Преподавательская деятельность Танеева в консерватории продолжалась вплоть до 1905 года. В стране начались волнения, в том числе и студенческие, которые вылились в революцию. Передовая профессура поддержала студентов. Танеев предложил проект реформы образования, а, получив резкую отповедь директора консерватории В. И. Сафонова, позволил себе резко критиковать его единовластные поступки, хотя вовсе не был сторонником радикализма и революционных действий. Сафонов в ответ обвинил Танеева в желании свести личные счеты, и тем самым сделал невозможным их дальнейшее сотрудничество. Композитор подал заявление об отставке. Несмотря на то, что художественный совет консерватории обратился к нему с официальной просьбой вернуться, решение его осталось непреклонным.
Поскольку тогда же, в связи с поддержкой студенческих волнений, Петербургскую консерваторию также покинули самые видные ее профессора, один из них — Глазунов — послал Танееву телеграмму, в которой говорилось: «Выражая свое сердечное соболезнование Московской консерватории, лишившейся в лице С. И. Танеева ее великого учителя, я в то же время горжусь, что наш список профессоров, протестовавших своим выходом против существующего управления в консерваториях, украсится столь достойным именем». Откликнулся на это событие и Н. А. Римский-Корсаков, также вышедший из состава профессоров: «Дорогой Сергей Иванович! — писал он в открытом письме, опубликованном в нескольких газетах. — По случаю вынужденного ухода Вашего из Московской консерватории не могу не выразить Вам своего глубокого сочувствия как чудесному музыканту, превосходному профессору, непримиримому врагу произвола и неутомимому борцу за правду».
Уже в следующем году Танеев становится одним из организаторов и педагогов первой в России Народной консерватории, призванной давать общее музыкальное образование, учить понимать музыку самые широкие демократические слои общества. В 1908 году Танеев — в числе учредителей и активных членов общества «Музыкально-теоретическая библиотека». Кроме того, он непременный участник работы Музыкально-этнографической комиссии, постоянный консультант Московской симфонической капеллы, Кружка любителей русской музыки и многих других организаций и коллективов. Так, в 1907 году в Большом зале консерватории был организован цикл общедоступных симфонических концертов, призванный последовательно знакомить слушателей с музыкой, начиная с произведений мастеров XVI века и до настоящего времени. Задача была очень сложной, так как музыкальный материал XVI–XVII веков либо был в очень плохом состоянии, либо отсутствовал вовсе. Часть материалов приходилось заказывать за границей — делать копии в архивах, многое нуждалось в инструментовке, так как сочинения были рассчитаны на те инструменты, которые к концу XIX века совершенно вышли из употребления. Танеев восстанавливал старинные рукописи, давал советы по оркестровке. Все зги годы продолжается и его концертная деятельность, в основном — в составе камерно-инструментальных ансамблей.
В последние годы жизни Танеев, как правило, зимы проводил в Москве, на лето уезжал в подмосковную деревню Дютьково. Спокойную размеренную жизнь нарушили лишь две заграничные поездки — в 1908 году, когда композитор вместе с чешским квартетом выступил с концертами в Берлине, Вене и Праге, и в 1911 году, когда он снова побывал в Праге, где исполнялись его симфония до минор, хор «Прометей» и сцены из оперы «Орестея». В эту свою поездку он побывал также в Лейпциге, где в знаменитом концертном зале Гевандхауз был исполнен его Фортепианный квинтет, а также в Эйзенахе, где родился И. С. Бах, и на родине Моцарта — в Зальцбурге. Это было своего рода музыкальное паломничество по местам, святым для каждого музыканта.