За «Похищением из сераля» следует гениальная «Свадьба Фигаро» (1786). Работа над ней началась в 1785 году, когда Моцарт познакомился с вольнолюбивым сочинением Бомарше. Постановка комедии была запрещена в Вене, так как считалась политически опасной. Однако либреттист да Понте, талантливый писатель и ловкий делец, сумел преодолеть цензурные рогатки. Опера была поставлена, но в Вене, несмотря на громкий успех первых спектаклей, быстро сошла со сцены из-за интриг. Зато долгий и прочный успех она имела в Праге, где была поставлена в том же году. С тех пор Моцарт полюбил Прагу, ее публику, которую называл «мои пражане». Для Праги, куда он ездил в 1787 году, написан «Дон Жуан» — «веселая драма», как определил ее жанр автор — произведение новаторское, одно из лучших в мировом оперном репертуаре.
Возвратившись в Вену, Моцарт приступил к обязанностям придворного камер-музыканта. Эта должность была предоставлена ему после смерти занимавшего ее Глюка. Однако работой он тяготился: композитору, создавшему уже величайшие творения, приходилось писать музыку для придворных балов и другие мало значительные сочинения. Конечно, писал он и совсем другую музыку — в 1788 году появляются три его последние симфонии, которые знаменуют вершину моцартовского симфонизма и пролагают пути, наряду с гайдновским симфонизмом, для Бетховена, и даже в чем-то предвещают Шуберта.
Ни придворная должность, ни многочисленные заказы, ни постановки опер не спасают Моцарта от нужды. Все последние годы он бьется, чтобы обеспечить заработок, необходимый для содержания семьи, которая с рождением детей все разрастается. Надеясь поправить свои дела, он в 1789 году предпринимает поездку в любимую Прагу, затем едет в Берлин, Дрезден, Лейпциг. Его концерты проходят с громадным успехом, но приносят мало денег. Он выступает в Потсдаме, при прусском дворе, и король предлагает ему остаться на придворной службе, но композитор считает неудобным бросить службу в Вене.
Вернувшись после гастролей, он принимается за комическую оперу «Так поступают все женщины», а в 1791 году, вернувшись к традиционному жанру итальянской оперы-сериа, пишет «Милосердие Тита». К этому времени он устал, измучен и болен. Но у него еще хватает сил написать поэтическую философскую оперу-сказку в жанре зингшпиля — «Волшебную флейту». В ней отразились масонские настроения композитора (он был членом ложи «Коронованная надежда»).
В эти же дни ему поступает таинственный заказ: незнакомец, не пожелавший назвать свое имя, предлагает написать Реквием. Совершенно больного композитора не оставляют мысли, что Реквием он пишет для самого себя. Лишь впоследствии выяснилось, что заказ был сделан графом Вальзегом — дилетантом, инкогнито заказывавшим сочинения профессиональным композиторам, а потом выдававшим их за свои. С Реквиемом это не удалось — Моцарт не успел дописать его, хотя работал до последних дней жизни.
Он скончался 5 декабря 1791 года в Вене. Похоронили его в общей могиле, так как денег на погребение не было. Жена, плохо себя чувствовавшая, не поехала на кладбище, и скоро самый след его праха затерялся. Много лет спустя после смерти Моцарта на кладбище был поставлен памятник — как знак того, что где-то здесь похоронен великий композитор.
Вскоре после смерти композитора поползли слухи, что его из зависти отравил Сальери. Говорили, что перед смертью Сальери признался в отравлении. Однако умирал он в психиатрической клинике, и врач и санитары поклялись, что не слышали никакого признания, а посторонних к больному не допускали. Известное высказывание Пушкина, убежденного в свершившемся злодействе, о том, что человек, освиставший «Дон Жуана», мог отравить его создателя, основано только на слухах. На венской премьере «Дон Жуан» провалился, и даже если Сальери свистел, этого никто не заметил бы, следовательно, данные об этом не могли сохраниться, в Праге же, где опера имела потрясающий успех, Сальери не было. Более того, ему нечего было завидовать — он считался первым композитором Вены, был придворным капельмейстером, обеспеченным более чем хорошо материально, в то время как Моцарт бедствовал и жил почти в нищете. И оперы Сальери шли на сцене Венского театра одна за другой, тогда как у Моцарта все складывалось значительно более сложно. И последние изыскания исследователей заставляют полностью отказаться от этой романтической легенды.
После Моцарта осталось громадное количество сочинений, которых композитор не помечал опусами. Среди них многие — в одной и той же тональности. Чтобы систематизировать наследие Моцарта, исследователь его творчества Кёхель предпринял колоссальную работу, составив всеобщий каталог. Номера по этому каталогу даются, наряду с порядковым номером каждой симфонии с индексом КК (каталог Кёхеля).