Первыми в бой вступили броненосцы. В это время отряд крейсеров под командованием контр-адмирала Энквиста прикрывал колонну русских транспортов. «Аврора» следовала за головным крейсером «Олег». В 14:30 капитан Егорьев кивнул артиллерийскому офицеру: «Начали!» — и «Аврора» вступила в бой с противником. Примерно через полчаса один из снарядов, выпущенных с японского крейсера, разорвался о железный ходовой трап рядом с боевой рубкой. Осколки снаряда и трапа полетели в рубку. Один из них насквозь пробил голову капитана Егорьева. Несколько минут спустя судовой врач Кравченко записал в журнале: «Положение раненого безнадёжно — разбит череп, повреждён мозг, пульса нет». Командование «Авророй» принял старший офицер капитан II ранга А. К. Небольсин.
Всего в ходе сражения в «Аврору» попало 18 снарядов, не считая огромного числа осколков от недолётов. После боя в корпусе корабля насчитали несколько сотен пробоин. Самый критический момент для корабля возник, когда один из снарядов перебил электрический кабель управления рулём. Неподвижный корабль представлял собой идеальную мишень для противника, и если бы не героизм минного электрика Андрея Подлесного, бросившегося под ураганным огнём исправлять повреждения, «Аврора» наверняка бы разделила судьбу других кораблей российского флота, погибших в тот день возле острова Цусима.
Около 16:30 «Аврора» прекратила бой и ушла под защиту уцелевших русских броненосцев. Статистика смерти на войне отличается от статистики в обычной жизни. Жизнь каждого человека бесценна, но на войне количество потерь — понятие относительное. В тот день российский флот потерял убитыми около 5000 человек. На «Авроре» же погибли пятнадцать моряков, так что её экипажу, можно сказать, повезло… «Потери личного состава: убит в боевой рубке наповал командир крейсера капитан I ранга Егорьев, — писалось в книге, посвящённой „Авроре“ и вышедшей из печати в 1914 году. — Ранены осколками снарядов лейтенанты Прохоров, Лосев и Старк, мичман Шаховской и прапорщик Берг. Тяжело ранены мичман Яковлев — в ногу с оторванием мягких частей, лейтенант князь Путятин — в правый бок — и старший офицер, капитан II ранга Небольсин — в голову и в ногу. Нижних чинов: убито — 9, умерло от ран — 5, тяжело раненных — 32 и легко раненных — 42, главным образом из числа орудийной прислуги. Один из убитых нижних чинов был найден без головы, рук и ног, у другого в груди была гильза… В течение 12 часов, как в течение боя, так и в тяжёлом напряжённом состоянии во время минных атак, команда и офицеры бессменно стояли на своих постах: прислуга у орудий и боевая вахта в машине. Все работали безукоризненно и вносили всё от них зависящее для успеха дела».
В ночь на 15 мая контр-адмирал Энквист, понимая, что дальнейшее сопротивление равносильно самоубийству, принял решение увести оставшиеся под его командованием три крейсера — «Олег», «Жемчуг» и «Аврору» — к Филиппинским островам. 21 мая крейсеры пошли в порт Манилы, где были интернированы американскими властями. В феврале 1906 года, через 16 месяцев после выхода из Либавы, «Аврора» вернулась на Балтику.
С 1906 по 1914 год «Аврору» использовали как учебный корабль, на котором кадеты и гардемарины Морского корпуса овладевали корабельной практикой. С началом Первой мировой войны «Аврора» вновь встала на боевую службу. Под командованием капитана I ранга И. Г. Бутакова крейсер вошёл в состав Балтийского флота. «Аврора» охраняла подступы к Финскому заливу, участвовала в установке минных заграждений, выполняла функции разведывательного корабля.
13 лет — «младенческий возраст» для корабля, однако частые походы измотали крейсер. «Аврора» нуждалась в капитальном ремонте. Осенью 1916 года два буксира притащили корабль к стенке Франко-русского завода в Петербурге. Вряд ли тогда кто-нибудь предполагал, что после капитального ремонта обычный крейсер 2-го отряда крейсеров Балтийского флота станет знаменитым «кораблём революции»…
Впервые «Аврора» взбунтовалась ещё в 1905 году, когда стояла в манильском порту. Матросы были недовольны своим питанием, полгода они не получали писем от родных. В конце концов их терпение лопнуло. Но тогда назревавший бунт удалось быстро погасить, причём мирными мерами. Американские власти, под контролем которых в Маниле находилась «Аврора», выполнили большую часть требований матросов. С тех пор на корабле не раз возникали волнения, но крупного бунта удавалось избежать. Пока…