Линкольн все же нашел себе и супруге компанию для посещения театра. Около девяти вечера он появился в своей ложе в сопровождении майора Генри Рэтбоуна и его невесты мисс Клары Харри. Комедия уже шла полным ходом, но около 2000 присутствовавших в зале зрителей поспешили подняться, приветствуя главу государства, а оркестр заиграл марш. Артисты выждали, пока все снова усядутся на свои места, и возобновили спектакль.
В 21.30 к зданию театра подъехал одетый во все черное и тщательно загримированный Бут, вооруженный двумя кольтами, пистолетом и двумя ножами. Часовому у двери он показал какой-то пропуск, который тот в полутьме даже не смог прочесть. Артист сказал, что должен передать президенту важное сообщение, и был пропущен наверх. Некоторое время он прятался у входа в ложу, выжидая подходящего момента. И тот вскоре представился. Один из охранников Честного Эйба, Джон Паркер, решил, что ничего страшного не случиться за то время, которое понадобится ему, чтобы заглянуть в ближайший бар. Едва он скрылся из виду, как Бут ворвался в ложу и спустил курок пистолета, выкрикнув лозунг южных штатов в Гражданской войне: «Смерть тиранам!» Пуля пробила голову президента и застряла в области правого глаза. Убийцу пытался задержать майор Рэтбоун, однако артист, ранив офицера ножом, сумел спрыгнуть из ложи на сцену. И тут Буту не повезло: он запутался в занавесе, упал на подмостки, сломав ногу чуть выше колена. Тем не менее преступник сумел воспользоваться всеобщей суматохой, выбраться из театра и уехать верхом в неизвестном направлении. В то же самое время Пейн нанес удар ножом (по счастью, не смертельный) госсекретарю.
Авраама Линкольна тем временем с максимальной осторожностью усадили в кресло-качалку и перенесли в один из ближайших домов, куда срочно привезли врача. Но эскулап только бессильно развел руками. Помочь президенту могло разве что чудо, но его так и не случилось. Утром 15 апреля печальный список президентов США, погибших на своем посту, был открыт.
В оговоренном месте Бут встретился с Хэролдом, после чего сообщники отправились в штат Мэриленд, где рассчитывали получить убежище у единомышленников-южан. Поскольку сломанная нога все сильнее беспокоила актера, ему пришлось обратиться к знакомому врачу. Тот наложил на поврежденную конечность шину, и беглецы снова тронулись в путь. Но спустя 11 дней после трагедии в театре убийцу и его сообщника выследили и окружили на табачной ферме в штате Вирджиния. Переговоры с преступниками затянулись, поскольку добровольно сдаться в руки военных, осадивших здание, Бут желанием не горел. Наконец, терпение «загонщиков» лопнуло — ферму подожгли, после чего Хэролд решил, что лучше быть малодушным, но живым, чем героем, но свежеподжаренным. Бут же, прекрасно представлявший себе, что его ждет в случае ареста, предпочел застрелиться. Правда, существует предположение, что убийцу застрелил кто-то из преследователей, нарушив тем самым предписание военного министра Стентона: «Взять убийцу президента живым!» Такую возможность имел, например, подполковник Конджер — один из офицеров тайной полиции, руководивших операцией по захвату Бута. О том, что артист не был полоумным фанатиком-одиночкой, как принято считать, говорит не только обнаруженный в кармане убитого чек на весьма крупную сумму, подписанный главой Конфедерации. О том, что за спиной Бута скрывались весьма влиятельные персоны, заставляют задуматься еще несколько фактов. Так, убийца президента, получивший пулю, прожил еще три с половиной часа, причем все это время он находился в полном сознании. Врач, осматривавший смертельно раненого, предупредил военных, что часы его пациента сочтены, поэтому для получения информации о покушении стоит поспешить произвести допрос. Однако, несмотря на это, актера так и не допросили. Что же касается дневника Бута, то его военный министр почему-то счел необходимым скрыть от суда. Когда же власти официально затребовали у Стентона данный документ, в нем отсутствовали 18 страниц. Что хотел скрыть военный от следствия? И что означала странная фраза, выведенная рукой Бута: «Я почти склонен вернуться в Вашингтон и. оправдаться, что, как мне кажется, я смогу сделать». Похоже, оправдаться убийца мог только в одном случае — раскрыв имена своих высокопоставленных сообщников, так и оставшихся в тени. А их было, судя по всему, немало. В записках есть упоминание об 11 членах конгресса, 12 армейских офицерах, трех офицерах флота и 24 гражданских лицах: губернаторе, журналистах, крупных банкирах, богатых промышленниках. Кроме того, в Америке долго ходили слухи о том, что Бут не был убит, что правительство разыграло этот спектакль с единственной целью: закрыть дело об убийстве президента. Сам же исполнитель «заказа» якобы прожил еще 38 лет, правда, под конец жизни он спился и наложил на себя руки. Тем не менее ответа на вопрос, был ли на самом деле Бут убит, как ни странно, нет и поныне.