Після перемоги під Конотопом Виговський разом із союзниками планував іти на Москву. Однак цьому завадило чергове повстання лівобережних полковників Цюцюри, Золотаренка і Сомка. А напад козаків Івана Сірка на татарські поселення змусив хана з ордою покинути гетьмана і повернутися до Криму. Впоратися із внутрішніми проблемами самому Виговському не вдалося, і на військовій раді в Германівці він був вимушений зректися гетьманства.
Після зречення влади І. Виговський вирушив до Польщі, де якийсь час обіймав високі офіційні посади. Але за п’ять років колишнього гетьмана поляки безпідставно звинуватили у зраді та за вироком військово-польового суду розстріляли.
Новим гетьманом України в 1659 році став син Богдана Хмельницького Юрій (близько 1640–1685). Після того за допомогою турок його ще двічі оголошували правителем України, але він, на жаль, не здатен був керувати державою, а тому так і не став достойним спадкоємцем свого великого батька. Ось як несхвально казали про нього сучасники: «Від природи євнух, змій по натурі, обмежений розумом, слабкий тілом». Саме за Юрія Хмельницького Україна втратила свою цілісність. За підписаним у 1667 році між Росією та Польщею Андрусівським мирним договором лівобережна частина країни, що отримала назву Гетьманщина, опинилася під владою Москви, а правобережна – знову увійшла до складу Речі Посполитої.
Протягом 20 років після смерті Б. Хмельницького події політичного життя в Україні нагадували калейдоскоп: змінювалися гетьмани, плелися інтриги і велася нескінченна міжусобна боротьба. Цей період історики назвали Руїною. Громадянська війна, то припиняючись, то розгоряючись з новою силою, палала протягом 1658–1665 та 1668–1689 років. Змальовуючи ці події у посланні до короля Яна Казимира, польський магнат А. Потоцький свідчив: «…українці самі себе поїдають, один населений пункт воює з іншим, син батька, а батько сина грабує».
Одним з гетьманів епохи Руїни був Петро Дорошенко (1627–1698). В 1665 році його було обрано гетьманом Правобережної України. Будучи проти союзу з Польщею та Росією, Дорошенко перейшов у підданство турецького султана. Це налаштувало проти нього більшість населення України. В 1676 році він був вимушений здатися в полон російським військам. Цар пробачив Дорошенка і зробив його воєводою у Вятці. Та України колишній гетьман більше не побачив. Він помер у 1698 році в подарованому йому селі Ярополча під Москвою.
Петро Дорошенко
Можливо, найвидатнішим кошовим отаманом Запорозької Січі часів Руїни був Іван Сірко (близько 1610–1680), уродженець слободи Артемівка під Мерефою на Харківщині. Він особливо прославився походами проти кримських татар, вів себе незалежно, претендуючи на гетьманську булаву на Лівобережжі, зіграв значну роль у зреченні Дорошенка та прийняв від нього присягу на вірність царю. Сірко здійснив більше 100 військових походів, зазнавши поразки лише в одному з них. З його іменем пов’язують легендарний лист запорожців до турецького султана Мухамеда IV.
Важко знайти в українській історії особистість більш суперечливу та трагічну, ніж гетьман Іван Мазепа (1639–1709). І якщо в народі говорили: «Від Богдана до Івана не було гетьмана», то запорожці, незадоволені участю в частих російських походах, називали Мазепу «вітчимом України». І сьогодні одні вважають його борцем за незалежність України, другі – спритним авантюристом, що прагнув особистої влади, треті – зрадником. Одне безсумнівно – він був неабияким політиком, тонким дипломатом, високоосвіченою й талановитою людиною. Приймаючи рішення про перехід на бік шведського короля Карла ХІІ, Мазепа довго вагався і зважував два варіанти наслідків шведсько-російської війни: якщо переможе Росія, то українські землі можуть бути поділені між нею та її союзником – польським королем Августом ІІ, у випадку ж перемоги Швеції Україна могла б повністю увійти до складу Польщі або перейти під верховенство шведів. Прийнявши рішення, він у жовтні 1708 року розіслав козацькій старшині універсал, в якому пояснював причину союзу зі Швецією і закликав підтримати його. Та більшість козаків, селянство та міщани на цей заклик не відгукнулися. До загону Мазепи приєдналося лише кілька тисяч запорожців, з якими він і прибув 24 жовтня 1708 року до ставки шведського короля під Полтаву.