Вернувшись домой, он показал такие успехи, что прежний его учитель прослезился от радости, а отец был наконец сломлен — он понял, что губить такой талант грешно, и отправил сына в Прагу. Деньги на обучение дал дядя, искренне полюбивший юношу.
В 1857 году Дворжак поступил в Пражскую органную школу. Годы учения были трудными, так как приходилось зарабатывать на жизнь — помощь дяди была не очень существенной, да и нельзя было жить, рассчитывая только на нее: надо было становиться на собственные ноги. Юноша давал уроки, занимался перепиской нот. Но все оставшееся время отдавал занятиям. Он изучал произведения Баха, Генделя и Бетховена, проходил гармонию и контрапункт. Посещал концерты консерватории, в которых исполнялись сочинения Моцарта, Шумана, Мендельсона, выступали Лист и Клара Шуман, в оперном театре прослушал оперы Моцарта, Россини, Доницетти, Верди, Вагнера. Прошло совсем немного времени, и он сам стал участником концертов — играл в оркестре общества «Цецилия».
Через два года курс обучения был закончен с характеристикой: «Отличный, но скорее практический талант. Практические знания и навыки представляются его наиболее сильной стороной. В теории он слабее». Теперь предстояло найти работу. Это было не просто, но помог случай. Руководитель небольшого оркестра, игравшего на балах и в ресторанах, решил расширить состав, чтобы иметь возможность выступать с серьезными программами в концертных залах. Ему, в частности, был нужен альтист, и Дворжак поступил в этот оркестр. Кроме того, нашлось еще одно место — органиста в лечебнице для душевнобольных. По крайней мере теперь он был избавлен от нужды.
Осенью 1862 года в Праге был открыт так называемый Временный театр. До того в столице Чехии был только Сословный театр, находившийся под контролем австрийских властей. Однако в стране просыпалось национальное самосознание, шло широкое движение за национальную культуру. В русле этого движения оказалась борьба за собственный, народный театр. Был организован комитет, собиравший для этого средства под гордым лозунгом «Народ — себе» (эти слова до сих пор начертаны на фасаде театра, построенного на народные деньги). Но поначалу денег было недостаточно, а театр нужен был как можно скорее. И члены комитета решили на собранные средства построить сначала небольшой Временный театр. В нем начал работать оркестр, участником которого был Дворжак. Здесь он познакомился со многими людьми, составлявшими цвет чешской культуры, в том числе и Сметаной, который для Временного театра писал оперы.
Юноша начал рано сочинять. В 60-е годы им были созданы первые симфонические и камерные произведения, в 70-е появляются оперы «Альфред», «Король и угольщик», «Хитрый крестьянин». К этому времени Дворжак оставил место альтиста, чтобы всецело посвятить себя творчеству, однако материальные трудности заставляют его искать учеников. Кроме того, в течение четырех лет он занимает место органиста в храме св. Войтеха. С началом работы органистом совпадает крупная перемена в личной жизни. Дворжак женится, причем история его брака удивительно совпадает с Моцартом: за несколько лет до того, работая во Временном театре, он серьезно увлекся Йозефиной Чермаковой. Молодая талантливая девушка играла на сцене, имела успех у публики и мечтала о блестящей карьере. Дворжак не привлекал ее — ей нужны были блеск, слава, а не какой-то молчаливый альтист, сидящий в оркестровой яме. Свидетельством любви молодого музыканта остался вокальный цикл «Кипарисы». А в 1873 году он сделал предложение младшей сестре Йозефины, Анне. Его чувство нашло отклик — прелестная юная девушка, обладавшая прекрасным голосом, согласилась стать его женой. Свадьба состоялась в ноябре.
В том же году композитор написал кантату «Гимн» на стихи В. Галека «Наследники Белой горы». Посвященный одному из ключевых моментов чешской истории, «Гимн» был встречен слушателями с огромным подъемом. Критики заговорили о нем, как о надежде чешского искусства. Окрыленный успехом, Дворжак принялся за симфонию, уже третью по счету. Вскоре появилась и новая опера — «Упрямцы».
Материальное положение композитора остается очень тяжелым. Облегчение наступает, когда венское министерство культуры и образования дает ему стипендию «для молодых бедных и талантливых артистов». Решающую роль в присуждении этой стипендии сыграл Брамс, бывший одним из членов комиссии, которая рассматривала сочинения. Представленная Дворжаком симфония ми-бемоль мажор настолько понравилась ему, что Брамс принял самое горячее участие в никому не известном пражском музыканте. Он стал интересоваться всем, что сочинял Дворжак, и когда познакомился с «Моравскими дуэтами» для двух голосов с фортепиано (1875–1877), порекомендовал их для публикации самому авторитетному среди немецких издателей — Зимроку. Тот, после успеха издания, корректуру которого держал тоже Брамс, поскольку с чешским композитором было труднее связаться, а время не ждало, заказал Дворжаку сочинение по образцу Венгерских танцев Брамса. Так появились Славянские танцы (1878).