В конце концов, Маргарита покидает мир в образе ведьмы, и уходит вслед за Мастером в место его последнего приюта.
Полагают, что у Маргариты был реальный прототип.
По одной версии таким прототипом была известная русская актриса начала XX века Мария Федоровна Андреева, по другой — Елена Сергеевна Булгакова, третья и последняя жена писателя, которую он так и называл: «Моя Mapгарита». Полагают также, что первая встреча Мастера и Маргариты в переулке у Тверской воспроизводит первую встречу Михаила Булгакова с Еленой после почти двадцатимесячной разлуки. Елена Сергеевна печатала под диктовку все произведения писателя 1930-х годов, фактически став и его музой, и его его секретарем. 14 марта 1933 года Булгаков передал ей доверенность на заключение договоров с издательствами и театрами, а также на получение авторских гонораров.
Жанр романа неоднозначен, поскольку весьма многослоен — в нем слились и сатира, и фарс, и фантастика, и мистика, и история любви, и философская притча.
По сюжету «Мастера и Маргариты» создано множество театральных постановок и снято несколько художественных фильмов, причем не только в России, но и за рубежом — в Югославии, в Польше, в Швеции.
По мнению Андрея Кураева, роман о дьяволе (как его иногда называл М. А. Булгаков) — это предостережение от сатанизма и атеизма. Роман создавался несколько лет. При жизни автор читал у себя дома отдельные места близким друзьям, и вскоре по литературной Москве пошли слухи о великом романе, хотя при жизни писателя роман так и не был опубликован. Первое издание романа появилось лишь в 1966 году благодаря жене писателя Елене Сергеевне Булгаковой, которая в тяжелые сталинские времена сумела сохранить рукопись.
Сам Булгаков был уверен, что роман «Мастер и Маргарита» никогда не будет опубликован при советской власти — свой текст он считал попыткой связаться с далекими потомками. Однако роман был опубликован, и когда это произошло, советская интеллигенция была потрясена.
Итак, в жаркий летний день два литератора прогуливаются на Патриарших прудах, рассуждая о Христе в духе атеизма. Когда собеседники присели на скамейку, к ним подсаживается незнакомец, внешним видом напомнивший героям иностранца. Незнакомец оказывается весьма словоохотлив — он излагает свою версию событий, произошедших у Понтия Пилата, и в завершение встречи предрекает скорую гибель одному из литераторов, Михаилу Берлиозу. Предсказание сбывается — через несколько минут Берлиоз попадает под трамвай. Второй литератор, ставший свидетелем произошедшего, бросается в погоню за иностранным «профессором». Погоня оканчивается в сумасшедшем доме, куда поэт вскоре и попадает — так сбывается второе предсказание незнакомца.
«Иностранец» и его компания (Коровьев, кот Бегемот, Азазелло, Гелла) поселяются в опустевшей квартире Берлиоза и дают сеанс черной магии в театре «Варьете». Представление началось карточными фокусами и закончилось беганьем голых девиц по Москве. В это же самое время Бездомный в сумасшедшем доме знакомится с соседом по палате — Мастером. Мастер говорит Бездомному, что Воланд — не кто иной, как сам Сатана, и рассказывает свою историю. Эта история оказалась тоже связана с Понтием Пилатом — Мастер написал о Пилате роман, «зарезанный» критиками, после чего Мастер в расстроенном состоянии сжег роман и ушел ночью из дома, «исчезнув» для всех, кого он знал.
Вторая сюжетная линия романа развивается параллельно с основной. Это история Понтия Пилата, который не решается выступить против Синедриона и спасти осужденного им на казнь Иешуа Га Ноцри…
Маргарита, возлюбленная Мастера, мечтает только об одном — найти и вернуть Мастера. Азазелло дает ей надежду на исполнение ее мечты в том случае, если она согласится оказать Воланду одну услугу. Маргарита соглашается, не раздумывая. Она натирается «чудесным» кремом, который ей дал Азазелло, седлает половую щетку и вылетает в окно, устраивая в городе разрушения, в результате которых страдает прежде всего квартира критика Латунского, главного гонителя Мастера. Маргарита вскоре знакомится с Воландом и со всей его свитой — Воланд просит ее стать королевой сегодняшнего бала…
До встречи с Воландом Маргарита была верующей. Каждое утро она «просыпается с предчувствием, что… что-то произойдет», и это ощущение рождает веру. «Я верую! — шептала Маргарита торжественно, — я верую!» Маргарита думает, что ее жизнь — это «пожизненная мука» за грехи: за ложь, обман, за «тайную жизнь, скрытую от людей». Так перед читателем раскрывается душа Маргариты, переполненная страданием.