Все началось в 11 часов 43 минуты при полном штиле на море и прекрасной погоде. Последовало всего три толчка, из которых последний был самым сильным. После первого удара стихии стены зданий дали трещины, внутри помещений на пол попадала утварь и мебель. С моря налетел ураган, и некоторые жители бросились в верхнюю часть города, поближе к Голубым горам. В результате они были спасены. Затем последовал второй, более сильный толчок, от которого дома стали рушиться и уходить под землю вместе со всем содержимым. На море сформировалась огромная волна, хлынувшая на берег и увлекающая за собой все, что попадалось на пути.
Однако для некоторых людей это смертоносное цунами стало спасительным. Гигантская волна подняла на себя фрегат «Лебедь», вытащенный на берег для ремонтных работ. Корабль понесся над оставшимся внизу городом, потянув за собой крепежные канаты и леера. Те люди, которые смогли ухватиться за них, остались на плаву. Когда «Лебедь» врезался в крышу полуразрушенного здания и остановился, они смогли выбраться на мелководье и остаться в живых. Чудом выбрался из песочной ловушки один из обитателей пиратской столицы – купец Льюис Голди. Его затянуло под землю почти полностью, и он с ужасом осознавал, что скоро погибнет. Но тут несчастный почувствовал, что снизу его выталкивает сильный поток воды. Через мгновение он вылетел из песка, как пробка из бутылки. Пережив сильнейшее нервное потрясение, купец, тем не менее, не захотел покидать проклятый остров и стал одним из известнейших людей во всей округе. Он охотно рассказывал приезжим небылицы о великом ямайском землетрясении 1692 года, которое ему удалось пережить.
Через несколько минут после третьего, самого сильного толчка, песок снова стал твердым, а на поверхности земли остались торчать куски стен и головы несчастных жителей Порт-Ройала, которые не смогли выбраться из зыбучего песка. Как писал позднее преподобный отец Эммануэль Нит, «эти головы потом служили пищей бродячим собакам». Другой очевидец в одном из писем свидетельствовал: «Люди были схвачены в объятия Земли и задушены ею. Их так и хоронили – с головами над поверхностью, а некоторые были объедены собаками. Долгие годы потом эти места все старались обходить стороной».
Те, кто пережил катастрофу, стали восстанавливать уцелевшие дома и отстраивать город заново на том же месте. Однако через десять лет после того страшного землетрясения в Порт-Ройале произошел сильный пожар, который полностью уничтожил все, что было восстановлено. Вслед за этим пронеслось несколько мощнейших ураганов, и остатки «пиратского оазиса» были занесены толстым слоем ила и песка. Еще в 1859 году любопытствующие могли видеть на месте погибшего города остатки нескольких домов, стены которых на один-два метра торчали из прибрежного песка. Но затем еще одно сильное землетрясение, произошедшее здесь в 1907 году, спрятало от людских глаз и эти немые свидетельства катастрофы.
С тех пор многие искатели приключений и легкой наживы пытались откопать сокровища Порт-Ройала, погребенные на морском дне. Хроника трагедии на Карибах, дошедшая в многочисленных описаниях до наших дней, давала надежду, что застигнутые врасплох обитатели пиратской столицы попросту не имели возможности перенести свои сокровища в безопасное место. Золотоискателям грезились огромные сундуки с награбленными ценностями, которые должны были уцелеть в разрушенных домах, скрытых под толщей песка и воды. Ныряльщики, обследовавшие в XIX и XX веках акваторию Кингстон-Харбор, подтверждали наличие под водой старинных развалин.
Первую экспедицию к берегам Ямайки на специально оснащенном для подводной археологии судне «Си Дайвер» осуществил в 1953 году Эдвин А. Линк. Продолжительная работа грунтососа долго не давала ожидаемых результатов. Исследователь был разочарован, но решил попытать счастья еще раз. Передвинув заборный шланг всего на несколько метров в сторону, он сразу наткнулся на то, что искал. Самой уникальной находкой был подъем золотых часов, изготовленных в 1686 году амстердамским мастером Полем Блонделем, стрелки которых зафиксировали время катастрофы – без 17 минут полдень. Однако незначительные средства, полученные Линком от Национального географического общества США, позволили ему обследовать только кухню и магазин в форте погибшего Порт-Ройала. Затем он с сожалением расстался с «пиратским Вавилоном». Следующая экспедиция была осуществлена американским ученым Робертом Марксом, который оказался удачливее своего предшественника. Маркс нашел таверну, два сохранившихся здания и… сундук с драгоценностями с испанского галеона, потерпевшего крушение в составе флотилии в 1691 году.