв энтузиазма, он был для нас открытием и освобождением… импрессионизм принес нам свободу».
Эти новые «свободные» тенденции появились у Боннара прежде всего в литографиях «Некоторые черты парижской жизни», сделанных в 1895 г., и в книжной графике. Работая над иллюстрациями к роману Петера Нансена «Мария», он создает необычайно нежный и женственный образ юной девушки, который пишет с натурщицы Марии Бурсен, известной под именем Марты де Мелиньи. Они познакомились в 1894 г., и вскоре, несмотря на несогласие родителей художника, девушка становится его женой. Однако Марту так никогда и не примут в свете, а брак с ней Боннар оформит только в 1925 г., через 20 лет после встречи. Впрочем, это не помешает супругам прожить вместе долгую и счастливую жизнь. Пьер часто рисовал жену, а на одном из ее портретов 1925 г. в интерьере была нарисована та самая книга «Мария», работа над которой соединила его с Мартой. Когда в 1942 г. жена умерла, Боннар очень тяжело переживал ее уход. Это было то одно из немногих горестных событий в его жизни, после которого он утратил присущие ему жизнерадостность и оптимизм.
До Первой мировой войны художник иллюстрировал еще много изданий («Параллельно» Поля Вердена, «Дафниса и Хлою», «628-Е-8» Октава Мирбо, «Естественную историю» Жюля Ренана и др.). Но главное место в его творчестве теперь принадлежало живописным полотнам. Они создавались на основе непосредственных жизненных наблюдений, были менее декоративны и более наполнены психологическими нюансами. На первый взгляд сюжеты их могли показаться банальными – «Бабушка с ребенком», «Ребенок ест вишни», «Молодая женщина около лампы», «Молодая женщина около окна», «Заснувшая женщина». Но все они были полны теплого чувства, передавали разные настроения, обладали интимностью изображения (неслучайно во многих картинах Боннар рисовал домашних животных – кошек, собак). Последнее качество будет присуще всем последующим работам художника, станет отличительной чертой боннаровских пейзажей, портретов и интерьеров.
В 1896 г. в парижской галерее «Дюран-Рюэль» была организована первая персональная выставка работ Боннара. На ней были представлены пейзажи, жанровые картины, изображавшие повседневную жизнь Парижа и его предместий («Омнибус», «Улица зимой», «Прогулка на лодках в Шату» и др.)· Большинство работ выполнено в темных тонах. Иногда на светлом фоне художник выделял темные силуэты.
Только на рубеже нового столетия Боннар отказывается от этой мрачноватой палитры. Интерес к свету и богатым возможностям цветовой гаммы, характерный для импрессионистов, побуждает его обратиться к фигурным композициям на пленэре. Одной из них стала картина «После обеда в буржуазном семействе» (1900 г.). В этом групповом портрете семьи Терраса преобладает светлая колористическая гамма. Но в отличие от импрессионистов, художник создает фрагментарную композицию, строго построенную и тесно населенную персонажами. Создается впечатление, что он боится оставить на картине свободные места, не заполненные фигурами. Это тяготение к ограничиванию изображаемого еще больше проявляется в других портретах Боннара, написанных в закрытом помещении на фоне различных интерьеров (портреты Мизии и Таде Натансон, Э. Вюйара, А. Воллара, Ж. Бессона и др.). Все они были решены в бытовом жанровом плане. Но вместо свойственной прежде работам Боннара декоративности в них присутствует изображение характера, психологии человеческой личности. Такой же отход от нарочитой вычурности стиля модерн наблюдается и в его пейзажах. Большинство из них, особенно городские виды, написаны художником по собственному композиционному принципу, который позднее он стал применять и в отношении ландшафтов. Барьеры в виде столов или парапета, колонн и арок создавали особый оптический эффект, как бы удаляющий зрителей от изображаемых предметов и событий («Уголок Парижа», 1905 г.; «Площадь Клиши», 1912 г.; «Лето в Нормандии», 1911–1912 гг.). Этот же принцип использован художником в создании панно для украшения особняка русского коллекционера И. А. Морозова.