Работу на производстве Николай считал делом скучным. Он всегда испытывал страсть к выдумыванию, конструированию и поэтому поступил во Всесоюзный Заочный Индустриальный Институт в Москве на энергетический факультет (1934 г.), мечтая заняться чистой наукой. А жена выдержала экзамены в Архангельский мединститут. Но когда на горизонте «замаячила» армия, Амосов, сдав отлично все вступительные экзамены, оказался в одном институте с Галей. Чтобы не отставать от жены, за первый год обучения прошел программу сразу двух курсов. Учеба по-прежнему не доставляла проблем: оставалось свободное время, чтобы подзаработать преподаванием в фельдшерской школе и заняться «наукой».
В это время Амосов близко познакомился с профессором физики В.Е. Лашкаревым, который открыл студенту удивительный мир парапсихологии. Ему-то и показал студент чертеж искусственного сердца. «Выдумка ерундовая, но идея логичная, – вспоминал потом академик. – Теперь на принципе такого насоса создали протезы сердца, некоторые работают уже по нескольку месяцев, пока донора для пересадки подбирают».
В 1939 г. Амосов с отличием окончил институт и решил продолжить занятия физиологией, но место в аспирантуре было только по хирургии. А для диплома в Заочном институте, который он из-за «недогрузки» так и не бросил, сделал проект большого аэроплана с паровым котлом и турбиной. Идея была интересной, и хотя к производству ее не приняли, но Амосов в 1940 г. получил еще один диплом с отличием как инженер «паросиловых установок электростанций».
К тому времени молодые супруги решили пожить отдельно (развелись в 1940 г.), и Николай, «удрав из аспирантуры», начал работать ординатором-хирургом в Череповецкой межрайонной больнице, а также преподавать анатомию и любимую физиологию в фельдшерской школе. Но армия и хирургия пришли за ним сами. С первых дней войны Амосов работал в комиссии по мобилизации, а потом был назначен ведущим хирургом в полевой передвижной госпиталь «ППГ-2266 на конной тяге». В этом госпитале и в одной должности он прослужил всю войну и встретил День Победы в германском городе Эльбинг. Воспоминания об этом периоде жизни легли в основу повести «ППГ-2266, или Записки военного хирурга» (1974 г.). Амосов навсегда запомнил это «море страданий человеческих», научился в совершенстве оперировать любую часть тела и лечить любые осложнения. Особенно хорошо он овладел тактикой и методикой операций при ранениях груди, суставов и переломов бедра. Для решения главной проблемы – ранения груди – хирург разработал свою операцию и «здорово насобачился на сосудах!». Но каждая смерть солдата становилась для него трагедией, и Амосов однажды даже попытался покончить жизнь самоубийством.
На фронте Николай Михайлович женился на прекрасной операционной сестре-украинке Лидии Денисенко, которая пошла на войну добровольно после третьего курса пединститута и служила в медсанбате, а после выхода из окружения была прикомандирована к его госпиталю. Но если для большинства солдат война закончилась, то для супругов Амосовых продолжалась до сентября 1945 г. в Маньчжурии. Служить в армии Николай Михайлович ужасно не хотел. Но уйти ему, майору, удостоенному многих боевых наград, было очень непросто. Помог второй диплом – инженерный. Амосов получил назначение от Министерства медицинской промышленности заведовать главным операционным корпусом Института Склифосовского и приводить в порядок технику. «Грустный и неприятный период жизни… Не прижился я тогда, в 46-м, в Москве. И не потому, что комната была в четыре метра, еда плохая и короста на голове. Работы не было, хирургии… И смотреть чужую работу надоело. Отравлен самостоятельностью: "Дай мне, и я сделаю"».
Да и научным работам Амосова долго не давали ходу: он получил отрицательные отзывы на три диссертации, а восемь научных статей даже не рискнул отослать. Столичному безделью Николай Михайлович предпочел напряженную работу заведующим отделением в Брянской областной больнице, став одновременно главным хирургом области. За шесть лет выполнил много новых и уже знакомых по фронту операций: на желудке, на пищеводе, на почках. Но самыми важными были резекции легких – при абсцессах, раке и туберкулезе. До тех пор он никогда их не делал, поэтому сам разработал методику и за четыре года прооперировал больных больше всех в стране – свыше трех тысяч.