В июне 1905 года он тяжело заболел. Серьезно опасались за его жизнь, временами думали, что он не доживет до утра. Выздоровление наступило только в августе. Композитор поправлялся телесно, но душевно ему было очень тяжело. «Скучает Саша по консерватории», — делилась мать с Римским-Корсаковым. Он не только скучал — одолевали мысли о тех талантах, которые пронесшимися событиями оказались выброшенными из консерватории. Возникла идея создать альтернативное учебное заведение — Национальную музыкальную академию. Идею поддержали друзья, было даже найдено помещение. Но пока необходимые документы ходили по инстанциям, преодолевая бюрократические препоны и рогатки, необходимость в создании такого заведения отпала: в январе 1906 года консерватория получила автономию, опальные профессора возвратились в нее, причем впервые в ее истории на основе свободных выборов директором стал Глазунов.
На этой должности он оставался вплоть до 1928 года, пользуясь колоссальным заслуженным авторитетом и любовью педагогов и учеников. Именно авторитет большого музыканта, наследника Могучей кучки во многом помог ему провести консерваторию сквозь все перипетии революционных лет, когда шла непрерывная перестройка, реорганизация, ликвидации и т. п., сохранив лучшие ее традиции и педагогический состав. Глазунову во многом обязана русская культура той блестящей плеядой выпускников — композиторов и исполнителей, которой она по праву гордится. Он не только преподавал и осуществлял руководство: присутствовал на всех экзаменах студентов всех специальностей, следил за их успехами. В голодные годы «выбивал» пайки и дополнительные стипендии для наиболее одаренных. Так он поддерживал юного Шостаковича — ходил к могущественному тогда Горькому хлопотать об оказании ему материальной помощи.
Но все больше он чувствовал себя одиноким, усталым, а иногда и беспомощным. Чуждая, часто враждебная жизнь, окружавшая его, выбивала почву из-под ног. В консерватории снова разгоралась борьба, но теперь уже он числился в ретроградах. Молодые, в том числе набиравший силу Асафьев, выступали против «устарелых методов преподавания элементарной теории, гармонии, которые и техники не дают и мастерства не создают», явно метя при этом в Глазунова. Он отмалчивался.
15 июня 1928 года композитор поехал в Вену, якобы в трехмесячную командировку на международный конкурс. Считалось, что осенью он вернется, поэтому поехал налегке, с небольшим багажом. Однако с ним вместе отправилась Ольга Николаевна Гаврилова, которая в течение последних лет (после смерти матери композитора) вела его хозяйство. После Вены, в которой проходили торжества в память Шуберта, Глазунов побывал в Праге, Дрездене, Лейпциге, Веймаре, Эйзенахе, Бонне. Это было своего рода музыкальное паломничество по местам, связанным с великими композиторами прошлого. В сентябре он приехал в Париж, где и остался.
Официально причиной невозвращения стала болезнь. Он действительно был болен, и правительственная коллегия на этом основании продлила ему командировку, оставив номинально в должности директора консерватории. До 1933 года он вел активную концертную деятельность — в Париже, Португалии, Испании. В Лиссабоне ассоциация музыкантов и художников сделала его своим почетным членом. Побывал он с гастролями и в США — Детройте, Чикаго, Бостоне, Нью-Йорке, — затем в турне, которое охватило Прагу, Варшаву и Вену.
Поездки становились все более трудными для стареющего больного музыканта, все больше времени он проводил в Париже. Там созданы его последние произведения: Концерт-баллада для виолончели с оркестром, посвященный П. Казальсу, Концерт для саксофона-альта со струнным оркестром, посвященный С. Рашеру, Эпическая поэма, Седьмой струнный квартет, органная фантазия, Квартет для саксофонов, посвященный артистам квартета саксофонов Республиканской гвардии Парижа, фортепианные пьесы. Одна из них посвящена Елене, тогда носившей фамилию своей матери, Гавриловой, но скоро сменившей ее — Глазунов женился на своей верной спутнице и удочерил ее дочь от первого брака.