Два года длилось следствие. Бандеру содержали в одиночной камере закованным в кандалы. На суде во Львове обвиняемые отказывались говорить по-польски, здоровались приветствием «Слава Украине!» и превратили зал процесса в трибуну пропаганды идей ОУН. Степана Бандеру, Мыколу Лебедя и Ярослава Карпинца суд приговорил к смертной казни. По амнистии, объявленной ранее, высшую меру заменили пожизненным заключением. Несколько попыток подготовить побег Бандеры из тюрьмы не имели успеха. За решеткой он просидел до 1939 г. Когда Германия напала на Польшу, городок, в котором находилась тюрьма, подвергся бомбардировке. Тюремная охрана разбежалась, а Степана Бандеру выпустили из камеры освободившиеся заключенные-украинцы.
Оказавшись на свободе, Бандера прибыл во Львов. За несколько дней до этого город был занят Красной Армией. Поначалу находиться там было относительно безопасно. На протяжении нескольких недель происходила разработка стратегии будущей борьбы. Продумывался план действий на случай массовых репрессий и депортаций советскими войсками населения Украины.
НКВД уже во время львовского процесса 1936 г. проявлял интерес к ОУН и самому Бандере. Ведь тогда Степан Андреевич заявил: «ОУН борется с большевизмом потому, что большевизм – это система, с помощью которой Москва поработила украинскую нацию, уничтожив украинскую государственность… Большевики применяют методы физического уничтожения – массовые расстрелы и голод, поэтому и мы в борьбе с ними применяем физические методы».
Теперь организации представилась реальная возможность показать, что она выступает против любых оккупантов Украины, чью бы форму они ни носили. После освобождения из польских тюрем большинства оуновцев началось формирование густой сети ОУН по всей Украине, налаживание широкомасштабной деятельности. Вскоре Бандера прибыл в Краков для согласования дальнейших планов. Требовалось также срочное лечение обострившейся в тюрьме болезни суставов. Пришлось нелегально переходить советско-немецкую демаркационную линию.
К тому времени в организации имелись внутренние конфликты: между молодыми и более опытными, между руководством, комфортно живущим в эмиграции, и основной массой членов ОУН, работавших в условиях подполья и полицейского преследования.
Лидер ОУН Евгений Коновалец, используя свой дипломатический и организационный талант, умел гасить противоречия. Гибель его в 1938 г. в Роттердаме стала тяжелой потерей для националистического движения. Преемником Коновальца стал его ближайший соратник, полковник Андрей Мельник – человек хорошо образованный, сдержанный и терпимый. Дальнейшие события приняли драматический оборот для украинского национально-освободительного движения.
После совещаний в Кракове и Вене Бандера был делегирован в Рим для переговоров с Мельником. Главное расхождение между Проводом ОУН и Краевой Экзекутивой было в стратегии национально-освободительной борьбы. Бандера и его единомышленники считали необходимым поддерживать контакты со всеми воюющими сторонами, не сближаясь ни с какой группировкой, рассчитывая только на собственные силы, поскольку в независимости Украины не был заинтересован никто. Фракция Мельника считала, что нужно делать ставку на Германию.
Не сумев договориться, каждая из двух группировок провозгласила себя единственным законным руководством ОУН. В дальнейшем антагонизм между ними достиг такого накала, что они нередко сражались друг против друга с таким же ожесточением, как и против врагов Украины.
Отношение немецкого руководства к ОУН было противоречивым. Пользуясь этим, бандеровцам удалось создать «Легион украинских националистов», состоявший из двух батальонов – «Нахтигаль» (соловей) и «Роланд». Немцы планировали использовать их в подрывных целях, а Бандера надеялся, что они станут ядром будущей украинской армии.