В отличие от всех других симфоний Дворжака, Девятая открывается медленным вступлением. Сумрачно и сосредоточенно звучание низких струнных инструментов, которым отвечают высокие деревянные. И вдруг — внезапный взрыв с тремоло литавры, тревожные, мятежные возгласы: так подготавливается сонатное аллегро. Первый мотив главной партии — фанфарный призыв валторн с характерным синкопированным ритмом — пронизывает весь цикл. Но этому героическому кличу сразу же противопоставлен второй мотив в терциях кларнетов и фаготов — народно-танцевального склада, отголоски которого будут звучать в темах совсем иного плана. Очень близка к нему побочная партия, появляющаяся у флейты и гобоя в неожиданно далекой минорной тональности и лишь позднее, у скрипок, звучащая в мажоре. Эта тема, необычная в мелодическом, ладовом и ритмическом отношениях, вызывает у исследователей прямо противоположные ассоциации, причем в доказательство приводятся одни и те же особенности. Чешский музыковед описывает их как типичные признаки американской музыки — «перед внутренним взором Дворжака встает тип черных обитателей Нового Света» (О. Шоурек), а советский слышит в них же «чешские народно-инструментальные наигрыши с „волыночным“ басом» (М. Друскин). Необыкновенная яркость, броскость отличает заключительную тему у солирующей флейты в низком регистре. Характерная синкопа напоминает о ритме главной партии, а пентатонический оборот — о спиричуэлс. Разработка — драматическая, взрывчатая — открывается напряженным увеличенным трезвучием. В ней активно развиваются, дробятся, сталкиваются, переплетаются различные мотивы заключительной и главной партий. Необычна сжатая реприза: главная и заключительная партии проводятся в ней в очень далеких тональностях. А кода, начинающаяся как вторая разработка, служит предвосхищением героической развязки финала: в мощном звучании фортиссимо труб и тромбонов объединены заключительная тема и фанфарный клич главной партии.
Медленная вторая часть в рукописи носила название «Легенда». По словам композитора, она вдохновлена эпизодом погребения в лесу из «Песни о Гайавате» американского поэта Г. Лонгфелло. С этой поэмой, основанной на индейском эпосе, Дворжак познакомился давно, еще на родине, в чешском переводе, а перечитав ее в Америке, был так увлечен, что задумал оперу о Гайавате и просил Дж. Тёрбер позаботиться о либретто. Эпизод, положенный в основу второй части симфонии, рисует похороны жены героя, прекрасной Миннегаги, в девственном лесу, ее оплакивание племенем, скорбь Гайаваты. Композитор сам видел леса и прерии, тогда еще сохранившиеся на земле Америки, а вместе с тем — вспоминал о чешских лесах и полях, о саде, в котором стоял его домик в деревне Высокой. Таинственные красочные приглушенные аккорды духовых инструментов открывают ларго, словно вводя под сень векового леса. Они обрамляют песню удивительной красоты, напоминающую негритянские спиричуэлс, которую поет английский рожок. Быть может, его своеобразный тембр должен был напомнить о другом инструменте, в то время редком в симфоническом оркестре — о любимом инструменте американского джаза саксофоне. Но при всей оригинальности этой темы в ней слышны отголоски уже известных мотивов из первой части (главной партии и в особенности — заключительной). Изложена она в виде трехчастной песни, как будто в середине солиста сменяет хор (струнные). Скорбные настроения царят в центральном разделе части. Чередуются два образа — жалобный плач флейты и гобоя сменяется траурным шествием (кларнеты, позднее флейты и гобой на фоне мерных шагов пиццикато контрабасов и тремоло скрипок). И вдруг неожиданно меняется строй музыки — словно из мира индейских легенд, из сумрачных лесов Америки композитор перенесся в родное чешское приволье, наполненное птичьим щебетом (соло высоких деревянных). Мысль о родине влечет иные воспоминания, пастораль уступает место героике: в искусном контрапунктическом сплетении предстают фанфарный клич тромбонов, заключительная партия первой части и тема спиричуэлс, открывавшая вторую часть. В «золотом ходе» труб она приобретает теперь совершенно иной характер, и хотя этот эпизод длится всего пять тактов, он настолько ярок, что запоминается надолго и предвосхищает победную коду финала. В репризе части наступает успокоение. Таинственные аккорды обрамляют ее.
Третья часть, обозначенная в рукописи как скерцо, рисует, по словам Дворжака, «праздник в лесу, где танцуют индейцы». Вероятно, она навеяна сценой свадьбы Гайаваты, хотя в музыке возникают и иные, не обязательно индейские, ассоциации. Первый раздел этой большой трехчастной формы, в свою очередь, трехчастен. Крайние эпизоды напоминают музыку скерцо Девятой симфонии Бетховена, что подчеркнуто обилием канонических имитаций, ударами литавр. В ритмическом рисунке улавливается чешский танец фуриант с его постоянной сменой двух- и трехдольности. Краткий средний эпизод — более медленный, с покачивающейся напевной мелодией. Своеобразие придают необычные ладовые обороты и гармонии, звонкие удары треугольника. И в то же время слышны отголоски тем первой части (второго мотива главной, заключительной). Трансформированный лейтмотив служит переходом к трио, где возникают еще две танцевальные мелодии. В них нет уже ничего от лесного праздника индейцев: плавный трехдольный танец напоминает австрийский лендлер или чешскую соуседску. Темы поручены деревянным духовым, и в их трелях слышится воркование так любимых композитором голубей.