Оставив руины Трои, Эней по повелению Юпитера плывет к Италийской земле. Шторм выбрасывает корабль на берег в Карфагене, где правит вдовствующая царица Дидона. Вспыхивает любовь; празднуется свадьба. Однако с момента первой встречи Дидона предчувствует неизбежность разлуки.
Колдунья и две ведьмы, ненавидящие весь род людской, стремятся разлучить влюбленных. Они плетут нити злых козней: на охоте перед Энеем явится их слуга в облике Меркурия, посланца Юпитера и, сообщив волю богов, призовет героя немедля оставить Карфаген, на море же разыграется буря, и Эней погибнет.
В лесу охотятся Дидона, Эней и придворные. Эней складывает к ногам царицы, как символ покорности, голову убитого им вепря. Слышны отдаленные раскаты грома. Близится гроза. Внезапно Дух в облике Меркурия преграждает дорогу Энею и возвещает повеление высших сил: герой должен нынче же ночью отплыть.
В гавани матросы готовят корабль к отплытию. Колдунья и ведьмы, наблюдая за сборами, предвкушают шторм, гибель Энея, пожар Карфагена. Энея мучат сомнения, он хочет остаться, но Дидона не принимает жертвы — разлука неизбежна. Покинутая возлюбленным, она в горе убивает себя его мечом.
«Дидона и Эней» — камерная опера: в ней всего 9 действующих лиц (из них 3 эпизодических), оркестр состоит из струнного квартета и чембало. Однако в пределах 4 картин Перселлу удалось естественно сочетать компоненты современной ему оперы-seria хоровые и оркестровые эпизоды, арии, ансамбли, танцы. В «Дидоне» нашли своеобразное преломление влияния французской лирической трагедии и итальянской оперы-зона; органично сплелись свойства возвышенной трагедии и народно-жанрового представления. Несмотря на авторские ремарки «в лесу», «в гавани», «во дворце», композитор не даст живописных картин моря или леса, церемониальных шествий. Как в шекспировском театре, ремарки условны. Поразительны предвосхищения романтической оперы XIX в., особенно в сценах с участием сказочных, фантастических персонажей.
Небольшая увертюра содержит медленное драматичное вступление и оживленную основную часть полифонического склада.
1-я картина I акта выдержана преимущественно в светлых тонах. Таково ариозо Белинды с хором «Прочь гони печаль с чела». Но первая же ария Дидоны привносит оттенок грусти («О, что пророчит смутный трепет сердца?»); в ней сосредоточены основные особенности ее вокальной партии: спокойное, плавно-величественное движение подчеркнуто форе мой вариаций на неизменный, остинатный бас; пластически выразительны мелодические фразы; интонация вздоха выделена частыми паузами, которые прерывают и вместе с тем одушевляют музыкальную речь героини. В восторженном по характеру дуэте Белинды и 2-й дамы с хором («Горе прочь, растает лед! Венчальный час царицу ждет») устанавливается праздничное настроение. В арии Белинды («Любви победный час») и хоре прославляется союз влюбленных. Картину завершает триумфальный танец. Резкий контраст создает сумрачный колорит 2-й картины, открываемой оркестровой прелюдией. Властно звучат магические зовы Колдуньи в ее речитативе («Где вы, где вы, сестры зла?»). В дальнейшем развитие строится на чередовании речитатива и хора; хоровая строфа (в ритме жиги) имитирует дьявольский хохот, придавая музыке демонический оттенок. Дуэт ведьм, предвкушающих победу над любовью, звучит торжествующе и грозно. Картина оканчивается хором ведьм с эффектным эхом и танцем, в котором также использован прием эха.
II акт поначалу возвращает светлое настроение 1-й картины: таковы обрамленные оркестровыми ритурнелями арии Белинды с хором («Роща над морем — вечный сад») и 2-й дамы («Здесь купалась Артемида»). После драматического речитатива Энея («Как суров Олимпа зов») обрывается музыка II акта в обеих сохранившихся копиях.
В III акте поочередно представлены все три драматургических плана оперы. Первый, жанровый раздел, содержит песню матроса с хором («Эй, моряк! Поднимаем якоря!») и танец матросов, в которых особенно слышны связи с народными истоками; второй раздел составляют ариозо Колдуньи («Буря, тьмою покрой океан»), хор ведьм и их танец. Эти разделы сходны и по строению, и по атмосфере: в них выражено состояние радости безоблачной (матросы радуются предстоящему отплытию) и злобной (ведьмы рады грядущей гибели героев). Третий раздел контрастен двум первым. Драматический дуэт Дидоны и Энея раскрывает новые грани образа героини: уверенно и непреклонно звучат ее интонации, энергичным фразам свойственна повелительность. В арии ламенто, прощании с жизнью («Мне в землю лечь») — трагической кульминации оперы, став шей ее символом, — с наибольшей полнотой раскрывается величие Дидоны. Настроением светлой печали овеяна музыка хора, завершающего оперу.