Во дворце Зарастро волнение: мавр Моностатос, приставленный стеречь Памину, так усердно домогался ее любви, что бедняжка сбежала, Однако скоро она была настигнута, и вот уже мавр грубо тащит прекрасную пленницу, собираясь заковать ее в цепи, Неожиданно появляется Папагено. Он и Моностатос, ошеломленные, напуганные внешностью друг друга, бросаются опрометью в разные стороны. Любопытство, однако, оказывается сильнее страха, и птицелов возвращается к Памине. Он рассказывает о любви принца Тамино, о его решении спасти ее и предлагает немедленно бежать, Перед дворцом появляются три волшебных мальчика, а за ними Тамино, Он хочет войти, но дорогу преграждает жрец, Он раскрывает обман Царицы ночи: Памину похитил не злой волшебник — в царстве Зарастро господствуют мудрость и доброта. Обрадованный Тамино начинает играть на волшебной флейте. На ее звуки откликается дудочка Папагено; вместе с Паминой он приближается к храму. Их опережает Моностатос со стражей. Они уже готовы схватить беглецов, но звон колокольчиков Папагено заставляет их пуститься в пляс. Восторженные возгласы толпы возвещают о появлении Зарастро. Памина падает к его ногам, признаваясь в ослушании. Мавр приводит принца, схваченного поблизости, а когда молодые люди бросаются в объятия друг друга, грубо разлучает их. Он ждет награды за верную службу. Вместо этого Зарастро приказывает строго наказать его и объявляет, что пришельцы должны подвергнуться испытанию в храме.
Тамино и Папагено готовятся к посвящению. Условия испытаний суровы: не выдержавший должен умереть. Испуганный Папагено наотрез отказывается, но весть о том, что в награду Зарастро даст ему жену, меняет его решение. Первое испытание — противостояние женщине. Едва скрылись жрецы, объявившие это условие, как перед Тамушо и Напагено возникли три дамы, феи Царицы ночи. Они угрожают путникам гибелью, уговаривают вернуться к их повелительнице. Тамино молчит. Жрецы приветствуют принца, выдержавшего первое испытание, но предупреждают, что остальные труднее и опаснее.
В чудесном саду, в беседке среди розовых кустов спит Памина. Моностатос с вожделением смотрит на нее. Появляется Царица ночи. Она говорит Памине, что бессильна защитить ее от похитителя: отец Памины перед смертью передал Зарастро свой талисман, солнечный диск, который тот носит на груди. Памина должна убить Зарастро и вернуть знак солнца Царице ночи. Передав дочери кинжал, она исчезает. Моностатос, подслушавший разговор, берет у растерянной девушки кинжал и требует ее любви. Намина отказывается, но когда мавр заносит над нею кинжал, его руку удерживает Зарастро. Он знает обо всех кознях Царицы, но не собирается мстить ей: его местью будет посвящение принца и его счастье с Паминой.
Широкий двор храма. Сюда жрецы привели Тамино и Папагено. Они должны хранить молчание, но Папагено разражается болтовней. Он хочет выгнать, и тут же из-под земли вырастает дряхлая старуха с кувшином, которая кокетливо сообщает, что ей 18 лет и что у нее есть дружок по имени Папагено. Удар грома заставляет ее исчезнуть, а напуганный Папагено клянется молчать. Три волшебных мальчика возвращают ему колокольчики, а Тамино — флейту. На звуки флейты прибежала Памина‚ Она изумлена, раздосадована молчанием принца, холодность возлюбленного повергает ее в отчаяние. В храме жрецы приветствуют Тамино, выдержавшего и это испытание. А Папагено дорогу преграждает жрец: боги прощают его слабость и варят жизнь, но в круг избранных он недостоин войти. Папагено это и не нужно: он мечтает лишь о выпивке и доброй подружке. Вновь появляется старуха. Она требует от Папагено супружеской клятвы, угрожая темницей. Птицелов клянется, и старуха превращается в хорошенькую дикарочку, одетую в перья. Папагено бросается к ней, но дикарочка исчезает.
Памина, терзаемая страшной мукой, бродит по саду. В ее руке кинжал. Зачем жить, если Тамино разлюбил ее? Три волшебных мальчика успокаивают ее: Тамино по-прежнему верен Памине.
Воины охраняют ту часть храма, в которую допускаются лишь посвященные. Сюда пришел Тамино; Памина тоже хочет подвергнуться испытанию. Под звуки волшебной флейты они бесстрашно проходят сквозь пламя и бушующие волны.
Папагено ищет исчезнувшую красотку. Мальчики напоминают ему о чудесных колокольчиках. Только раздался их перезвон, как Папагена возникла перед восхищенным, ошалевшим от счастья птицеловом.
Тем временем в храм посвященных под предводительством Моностатоса проникла Царица ночи со своими дамами. Храм должен быть разрушен, посвященные уничтожены. Но молния разбивает скипетр Царицы. При свете занимающегося дня Зарастро, жрецы и народ славят разум и любовь.