В Гамбургской театре Малеру становилось с каждой неделей труднее: директор откровенно ненавидел его и делал все, чтобы жизнь дирижера стала невыносимой. И в 1897 году музыкант перебрался в Вену (до этого были гастроли в России — Малер побывал в Москве, где выступал как дирижер). Там ему предложили пост третьего дирижера Придворной оперы. Его работа с музыкантами произвела такое впечатление, что уже через несколько месяцев он был назначен директором. В этой должности он пробыл десять лет и за эти годы сделал свой театр первым оперным театром мира.
К тому времени он пришел в лоно католической церкви. Некоторые биографы связывали факт крещения музыканта с тем, что по существующим правилам только католик мог занимать предложенное Малеру место. Однако на этот шаг он решился вовсе не случайно и не по конъюнктурным соображениям, а в полном соответствии со своими убеждениями. Достаточно вслушаться в его музыку, оценить концепцию хотя бы Второй симфонии, которую современники называли «Симфония Воскресения». Вот строки из книги его жены, Альмы Малер: «В двадцать лет я познакомилась с Густавом Малером… Он был человеком верующим и крестился отнюдь не из соображений карьеры… У меня сохранилось его письмо более позднего времени, которое представляет собою ответ на мое утверждение, что Платон в известном смысле значительно выше Христа. Густав Малер был решительно не согласен с такой постановкой вопроса. Малер не мог пройти мимо церкви, чтобы не зайти в нее. Во мне же все противилось этой его набожности. Он искренне любил католический мистицизм…»
Итак, несмотря на высказанные в письме к другу требования к возможной, вернее — невозможной по его мнению, спутнице жизни, Малер женился. Причем женился на избалованной общим вниманием первой красавице Вены. Альма Шиндлер, дочь крупного австрийского художника-пейзажиста, представительница старинного дворянского рода, была одаренной натурой. Она занималась музыкой с известным композитором А. Цемлинским и обнаружила незаурядные способности не только пианистки, но и композитора. С самых юных лет Альма была окружена поклонниками, которые восхищались и ее красотой, и ее талантами. Ее же покорил огненный гений Малера. В 1901 году состоялась помолвка, а 9 марта 1902 года они обвенчались в венской Карлскирхе. Ей пришлось покориться жестким требованиям мужа — она бросила свои композиторские опыты и полностью посвятила себя семье. «Вчера Густав Малер был счастлив от того, что я подарила ему душевный покой, — читаем на страницах дневника Альмы Малер. — Он все время повторял, как он признателен мне и что мне не придется ни о чем жалеть… А у меня теперь только одна цель: пожертвовать своим счастьем во имя счастья другого человека и быть может благодаря этому снова стать счастливой». В декабре в семье появилась дочь, но прожила она недолго — ее не стало в 1907 году. Вся любовь супругов сосредоточилась на младшей, родившейся в 1904-м.
Десять лет провел Малер на посту директора Венской оперы. Под его руководством осуществляются незабываемые постановки опер Моцарта, Вагнера, «Фиделио» Бетховена. Малер — основатель дирижерской школы, прославившейся именами таких всемирно известных дирижеров, как Бруно Вальтер, Отто Клемперер, Александр Цемлинский. По-прежнему на собственное творчество остаются лишь летние каникулярные месяцы, но их он использует с максимальной отдачей. В 1899–1900 годах он пишет Четвертую симфонию. Это произведение рубежа веков — свидетельство его разочарований, уход в иллюзии детской сказки. Следующие два года посвящены Пятой, в которой композитор как бы пересматривает заново итоги жизни героя первых симфоний. В 1903–1904 годах появляется Шестая, знаменующая новый этап его «построения миров», этап трагический — герой симфонии гибнет. В том же году начата, а в следующем закончена Седьмая — следующий шаг на пути к вершине, которой для композитора является написанная в 1906 году самая монументальная, с хором и солистами, названная современниками «симфонией тысячи участников», Восьмая. А между ними появляются все новые песни — на тексты из «Чудесного рога мальчика» и на стихи Ф. Рюккерта — единственного поэта, чьи строки вдохновляют его. Именно на его стихи создан вокальный цикл «Песни об умерших детях», который иногда связывают с трагической утратой Малера. Но цикл был создан еще до его женитьбы, в 1901 году, и связан он с трагедией Рюккерта, написавшего эти хватающие за душу строки после смерти своих детей.
В 1902 и 1907 годах Малер снова побывал в России, на этот раз в Петербурге, где исполнял не только произведения своих любимых композиторов — Моцарта, Бетховена, Вагнера, Чайковского, но и свою Вторую симфонию (1902), которая была, несмотря на разногласия и споры, принята как значительное художественное явление.