Рано осознав в себе потребность в творчестве, Эмиль увлекся рисованием, которое стало его любимым занятием в школе и дома. Уроки живописи мальчик брал у месье Комба, ученика знаменитого французского художника Энгра. Среди своих ровесников одаренный подросток чувствовал себя чужим: «Друзья моей юности охотно курили сигареты и толстые сигары. Им казалось, что с сигарой во рту они выглядят взрослыми мужчинами; они кричали, громко смеялись, радовались, нравились женщинам или полагали, будто нравятся. Меня же никогда не тянуло к табаку; повинуясь неясному инстинкту, я не хотел походить на окружающих, на толпу, не хотел и нравиться женщинам, по крайней мере, так, как это получалось у моих друзей. Я чувствовал себя чужаком; мною владело непонятное волнение; я любил красоту, которую сумел вобрать в себя». С тринадцати лет Эмиль Антуан начал помогать своему отцу в мастерской, вырезая небольшие фигурки для украшения мебели. Именно здесь, в мастерской отца, наполненной запахом свежих стружек, среди безымянных отцовских шедевров был «заложен фундамент творческого своеобразия скульптора».
В 1876 г., одержав победу в трудном конкурсе, юный Бурдель поступил учиться в Тулузскую Школу изящных искусств. Здесь он увлеченно изучал средневековую архитектуру и скульптуру и, по его словам, «пугал учителей своей одержимостью в работе». За время учебы в Тулузе Эмиль сделал около восьми бюстов. По окончании школы, получив специальную стипендию городского муниципалитета и рекомендательные письма, молодой скульптор отправился в Париж, чтобы продолжить образование в столичной Академии искусств. Там он обучался в мастерской Фальгиера. Однако страстного, импульсивного Бурделя глубоко разочаровала «система академического обучения» с присущей ей «умеренностью и аккуратностью». На всю жизнь сохранив уважение к самому Фальгиеру, Бурдель все же покинул его мастерскую. «Я люблю ваше искусство, но я хочу избавиться от ваших официальных друзей», – сказал он педагогу на прощанье. Впоследствии скульптор признавался, что «понадобилось десять лет, чтобы освободиться от злополучного влияния».
Оставив академию, Эмиль Бурдель начал упорную самостоятельную работу. Он посещал Лувр, тщательно изучая искусство старых мастеров. «Лувр, мастера Нотр-Дам, Пюже, Бари – вот мои истинные учителя», – неоднократно повторял художник. «Значительностью содержания и монументальностью форм» Бурделя привлекала архаика Древней Греции, пластика Ассирии и Древнего Египта, искусство средневековья.
С 1884 г. начинающий скульптор регулярно принимал участие в Салоне Общества французских художников. Первой работой, которую он выставил, был бюст композитора Арлеана Сантиса. В следующем году работа Бурделя «Первая победа Ганнибала» была приобретена и передана в музей Монтобана.
Ранние произведения скульптора были еще очень традиционны, но, главное, в них уже чувствовался поиск того пути, по которому он пойдет в дальнейшем. Стихией Бурделя всегда был «пафос героики, воплощенный в динамически монументальных формах», и основой уже первых его работ становятся героика и экспрессия. Многие из его ранних творений созданы под влиянием «мягких интимистов» Далу и Карпо, творчеством которых он увлекался («Умирающая любовь», 1886 г.; «Портрет маркизы Сильвы де Мари», 1887 г.; «Материнство», 1893 г.).
Во второй половине 80-х гг. Эмиль Бурдель много работал, на его плечи легли заботы о родителях, переехавших в Париж в 1886 г. Он создал целую серию портретных бюстов, среди которых наиболее известны «Голова мальчика» и «Женский портрет» (оба в 1890 г.). В эти годы скульптор одержим идеей создать грандиозное, масштабное произведение. Своему другу Керси он писал: «Я мечтаю о кардинальном произведении, создание которого является долгом художника по отношению к искусству и к самому себе. Оно беспрестанно является мне, преследует меня – произведение, приносящее почет и уважение, вырывающее твое имя у смерти, заставляющее сильнее биться сердца и воспламенять тех, которые придут после нас. Это будет «Адам» – наш прародитель, которого я бы хотел воссоздать таким, каким он внезапно явился перед удивленным миром, во всей своей первозданной силе и наивности. Чтобы создать его, у меня в руках та же глина, что была у Господа Бога, но я не Бог». Так появилась работа «Адам после грехопадения» (1889 г.), в связи с которой французская печать писала о скульпторе: «За этим мастером будущее». Постепенно имя его становится известным в художественных кругах столицы.