В январе 1898 года Скрябин вновь гастролировал в Париже с программой из своих сочинений. На этот раз в его концертах выступала и жена, также игравшая его сочинения. Концерт снова прошел с большим успехом. По возвращении в Россию Скрябин был приглашен профессором в Московскую консерваторию.
Директор консерватории Сафонов сделал это предложение своему бывшему ученику вопреки мнению некоторых педагогов, считавших Скрябина недостойным преподавать в таком престижном учебном заведении. Вообще его своеобразный пианизм в России с трудом пробивал дорогу. Так, в ответ на предложение Сафонова дать возможность Скрябину участвовать в концертах Русского музыкального общества в Петербурге, руководивший этими концертами Ц. Кюи писал: «О Скрябине не хлопочите много. Со всех сторон слышу, что это совсем плохой пианист», на что Сафонов с достоинством ответил: «Что касается Скрябина, то я свое суждение о нем как пианисте считаю более компетентным, чем суждение сторонних лиц, о которых Вы мне пишете, тем более что Скрябин играет исключительно свои сочинения и играет их вне всякого сравнения с другими пианистами».
Приглашение Сафонова композитор принял не без колебаний — боялся, что преподавание не позволит отдавать творчеству столько времени, сколько хотелось бы. Он посоветовался с Беляевым, который в ответ писал: «Ты ведь знаешь, я всегда был за определенные занятия, налагающие на человека определенные обязанности и приучающие его к известному порядку. Следовательно, с этой стороны мне и нечего ставить вопроса». В то же время Беляев продолжал оказывать композитору материальную помощь в виде постоянных авансов за произведения, которые неизменно печатались в его издательстве. Кроме того, Скрябин ежегодно получал Глинкинскую премию. Это позволяло ему жить спокойно, не думая о завтрашнем дне.
Уже через год стало ясно, что директор не ошибся. Один из профессоров Венской консерватории, побывавший на экзаменах пианистов, свидетельствует: «Скрябин пригласил меня к себе в класс… и я с большим удовольствием пробыл 4 часа, убедясь в том, что он солидный педагог и ведет свое дело с большим знанием и любовью. Я почти уверен, что он лучший профессор Московской консерватории».
Еще одна зарубежная поездка композитора состоялась в 1900 году. К этому времени была написана Первая симфония. Далее началась работа над Второй. Одновременно обдумывались планы оперы. Скрябин начал писать либретто, но оно не было закончено. Большая педагогическая нагрузка и постоянное сочинение фортепианных пьес, в основном для того, чтобы издавать их у Беляева и тем покрывать получаемые авансы, потребовала от композитора напряжения всех сил. К этому времени, наряду с консерваторией, он взялся и за преподавание в женском Екатерининском институте. Педагогика мешала ему, но расстаться с ней он не мог — росла семья, у него уже были три дочери, в 1902 году родился сын, жизнь требовала расходов и была полна забот. Впрочем, заботы были не только докучными — композитор очень любил своих детей и с радостью уделял им время и внимание.
В эти годы его все больше занимает философия, проблемы мировоззренческие. Он сближается с философом С. Трубецким, в поисках ответа на «проклятые вопросы» жизни изучает сочинения мыслителей античности и средневековья. Эти поиски неизменно отражаются в музыке — как в симфониях, так и в фортепианных произведениях, среди которых появляются «Причудливая поэма», «Окрыленная поэма», «Поэма томления», «Сатаническая поэма». Последняя, возможно как отзвук давнего увлечением Листом с его симфониями по «Фаусту» и Данте. Но и как дань времени, когда проблема Добра и Зла, борьбы Зла с Добром привлекала и Мережковского в его трилогии «Христос и Антихрист» и Брюсова в «Огненном ангеле», когда Врубель пишет своих Демонов. Воспитанный в традиционном православии, Скрябин приходит к богоборчеству, бросает вызов Высшим силам: «Я иду возвестить им мою победу над Тобой и над собой, иду сказать, чтобы они на Тебя не надеялись и ничего не ждали от жизни, кроме того, что сами могут себе создать. Благодарю Тебя за все ужасы Твоих испытаний, Ты дал мне познать мою бесконечную силу, мое безграничное могущество, мою непобедимость, Ты подарил мне торжество».