Последней надеждой Марии оставался ее сын Иаков. Она попыталась наладить с ним связь. Однако молодой король был воспитан врагами своей матери. К тому же Елизавета, испугавшись, что они договорятся, пообещала Иакову английский престол после своей смерти.
Между ними был подписан тайный договор, и Иаков окончательно отвернулся от матери. Мария прокляла сына.
Между тем положение Елизаветы на международной арене усугубилось. Против нее выступали все католические государи. Папа Римский отлучил ее от церкви, а в 1580 году объявил, что всякий «убивший Елизавету с благочестивыми намерениями совершит Божье дело». Было раскрыто несколько заговоров, имевших целью устранение Елизаветы. В этой ситуации Мария стала представлять нешуточную угрозу для английской королевы. Католики в Англии пытались сделать ее своим знаменем в борьбе против протестантства и власти Елизаветы.
Режим содержания пленницы был ужесточен. За ее слугами постоянно следили, чтобы лишить их возможности покидать замок и передавать письма на свободу. Любые посылки королевы тщательно досматривались. Марию лишили лошадей. Теперь она не могла совершать прогулки. Но Елизавете и ее министрам и это казалось недостаточным. Было решено устроить ловушку, чтобы обвинить узницу в организации заговора с целью убийства английской королевы.
Главным организатором провокации стал Уолсингем. Узнав об очередном заговоре, он не стал арестовывать его участников, а, наоборот, стал провоцировать их. Марию перевезли в замок Чартли, который находился рядом с поместьем дворян-католиков. Контроль над ней был как будто бы ослаблен. К королеве допустили молодого мелкопоместного дворянина Бабингтона, который хотел освободить королеву Шотландии. Он наладил передачу тайных писем, которые прятали во флягу и опускали в бочку с пивом для слуг. Однако эти письма не были тайной для полиции. Их предварительно расшифровывали, прочитывали и копировали и только потом отправляли в замок.
Наконец, в одном из писем, Мария, подстрекаемая своими сторонниками, дала согласие на убийство Елизаветы. Капкан захлопнулся. Письмо тотчас изъяли. Все заговорщики, в том числе и шотландская королева, были арестованы.
Елизавета торжествовала. Однако она четко осознавала, что все же оказалась в сложном положении. Казнь королевы ставила под сомнение божественную природу власти монархов, то есть ее собственную. Вот если бы Мария во всем созналась, покаялась и отдалась на личную волю Елизаветы, суда можно было бы избежать. Тогда ее можно было бы безбоязненно держать где-нибудь в уединенном замке до самой смерти. А весь мир восхищался бы милосердием английской монархини.
Однако Мария наотрез отказалась признать себя виновной, но согласилась дать объяснения посланцам королевы, то есть фактически предпочла судебное разбирательство. Суд на Марией Стюарт проходил в парадном зале замка Фотерингей — месте ее последнего заключения. В глубине зала на возвышении стояло кресло под королевским балдахином. Оно символизировало власть английской королевы. Кресло для Марии стояло несколько ниже. Не желая ни в чем поступаться своим королевским величием, Мария отказалась сесть на предназначенное ей место. «Я королева, — заявила она, — я была супругой французского короля, и мне надлежит сидеть выше».
Славных свидетелей — Бабингтона и его товарищей — незадолго до этого поспешно казнили. Судьи зачитывали их письменные показания, полученные под пыткой. Славные документы, в том числе и основные улики, были представлены не в оригиналах, а в списках. Мария имела полное право заявить: «Как могу я быть уверена, что мои письма не подделаны для того, чтобы было основание меня казнить?»
Впрочем, это заявление судьи не приняли во внимание. Адвоката у подсудимой не было, а она не была знакома с английскими законами, поэтому заранее была обречена на проигрыш.
Вместо того чтобы сосредоточиться на сомнительных пунктах обвинения, Мария начала лгать, поставив под сомнение все свои заявления. Несмотря на то что было легко доказать ее знакомство с Бабингтоном, она его вначале отрицала.