19 октября 1307 года Гийом Парижский начал следствие. Известно, что он и два его помощника использовали пытки, угрозы и обещания. Только в одном Париже в течение месяца было замучено 36 тамплиеров. Очень скоро инквизиторы убедили подследственных, что те никогда не выйдут из застенков живыми, если не подчинятся обвинителям. Тамплиеры пали духом и начали давать нужные инквизиторам показания. Их «свидетельства» записывали нотариусы и подписывали специально приглашенные свидетели.
Уже после 11 дней заключения Жак де Моле признался в отречении от Христа и фактах оплевывания креста, но отверг другие обвинения. Пыток к нему не применяли. Повидимому, он надеялся на защиту папы. Однако Климент V, узнав о признаниях де Моле, поверил в виновность храмовников и издал приказ об арестах тамплиеров во всех странах Европы и конфискации их имущества.
Обвинения тамплиеров в ереси, отрицании божественной сущности Христа, видимо, были справедливы. Известно, что с 1136 года в соответствии с Уставом храмовники могли принимать в свои ряды рыцарей, отлученных от церкви за святотатство, ересь, богохульство и убийство. Поэтому к ним примкнула значительная часть гонимых церковью последователей ереси катаров, которые отрицали божественность Христа, одобряли самоубийство и т. п. Очевидно, многое из своих тайных доктрин тамплиеры почерпнули на Востоке. В то же время поражает разница в показаниях подследственных. С 11 апреля 1309 года по 26 мая 1311 года было допрошено 225 тамплиеров: рыцарей, приоров, священников и слуг. Из них без всяких пыток 107 тамплиеров признали, что во время вступления в орден отреклись от Христа, однако они плевали не на крест, а в сторону; 16 человек утверждали, что во время их посвящения они ни с чем подобным не сталкивались; 153 отрицали, что им разрешалось мужеложство, чтобы не грешить с женщинами. Однако 72 признали, что получали такие рекомендации, но ими не воспользовались; 219 свидетельствовали, что никогда никаким идолам не поклонялись. Эти и многие другие факты, изложенные в документах процесса, толкуют по-разному. С одной стороны, утверждают, что тамплиеры были просто запуганы и клеветали на себя, чтобы получить обещанную свободу или избежать страшной казни на костре. С другой стороны, предполагают, что не все братья ордена имели одинаковую степень посвящения. Большинству были не известны многие его тайны, поэтому и говорить им было не о чем. Именно эти противоречия и стали главной почвой для мифологизации истории тамплиеров. В то же время среди подследственных оказались и такие, которые выдержали страшные пытки и настаивали на том, что все обвинения являются клеветой.
Скорее всего, решающую роль в результатах следствия сыграли заранее сформулированные судьями признания, которые они предлагали допрашиваемым подтвердить. Все обвинения, предъявленные тамплиерам, остаются спорными по сей день. Но как бы то ни было, сам факт признания вины, при существовавшей в практике судов инквизиции презумпции виновности, однозначно обрекал тамплиеров на гибель, а орден на полную ликвидацию. Это только усиливало позиции короля и ослабляло положение Климента V.
Вскоре ключевые фигуры процесса — Жак де Моле и генеральный смотритель Храма Гуго де Пейро — отказались от своих признаний. Великий магистр ордена сумел передать некоторым заключенным вощеные дощечки с призывом последовать его примеру. Он все еще надеялся на помощь папы. Но надежда была напрасной и теперь он оказался в еще худшем положении. В судебной практике инквизиторов существовал определенный порядок: считалось, что всякий еретик, отказавшийся от своих признаний, вновь впадет в ересь, а значит, подлежит сожжению на костре.
В 1311 года орден был ликвидирован. Еще до оглашения приговора по приказу епископа Сансского 54 тамплиера, вызвавшиеся защищать свой орден против несправедливых обвинений, были сожжены как упорствующие еретики. По словам свидетелей, несчастные во время казни не переставали кричать, что их «тела принадлежат королю, а души Богу». Всего же было сожжено 68 тамплиеров, в том числе Жак де Таверни, духовник короля.