Симфония была задумана за три года до того, во время работы над Концертом для скрипки с оркестром (1904), но настоящая работа над ней началась только весной 1905 года и почти сразу приостановилась — сначала из-за тяжелой болезни. «Как только начну крепнуть, прежде всего займусь симфонией», — сообщал композитор в одном из писем лета 1905 года. И действительно, в июле работа активизировалась: 30-го он закончил первую часть, 8 августа — вторую, 5 сентября — третью. Развернувшиеся после этого события надолго отодвинули сочинение. Работа над финалом затянулась более чем на полтора месяца. На рукописи композитор написал: «Окончено 18 октября 1905. В день дарования свободы русскому народу, вернее, завоевания ее мирным путем. А. Глазунов». После этого готовый клавир долго ждал своей очереди в непрерывном потоке многочисленных дел. Только летом 1906 года, после окончания первого года своего директорства, Глазунов смог вернуться к музыке. На последнем листе партитуры появилась надпись: «Кончено 31 октября 1906, после 4-месячной работы с большими перерывами».
Премьера симфонии состоялась 9 декабря 1906 года, в одном из цикла Русских симфонических концертов дирижировал автор. Поначалу рецензии были довольно сдержанными, и лишь позднее, когда она была исполнена и в Москве, получила высокую оценку критики. Музыка этой последней из законченных симфоний Глазунова отличается слышанием времени, в которое она создавалась. В ней отчетливы ноты протеста, бунтарства, разбуженной стихийной силы. Ей свойствен возвышенный пафос, огромная воля, жизненная энергия, которая приводит к торжеству гуманистического начала. Симфония отличается драматургическим единством, непрерывным развитием от первой части до финала.
Первая часть представляет собой образец сочетания сонатного и монотематического принципов. Ее главная партия звучит непрерывно. Благородная, мужественная и спокойная, она появляется сначала в тембре фаготов и валторн. Постепенно в ней обнаруживаются и другие черты — призывность, ораторский пафос, а вместе с тем — настороженность. Она не исчезает при вступлении побочной партии с ее мягкой пластикой, нежным звучанием гобоя, который сменяют скрипки, а остается контрапунктом, хотя, вслед за минорной побочной, меняет наклонение. Неотступно следуя за лирическим распевом, главная партия сама принимает облик гибкий, ритмически изменчивый. В напряженной и динамичной разработке она господствует, становясь темой фугато, на ее же интонациях основаны подголоски, оплетающие другие мелодии, звучащие в промежуточных эпизодах. В репризе продолжается ее драматическое развитие — как будто внутри самой темы происходит борьба эпического и драматического начала. Лишь в коде наступает умиротворение.
Вторая часть органично вырастает из конфликта первой. «Это… что-то такое, чего Глазунов никогда еще не сочинял. Это страшная трагедия, колоссально удручающая, раздавливающая. Ново, оригинально до бесконечности… Чистое отчаяние и ужас. Да, Глазун еще ничего подобного, ничего в этом роде не сочинил до сих пор. Это вещь просто великая…» — писал Стасов после прослушивания еще не завершенного Mesto. Музыка его проникнута глубокой скорбью, но вместе с тем величава и мужественна. Для воплощения сложного драматургического замысла композитор избрал сонатную форму, почти без разработки, но с напряженным интонационным развитием с первых же тактов. Главная тема не дается сразу — она создается постепенно из отдельных интонаций вступления, родственных главной партии первой части. Сначала звучат лишь мрачные прерывистые аккорды в остинатном ритме, который выдерживается на протяжении всей части. На его фоне постепенно создается широкая, распевная, с горделивым оттенком мелодия, звучащая у струнных, деревянных духовых и отчасти — валторн, которая постепенно драматизируется: в связующей партии, основанной на том же тематическом материале, появляются острые, напряженные интервалы (септимы, уменьшенные кварты), появляется и короткий хроматический мотив «вздоха» — нисходящая секунда с остановкой на первом звуке. Побочная партия привносит более просветленные краски своей напевностью, поэтичной и трогательной в наивном диалоге деревянных духовых инструментов. Но общий колорит музыки остается скорбным, благодаря не исчезающему остинатному ритму и прорывающимся время от времени «вздохам». Постепенно эта скорбь все подчиняет себе — в репризе и побочная партия темнеет, становится тревожной.
Третья часть вторгается как страшное наваждение, как чуждая, враждебная стихия. «Змеиным скерцо» назвал ее Б. Асафьев. Извилистая, подвижная и изменчивая основная тема возникла из интонаций «вздоха» предшествующей части. Но теперь они лишены человечности, лишены даже намека на человеческие чувства, на жизненные картины, которыми наполнены скерцо других симфоний Глазунова. Это непрерывно змеящееся движение, ползучее и зловещее, которое основу свою получило также в первой части. Форма скерцо, несмотря на непрерывность движения, сложная трехчастная, с малоконтрастным средним эпизодом, отличающимся лишь чуть более медленным, но столь же непрерывным движением.