Свои претензии на трон Англии Мария Стюарт обосновывала тем, что была правнучкой Генриха VII Тюдора (ее бабка по отцу была старшей сестрой Генриха VIII), и, таким образом, Мария приходилась внучатой племянницей Генриху VIII и племянницей нынешней королеве Англии Елизавете, но, в отличие от последней, никто не мог назвать ее незаконнорожденной. Королева Англии была оскорблена. Она отказалась признать право Марии Стюарт на английский трон.
Ситуация в Шотландии тоже не была стабильной. Первенство на политической арене здесь в то время приобрела шотландская знать, которая исповедовала кальвинизм — одно из самых распространенных религиозных протестантских направлений. Шотландских кальвинистов поддерживала протестантская Англия. И в такую страну в начале 1651 года вернулась с малых лет воспитанная в католической Франции Мария Стюарт (она попала туда в пятилетием возрасте).
Молодая, привыкшая к роскоши и развлечениям королева оказалась в бедной суровой стране, где все для нее было чужим. Она была вынуждена подчиниться обстоятельствам и назначила первым министром своего сводного брата, незаконнорожденного сына Якова V, протестанта графа Меррея.
Последующие три года в стране фактически правил Меррей. Королева лишь председательствовала. Как будто бы наладились и отношения с Елизаветой. Королевы стали обмениваться письмами и подарками. К сожалению, Мария, в отличие от Елизаветы, не была дальновидным политиком. Она была капризна и честолюбива. Шотландской короны королеве было мало. Она с удовольствием сменила бы ее на корону другого, богатого и сильного, королевства. Поэтому очень скоро перешла на сторону католической партии, вступив в союз со своими родственниками во Франции де Гизами.
Союз католических стран в то время фактически возглавляла Испания и Папа Римский. Некоторое время между шотландским и испанским дворами шли переговоры о возможном браке между Марией и наследником испанского престола доном Карлосом. Однако Карлос медлил с ответом, а Елизавета между тем всячески стремилась помешать этому браку. Она отлично понимала, что такое замужество усилит позиции католицизма в Шотландии. Она допускала и возобновление притязаний Марии Стюарт на английский престол в этом случае. Поэтому королева Англии сама решила подыскать жениха «любимой сестре», как в письмах она называла Марию.
Первой кандидатурой стал Роберт Дадли. Трудно сказать, почему Елизавета решилась предложить этот скандальный вариант. Дадли не принадлежал к королевскому роду. Он был обыкновенным дворянином, которого срочно возвели в ранг графа Лестерского, к тому же Дадли слыл любовником Елизаветы. Стюарт с возмущением отказалась.
В это время в Шотландии находился один из английских принцев крови — Fенри Дарили, который по материнской линии был правнуком Генриха VII, то есть кузеном Марии, и к тому же католиком. Дарили был молод, красив, прекрасно держался в седле и танцевал. Жених, правда, не отличался умом, но шотландская королева страстно влюбилась. Против этого брака выступил Меррей. Он понимал, что этот союз означал реставрацию католицизма в Шотландии. Сильно встревожилась и Елизавета. Она приказала Дарили вернуться в Англию, пригрозив конфисковать все земли его отца. Но тот не послушался. Тогда Елизавета предложила Марии сделку. Она выразила готовность признать права Марии Стюарт на английский престол в случае своей смерти, если та откажется от брака. Но для влюбленной женщины трон Англии уже не имел цены. Ранним утром 29 июля 1565 года венчание состоялось.
Тогда Елизавета решила организовать в Шотландии мятеж. Она не жалела денег для подкупов. Однако мятежные бароны в конце концов покорились своей государыне, а Меррей был вынужден бежать в Англию.
Но брак Марии оказался очень неудачным. Когда очарование первых месяцев замужества прошло, королева увидела рядом с собой тщеславного юнца, глупого и заносчивого, который сорил деньгами и упивался обретенной властью. Тогда Мария лишила мужа всех привилегий и перестала приглашать на заседания государственного совета. Супружеские отношения тоже были прерваны. Как только Мария узнала, что беременна, она отказала Дарили в супружеской близости, якобы для того, чтобы не навредить ребенку.
Дарили был в ярости. Его только поманили властью и теперь отбросили, как ненужную вещь. Он везде и всюду жаловался вельможам на королеву и в конце концов произошло невозможное — он согласился возглавить заговор против своей жены, королевы шотландской.