Однако расчеты Марии и Босвела не оправдались. Ни в Европе, ни в Шотландии никто не верил в похищение. Все были уверены в том, что оно было совершено с согласия королевы. Елизавета перестала отвечать на письма Марии. Не было известий и из Франции. Чувствовалось осуждение и со стороны придворных.
Результатом опрометчивого поведения шотландской королевы стал мятеж шотландских лордов. Их войско захватило Эдинбург и двинулась на крепость Бортуик, где в это время Мария и Босвел пытались переждать бурю. Силы были слишком не равными. Королеве поставили условие: она должна отказаться от брака с Босвелом и вместе с войском лордов вернуться в Эдинбург. Ей пришлось согласиться, а Босвел вынужден был спасаться бегством.
Королеву везли в столицу в окружении солдат, что само по себе было для нее унижением. Потом ее заключили в замок Лохливен, который находился посреди озера и был отрезан от суши. Под угрозой обвинения в убийстве Дарили Марию заставили отречься от престола в пользу Иакова. Регентом при малолетнем короле стал Меррей.
В Европе по-разному отнеслись к заключению королевы. А в Шотландии ее стали считать особой, которая недостойна королевского венца. Однако неожиданно на ее сторону встала Елизавета. Английская королева понимала, что, защищая Марию, она защищает собственную королевскую власть. Королевскому совету Шотландии Елизавета написала несколько писем. В одном из них она увещевала мятежников: «Вашего обращения с королевой Шотландии мы не можем ни одобрить, ни стерпеть. Велением Божьим вы — подданные, а она ваша госпожа, и вы не вправе приневолить ее к ответу на ваши обвинения». Однако лорды не вняли письмам королевы соседнего государства, и Елизавете пришлось отступить.
Босвел был далеко. Он бежал в Данию, но прислал в Эдинбург слугу, который должен был выкрасть из его дворца ларец с важными бумагами. Посланца схватили и подвергли пыткам. Не выдержав их, слуга выдал тайник. Ларец был найден и открыт в присутствии шотландских лордов. В нем находились бумаги Босвела, письма и сонеты королевы и другие важные документы. Они свидетельствовали о причастности королевы к убийству Дарили. В шотландском парламенте «письма из ларца» были зачитаны вслух. Их содержание стало широко известно и в Европе. Однако уже тогда многие считали эти письма подделкой. В наши дни ученые тоже разделились на два лагеря: одни считают их фальсификацией, другие убеждены в их подлинности.
Казалось, Марии не на что надеяться. Но она продолжила борьбу. 2 мая 1568 года ей с помощью Джорджа Дугласа, одного из лордов-католиков, удалось бежать из Лохливена. Мятежный лорд сумел собрать под ее знамена 6 тысяч воинов. Однако 13 мая Меррей разбил это войско. Марии пришлось бежать в Англию и обратится за помощью к Елизавете. С этого момента фактически и начинается история суда, а точнее, судов над шотландской королевой.
Елизавета отказалась от свидания с Марией и выдвинула условие: та должна очиститься от обвинения в соучастии в убийстве Генри Дарили. Мария Стюарт после некоторого колебания согласилась. Для расследования дела была создана комиссия из английских пэров. Славным обвинителем был Меррей, а защищал Марию епископ Лесли. Первый суд не нашел достаточного количества улик против королевы. Однако и подозрения с шотландской королевы сняты не были. Елизавета по-прежнему не допускала ее ко двору, но и выпускать из Англии не хотела, опасаясь за свою власть и судьбу протестантизма в стратегически важной для Англии Шотландии.
Практически Мария находилась в заточении, хотя ей и не вынесли обвинительного приговора. Ее переводили из замка в замок, хотя содержали с комфортом. Бывшая королева ела на серебре. Ее покои освещались дорогими свечами. У нее было около пятидесяти слуг. Елизавета ежегодно выдавала на содержание узницы 52 фунта. Ежегодный пенсион в 1200 фунтов присылали из Франции.
Но Мария Стюарт не смирилась. С первых же дней заточения она сумела установить контакты со своими сторонниками в Париже, Мадриде и Шотландии и вела с ними оживленную переписку. Письма прятали в белье, книгах, под подошвами обуви, в крышках футляров с драгоценностями. Однако очень скоро все каналы общения королевы с внешним миром становились известны английскому министру полиции Уолсингему. Друзья Марии все чаще попадали в тюрьму или на плаху.
Пиком интриг Марии стали события 1572 года. Неожиданно судьба дала королеве шанс вырваться из неволи. Ей обещал помочь герцог Норфолк, который возглавлял первый суд над Марией и был одним из крупнейших феодалов в Европе. Очевидно герцог рассчитывал на брак с Марией, что давало ему шанс занять английский трон. Мария ответила согласием. Тогда Норфолк поднял мятеж, его поддержало католическое население. Однако он был разбит и казнен. Эти события в который раз напомнили Елизавете, что Мария Стюарт все так же опасна. Выяснилось, что герцог и Мария вели тайную переписку с Филиппом Испанским.